这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 proftmb，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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proftmb - 细菌跨膜β桶的每残留预测
概要
简介 [选项]
商品描述
proftmb 使用配置文件从序列中预测细菌跨膜 β 桶
隐马尔可夫模型 (HMM)。
输出 格式
自我注解。 预测字母：'i' - 细胞质内，'O' - 细胞质外，
'U' - 向上（链上移出细胞质），'D' - 向下（链上移入细胞质）。
案例
Bigelow, H. 和 Rost, B. (2006)。 PROFtmb：用于预测细菌的网络服务器
跨膜β桶蛋白。 核酸研究，34（Web 服务器问题），W186-8。
至 调用 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 菜单 类型：
简介 - 菜单
这个 选项 是：
-d, --目录根目录
文件所在的根路径（选项 -s,-r,-l,-a,-e,-t,-u,-z,-n) 驻留
-a, --还原状态解码
解码的状态减少
-b, --还原状态报告
国家减少报告
-m, --膜链状态
膜链状态列表
-z, --z-曲线文件
包含整数长度值的均值和 sd 的文件
-x, --z-校准曲线
将覆盖率和准确度值映射到 z 分数的文件
-n, --空频
背景频率文件
-c, --最低分截止
每个残差预测的最小 z 分数
-o, --outfile-前缀
生成的三个文件的输出文件前缀：PREFIX_dat.txt，
PREFIX_proftmb_pretty.txt PREFIX_proftmb_tabular.txt
-s, --静态模型数据
表示模型架构的数据
-t, --受过训练的参数
表示编码训练数据的参数
-q, --test-blastQ-文件或目录
psiblast 轮廓 (-Q) 或目录（完整路径名或相对于当前目录）
有很多个人资料
-w, --单序列名称
if -q 选项指向单个文件，这是名称
-v, --list-blastQ-文件
要在目录中处理的 psiblast 文件列表（留空以处理所有文件）
--outfile-漂亮
漂亮的输出文件（覆盖自动名称 PREFIX_proftmb_pretty.txt）
--输出文件选项卡
表格输出文件（覆盖自动名称
PREFIX_proftmb_tabular.txt)
--输出文件数据
数据输出文件（覆盖自动名称 PREFIX_dat.txt）
- 版
输出版本信息并退出
- 安静的
安静
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