这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 rasmol
程序：
您的姓名
rasmol - 分子图形可视化工具 v2.7.5
概要
拉斯莫尔 [-nodiplay] [[-格式 ] 文件名[-脚本 脚本文件]
FORMATS
-PDB 蛋白质数据库
-mdl MDL 的 MOL 文件格式
-mol2 Tripos 的 Sybyl MOL2 格式
-xyz MSC 的 XYZ (XMol) 格式
-莫帕克 MOPAC 输入或输出文件格式
-炼金术 炼金术文件格式
-魅力 CHARMm 文件格式
-到岸价 IUCr CIF 或 CIF 文件格式
通告
该软件是从多个来源创建的。 大部分代码来自 RasMol 2.6，
由罗杰·赛尔 (Roger Sayle) 创建。 扭转角码、新POVRAY3码等特点
源自 Arne Mueller 的 RasMol2.6x1 修订版。 拉马钱德兰打印机图
代码源自 Frances C. Bernstein 创建的 fisipl。 见蛋白质数据库
程序磁带。
显示多个分子和允许键旋转的代码大部分来自
来自 Gary Grossman 和 Marco Molinaro 的 UCB mods，经 Eileen 许可
ModularCHEM 联盟的 Lewis。
CIF 修改使用了部分基于 Paul J. Ellis 和 CBFlib 的库
赫伯特·J·伯恩斯坦。 CBFlib 的部分内容松散地基于 CIFPARSE 软件包
来自罗格斯大学的 NDB。 请输入 RasMol 命令 帮助 抄袭， 帮助
通常 帮助 国际自然保护联盟， 帮助 CBF库，
和 帮助 CIF解析 适用的通知。 请输入 帮助 版权 版权
通知。 如果您使用 RasMol V2.6 或更早版本，请键入 RasMol 命令 帮助
旧通知。
复印
此版本直接基于 RasMol 版本 2.7.4.2、RasMol 版本 2.7.4.2、
RasMol 版本 2.7.4，RasMol 版本 2.7.3.1，RasMol 版本 2.7.3，RasMol
版本 2.7.2.1.1、Rasmol 版本 2.7.2、RasMol 版本 2.7.1.1 和 RasTop 版本 1.3 和
间接在 RasMol 2.5-ucb 和 2.6-ucb 版本和版本 2.6_CIF.2、RasMol 2.6x1 上
和 RasMol_2.6.4。
RasMol 2.7.5 可以根据 GNU 通用公共许可证（
GPL），见
http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt
或文件 GPL 或键入命令 帮助 GPL
或 RasMol 2.7.5 可以在 RASMOL 许可下分发。 请参阅文件通知或键入
命令 帮助 拉斯利克
GPL
GNU通用公共许可证
第2版，1991年XNUMX月
版权所有（C）1989、1991 Free Software Foundation，Inc.
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 美国
每个人都可以复制和分发逐字记录副本
许可证文档的内容，但不允许对其进行更改。
前言
大多数软件的许可证旨在剥夺您共享的自由
并改变它。 相比之下，GNU 通用公共许可证旨在
保证您共享和更改自由软件的自由——确保软件
对所有用户免费。 此通用公共许可证适用于大多数免费
软件基金会的软件以及作者承诺的任何其他程序
使用它。 （其他一些自由软件基金会软件包含在 GNU
图书馆通用公共许可证代替。）您也可以将其应用于您的程序。
当我们谈到自由软件时，我们指的是自由，而不是价格。 我们的
通用公共许可证旨在确保您可以自由地
分发免费软件的副本（如果您愿意，还可以为此服务收费），
您收到源代码，或者可以根据需要获得它，您可以更改
软件或在新的免费程序中使用它的一部分； 并且你知道你可以做到
这些东西。
为了保护您的权利，我们需要做出限制，禁止任何人否认
您拥有这些权利或要求您放弃这些权利。 这些限制
如果您分发副本，则转化为对您的某些责任
软件，或者如果您修改它。
例如，如果您分发此类程序的副本，无论是免费的还是为了
费用，您必须向收件人授予您拥有的所有权利。 你必须确保
他们也可以收到或可以获得源代码。 你必须给他们看这些
条款，以便他们了解自己的权利。
我们通过两个步骤保护您的权利：(1) 软件版权，以及 (2) 提供
您获得此许可，该许可授予您复制、分发和/或修改的合法许可
