这是 obgen 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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奥根 — 为分子生成 3D 坐标
概要
奥根 [配置] 文件名
商品描述
obgen 工具将为文件中的分子生成 3D 坐标(例如多分子
微笑文件)。 所得结构将使用给定的力场进行优化,并且
使用蒙特卡罗搜索检查最低能量的构象。 输出将被发送到
SDF 文件格式的标准输出。
配置
如果没有给出文件名,obgen 将给出包括可用力场在内的所有选项。
-ff 力场
选择力场
示例
查看可能的选项,包括可用的力场:
奥根
为文件 test.smi 中的分子生成 3D 坐标:
obgen测试.smi
使用 UFF 力场为文件 test.smi 中的分子生成 3D 坐标:
obgen -ff UFF 测试.smi
使用 onworks.net 服务在线使用 obgen