这是 obminimize 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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减少 — 优化几何结构，最小化分子的能量
概要
减少 [配置] 文件名
商品描述
obminimize 工具可用于最小化（多）分子内部分子的能量
文件（例如 MOL2 等）
配置
如果没有给出文件名，obminimize 将给出所有选项，包括可用的
力场。
-n 步骤
指定最大步数（默认 = 2500）
-cg 使用共轭梯度算法（默认）
-标准差 使用最速下降算法
-c 标准
设置收敛标准（默认=1e-6）
-ff 力场
选择力场
示例
查看可能的选项，包括可用的力场：
减少
最小化文件 test.mol2 中分子的能量：
最小化 test.mol2
使用 Ghemical 力场最小化文件 test.mol2 中分子的能量：
最小化 -ff Ghemical test.mol2
通过最多取 2 个几何图形来最小化文件 test.mol300 中分子的能量
优化步骤
最小化-n 300 test.mol2
使用最速下降法最小化文件 test.mol2 中分子的能量
算法和收敛标准 1e-5：
最小化 -sd -c 1e-5 test.mol2
使用 onworks.net 服务在线使用 obminimize