该软件。
此外，对于每位作者和我们的保护，我们希望确保
每个人都明白这个免费软件没有保修。 如果
软件被其他人修改并传递，我们希望它的接收者知道
他们所拥有的不是原始的，因此任何其他人引入的问题
不会反映原作者的声誉。
最后，任何免费程序都不断受到软件专利的威胁。 我们祝愿
避免免费程序的再分发者单独获得的危险
专利许可，实际上使程序成为专有的。 为了防止这种情况，我们
已经明确表示任何专利都必须授权给所有人免费使用
完全许可。
复制、分发和修改的准确条款和条件
跟随。
GNU通用公共许可证
复制，分发和修改的条款和条件
0. 本许可适用于任何包含通知的程序或其他作品
由版权所有者放置，说它可以根据本条款进行分发
通用公共许可证。 下面的“程序”是指任何此类程序或作品，
“基于程序的作品”是指程序或任何衍生作品
根据版权法：也就是说，包含程序或部分的作品
它，可以是逐字逐句的，也可以是经过修改和/或翻译成另一种语言的。
（以下，翻译包括但不限于术语
“修改”。）每个被许可人都被称为“您”。
不包括复制、分发和修改以外的活动
本许可证； 它们超出了它的范围。 运行程序的行为不是
受限制，并且程序的输出仅在其内容
构成基于程序的作品（独立于通过运行
该程序）。 这是否属实取决于该程序的作用。
1. 您可以复制和分发程序源代码的逐字副本作为
您以任何媒介收到它，前提是您显眼且适当地
在每份副本上发布适当的版权声明和免责声明；
保持所有涉及本许可证和不存在任何通知的完整通知
保修单; 并向本程序的任何其他接收者提供一份本许可证的副本
与程序。
您可以为转移副本的实际行为收取费用，您可以在
您的选择提供保修保护以换取费用。
2. 您可以修改您的程序副本或其中的任何部分，从而
形成基于程序的作品，并复制和分发此类修改或
根据上述第 1 节的条款工作，前提是您还满足所有这些条件
条件：
a）您必须使修改后的文件带有明显的注意事项
说明您更改了文件以及更改的日期。
b）您必须引起您分发或发布的任何作品，
全部或部分包含本程序或源自本程序或任何其他程序
的一部分，全部要免费获得所有第三部分的许可
各方根据本许可协议的条款。
c）如果修改后的程序通常以交互方式读取命令
在运行时，您必须引起这种情况；在运行时，您必须引起这种情况
以最普通的方式进行交互使用，以打印或显示
公告，包括适当的版权声明和
请注意，没有任何保证（或者说您提供了
保修），并且用户可以在以下位置重新分发该程序
这些条件，并告诉用户如何查看此副本
执照。 （例外：如果程序本身是交互式的，
通常不会打印这样的公告，您的工作基于
该程序不需要打印公告。）
这些要求适用于整个修改后的作品。 如果可识别部分
的工作并非源自该计划，并且可以合理地考虑
独立和独立的作品本身，那么本许可及其条款，
当您将它们作为单独的作品分发时，不适用于这些部分。 但当
您将相同的部分作为整体的一部分分发，这是基于
程序，整体的分发必须按照本许可证的条款进行，其
其他被许可人的许可扩展到整个整体，因此扩展到每个和
每个部分，不管是谁写的。
因此，本节的目的不是主张权利或质疑您的权利
完全由您编写的工作； 相反，目的是行使权利
控制基于程序的衍生作品或集体作品的分发。
此外，仅将不基于该程序的另一件作品与
在存储卷上的程序（或基于程序的作品）或
分发媒体不会将其他作品带入本许可证的范围内。
3. 您可以复制和分发程序（或基于它的作品，在第
2) 根据上述第 1 节和第 2 节的条款，以目标代码或可执行形式
前提是您还执行以下操作之一：
a）随附完整的相应机器可读内容
源代码，必须根据本节的条款进行分发
上面的1和2在通常用于软件交换的介质上； 或者，
b）随附书面要约，有效期至少为三个
年，向任何第三方收取的费用不超过您的
实际执行源分发的成本
相应源代码的机器可读副本，
根据上述第1节和第2节的条款在媒体上分发
通常用于软件交换； 或者，
c）随附您收到的有关报价的信息
分发相应的源代码。 （此替代方法是
仅允许用于非商业性发行，并且仅当您
以这样的目标代码或可执行形式接收程序
根据上文b小节提出的要约。）
作品的源代码是指制作作品的首选形式
对其的修改。 对于一个可执行的作品，完整的源代码意味着所有的
它包含的所有模块的源代码，以及任何相关的接口定义
文件，以及用于控制编译和安装的脚本
可执行。 但是，作为一个特殊的例外，分发的源代码不需要
包括任何正态分布的东西（以源代码或二进制形式）
操作系统的主要组件（编译器、内核等）
可执行文件运行，除非该组件本身伴随着可执行文件。
如果通过提供对副本的访问来分发可执行代码或目标代码
