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proda - 具有重复和重排的蛋白质序列的多重比对

概要

普达 [选项[文件] [> 产量]

商品描述

本手册页简要记录了 普达 命令。

普达 (Protein Domain Aligner) 是一个公共领域的软件，用于生成多个
具有重复和重排的蛋白质序列的比对，例如具有
多个域。

给定一组蛋白质序列作为输入，ProDA 首先找到局部成对比对
在所有序列对之间，然后形成可比对序列片段的块，和
最后生成块的多个对齐。 ProDA 依赖于使用的许多技术
in 问题 (<http://probcons.stanford.edu>)，最近的多重矫正器，显示出高
在许多流行的基准测试中的准确性。

INPUT FORMAT

Proda 接受 MFA 格式的输入文件。 MFA 格式指定如下：

· MFA格式由多个序列组成；

· MFA 格式中的每个序列都以单行描述开头，然后是
序列数据行；

· 描述行通过大于号 (">") 与序列数据区分开来
第一列中的符号。

OUTPUT FORMAT

对于一组输入序列，Proda 通常依次输出几个块，每个块由
可比对序列片段。 每个块后跟它的多重对齐。

通过列出其序列片段来指定块。 每个片段输出为
sequence_name(start-end)，其中 sequence_name 是原始序列的名称，并且
start 和 end 分别是片段开始和结束的位置。

Proda 以如下所述的 ClustalW (ALN) 格式生成块对齐：

· ClustalW 格式由一个单独的标题行和后面的序列数据组成
50 个对齐位置的块；

· 每个块包括：

· 比对中每个序列的一行数据——特别是
序列名称；

· 50个字符的对齐方式；

· 一条注释行表示完全保守 (*)、强保守 (:)，或
弱保守列 (.);

· 描述行通过大于号 (">") 与序列数据区分开来
第一列中的符号。

FASTA 格式 HPMC胶囊 产量
如果指定了 -fasta 选项，那么除了常规输出之外，ProDA 还会生成一个
包含 FASTA 格式的块对齐的文件。 输出文件同名
第一个输入文件和扩展名“.fasta”。 两个连续的块对齐是
由包含字符“#”的行分隔。

FASTA 格式描述如下：

· FASTA 格式由输入文件中给出的所有序列组成；

· FASTA 格式中的每个序列都以单行描述开头，然后是
序列数据行；

· 描述行通过大于号 (">") 与序列数据区分开来
第一列中的符号；

·对齐的残基是大写的，未对齐的残基是小写的。

由于最终比对每个序列只包含一次，所以这个选项应该只使用
如果输入序列不包含重复。

配置

-L [最小长度]

设置最小对齐长度等于 [min_length]。

ProDA 查找长度大于或等于阈值 L 的对齐。
默认值，L = 30。此选项将阈值设置为 [min_length]。

-后

在计算局部成对对齐时使用后验解码。

ProDA 使用 pair-HMM 计算两个序列之间的局部成对比对
以及维特比解码或后验解码。 默认选项是使用
维特比解码比后验解码更快，但可能不太准确。
打开此选项会指示对齐器改用后解码。 在
在上面的示例中，输出是在打开 -po​​sterior 选项的情况下生成的。

-无声

对齐时不要报告进度。

启用此选项会指示对准器在执行时不报告进度
对齐。 默认情况下，ProDA 报告所有成对对齐的进度，阻止
生成，以及块对齐。 由于算法的某些阶段，特别是
成对对齐，可能需要很长时间，报告进度让程序看起来
跑步时活着。

-tran

在形成可比对序列片段块时使用传递性。

如果两个序列片段是局部序列的一部分，则它们可以直接比对
成对对齐。 默认情况下，当且仅当两个片段被认为是可对齐的
如果它们可以直接对齐。 打开此选项会指示对准器
当两个片段可直接对齐或两者都可对齐时，则认为它们是可对齐的
它们可以直接与第三个片段对齐。

-法斯塔

除了 ClustalW 格式之外，还使用 ​​FASTA 输出格式。

当此选项打开时，对齐器以 FASTA 格式生成输出
并存储在与第一个输入文件和扩展名相同的文件中
“.fasta”，除了标准输出的正常输出。 应该使用这个选项
仅当输入序列不包含重复时。

使用 onworks.net 服务在线使用 proda