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positionDB - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 positionDB

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 positionDB,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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positionDB - posDB 文件的管理

概要


位置数据库 [-mersize k[-默斯基普 k[-用 a-b,c[- 开始 b[-梅伦德 e] -序列
法斯塔 -输出 数据库

位置数据库 -倾倒 数据文件

位置数据库 -测试1 序列.fasta

位置数据库 -测试2 数据库.fasta 序列.fasta

配置


建筑物 an 图片
-mersize k
mers 的大小,默认为 20。

-默斯基普 k
mers 之间的跳转,默认=0

-用 a-b,c
指定要使用的序列,default=all

- 开始 b
建立在 mers 的子集上,从 mer #b 开始,default=all mers

-梅伦德 e
建立在 mers 的子集上,以 mer #e 结尾,default=all mers

-序列 法斯塔
输入序列。

-输出 数据库
输出文件名。

倾倒 信息 关于 an 图片
-倾倒 数据文件.posDB

运行 理智 测试
-测试1 序列.fasta
测试每个 mer 是否在 位置数据库. 找不到就报告
一个 mer 在正确的位置。 不报告表是否有太多东西。

-测试2 数据库.fasta 序列.fasta
建立一个 位置数据库数据库.fasta,然后在表中搜索每个 mer
序列.fasta. 报告它找到的所有 mers。

这是一个愚蠢的测试,你不应该这样做。

使用 onworks.net 服务在线使用 positionDB


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