从一个指定的地方，然后提供等效的访问来复制源代码
来自同一个地方算作源代码的分发，即使第三
各方不必将源代码与目标代码一起复制。
4. 您不得复制、修改、再许可或分发程序，除非
根据本许可明确规定。 任何以其他方式复制、修改、
再许可或分发程序无效，并将自动终止您的
本许可下的权利。 但是，收到副本或权利的各方，
您在本许可下的许可将不会被终止，只要这样
各方保持完全合规。
5. 您无需接受本许可，因为您尚未签署。
但是，没有其他任何内容授予您修改或分发程序或
其衍生作品。 如果您不接受，这些行为将被法律禁止
本许可证。 因此，通过修改或分发程序（或任何工作
基于程序），您表示您接受本许可，并且
复制、分发或修改程序的所有条款和条件，或
基于它工作。
6. 每次您重新分发本程序（或基于本程序的任何作品）时，
接收者自动从原始许可人处获得复制许可，
根据这些条款和条件分发或修改程序。 你可以
不对收件人行使权利施加任何进一步限制
在此授予。 您不负责强制执行第三方的合规性
到本许可证。
7. 如果由于法院判决或专利侵权指控
或出于任何其他原因（不限于专利问题），对
您（无论是通过法院命令、协议还是其他方式）与条件相抵触
对于本许可证，他们不会免除您遵守本许可证的条件。 如果
您不能分发以同时满足您在本协议项下的义务
许可和任何其他相关义务，因此您不得
分发程序。 例如，如果专利许可不允许
所有直接收到副本的人免版税重新分发程序
或间接通过你，那么你唯一能同时满足它和这个的方法
许可将完全避免分发程序。
如果本节的任何部分根据任何规定无效或不可执行
在特殊情况下，该部分的平衡旨在适用，并且
整个部分旨在适用于其他情况。
本节的目的不是诱使您侵犯任何专利或
其他产权主张或质疑任何此类主张的有效性； 这个部分
唯一目的是保护自由软件分发的完整性
系统，这是通过公共许可实践来实施的。 很多人都做出了
对通过它分发的广泛软件的慷慨贡献
依赖于该系统的一致应用的系统； 这取决于
作者/捐赠者决定他或她是否愿意通过任何方式分发软件
其他系统和被许可人不能强加这种选择。
本节旨在彻底阐明被认为是
本许可证其余部分的后果。
8. 如果本程序的分发和/或使用在某些方面受到限制
国家通过专利或受版权保护的界面，原始版权
将程序置于本许可之下的持有者可以添加明确的地理区域
排除这些国家的分发限制，因此分发是
仅在未被排除在外的国家内或国家之间允许。 在这种情况下，本许可证
包含限制，就像写在本许可证的正文中一样。
9. 自由软件基金会可能会发布修订版和/或新版本的
不时的通用公共许可证。 这样的新版本将类似于
精神，但可能会在细节上有所不同以解决新问题或
关注。
每一个版本都有不同的版本号。 如果程序指定了一个
适用于它的本许可证的版本号和“任何更高版本”，您
可以选择遵循该版本或
自由软件基金会发布的任何更高版本。 如果该程序
不指定此许可证的版本号，您可以选择任何版本
由自由软件基金会出版。
10. 如果您希望将本程序的部分内容合并到其他免费程序中
其分发条件不同，请写信向作者索取
允许。 对于自由软件基金会拥有版权的软件，
写信给自由软件基金会； 我们有时会对此进行例外处理。 我们的
决定将以维护所有人的自由地位这两个目标为指导
我们自由软件的衍生品以及促进软件的共享和重用
通常。
没有保修
11. 因为该程序是免费许可的，所以不保证
计划，在适用法律允许的范围内。 除非另有说明
以书面形式，版权持有人和/或其他方“按原样”提供程序
不作任何明示或暗示的保证，包括但不
仅限于对特定商品的适销性和适用性的默示保证
目的。 该计划的质量和性能的全部风险在于
你。 如果程序证明有缺陷，您承担所有必要的费用
服务、修理或纠正。
12. 在任何情况下，除非适用法律要求或书面同意
任何版权持有人，或可能修改和/或重新分发本文件的任何其他方
上面允许的程序，对您的损害负责，包括任何一般，
由于使用或无法
使用该程序（包括但不限于数据丢失或被渲染的数据）
不准确或由您或第三方造成的损失或程序失败
与任何其他程序一起运行），即使该持有人或其他方已经
已告知此类损害的可能性。
END条款和条件
如何将这些条款用到你的新程序
如果您开发了一个新程序，并且希望它具有最大可能的用途
对公众来说，实现这一目标的最佳方式是使其成为自由软件
每个人都可以根据这些条款重新分配和更改。
为此，请在程序中附上以下通知。 贴上最安全
它们到每个源文件的开头，以最有效地传达排除
保修单; 并且每个文件至少应该有“版权”行和一个指向
哪里可以找到完整的通知。
版权 (C)
该程序是免费软件； 您可以重新分发和/或修改
根据GNU发布的GNU通用公共许可的条款进行
自由软件基金会； 许可证的版本2，或
（您可以选择）任何更高版本。
分发该程序是希望它会有用，
但没有任何保证； 甚至没有默示担保
特定目的的适销性或适用性。 见
有关更多详细信息，请参见GNU通用公共许可证。
您应该已经收到了GNU通用公共许可证的副本
连同这个程序； 如果没有，请写信给自由软件
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
同时附上如何以电子及书面信件与您联系的信息。
如果程序是交互式的，让它输出一个像这样的简短通知，当它
以交互模式启动：
Gnomovision版本69，作者的版权（C）年名称
Gnomovision 绝对没有任何保证； 有关详细信息，请键入“show w”。
这是免费软件，欢迎您重新分发它
在一定条件下； 输入“show c”了解详情。
假设命令“show w”和“show c”应该显示适当的部分
通用公共许可证。 当然，你使用的命令可能会被调用
除了“show w”和“show c”之外的其他东西； 它们甚至可以是鼠标点击或菜单
项目 - 任何适合您的程序。
你还应该找你的雇主（如果你是程序员）或你的学校，如果
如有必要，签署程序的“版权免责声明”。 这里有一个
样本; 更改名称：
Yoyodyne，Inc.特此声明，该程序不享有所有版权。
由 James Hacker 编写的 `Gnomovision'（在编译器中进行传递）。
，1年1989月XNUMX日
副总裁Ty Coon
本通用公共许可证不允许将您的程序合并到
专有程序。 如果你的程序是子程序库，可以考虑
允许将专有应用程序与库链接更有用。 如果这
是你想要做的，使用 GNU Library General Public License 而不是这个
执照。
拉斯利克 如果您不使用 GPL，则适用以下许可条款：
RasMol 许可证
尽管这里找到的各种文档和软件的作者已经做出了
真诚地努力确保文档是正确的，并且软件
根据其文档执行，我们将不胜感激听到
您可能遇到的任何问题、程序和文档创建的任何文件
程序按**原样**提供，不保证正确性，
任何特定或一般用途的适销性或适用性。
因使用程序或程序而产生的任何不利后果的责任
文件或任何文件或使用程序或文件创建的文件谎言
仅与程序或文件或文件或文件的用户有关，而不是与
程序或文件的作者。
在您接受上述条件并尊重
以下通知中规定的条款和条件，如果您不打算做出任何
修改或创建衍生作品，您被允许自由复制和
分发此包，前提是您执行以下操作：
1. 包括完整的文档，尤其是文件 NOTICE，
您分发的内容或提供明确指示人们可以从哪里获得
文件； 和
2.请在引用版本和原件的地方给予信用
作者正确； 和
3. 请不要给任何人留下原作者的印象
提供任何形式的保证。
如果您想在其他程序中使用 RasMol 的主要部分，请执行
对 RasMol 的修改，或以其他方式使律师称之为
“衍生工作”，您不仅被允许这样做，而且被鼓励这样做。
除了我们上面讨论的事情之外，请执行以下操作：
4. 请在您的文档中解释您所做的与此有何不同
RasMol 版本； 和
5. 请提供您修改后的源代码。
这个版本的 RasMol _not_ 在公共领域，但它是免费提供给
社区希望推进科学。 如果您进行更改，请进行更改
以负责任的方式，请给我们机会包括那些
RasMol 未来版本的变化。
一般用途总体评估 通知
以下通知适用于本作品的整体和所包含的作品
其中：
* 创造性的努力取决于思想的热烈交流。 有法律和
规定作者和用户的权利和责任的习惯
作者创造了什么。 本通知无意阻止您使用
此软件包中的软件和文档，但要确保没有
对此类使用的条款和条件的误解。
* 请仔细阅读以下通知。 如果您不明白任何部分
本通知，请在使用前寻求适当的专业法律意见
本软件包中包含的软件和文档。 此外
您可能必须采取的任何其他步骤来尊重知识分子
相关各方的财产权，如果您确实使用了该软件
和此包裹中的文件，请在信用到期时引用
这个包、它的作者和你获得它的 URL 或其他来源，
或具有相同作者的文献中的同等主要参考文献。
* 本软件包中包含的部分软件和文档是
各方的知识产权，并且在此包中的放置不属于
以任何方式暗示任何此类权利已以任何方式被放弃或减少。
* 对于存在版权的任何软件或文档，所有
此类版权的所有者保留权利。
* 即使这里找到的各种文档和软件的作者都有
真诚地努力确保文件是正确的，并且
软件根据其文档执行，我们将不胜感激
听取您可能遇到的任何问题、程序和文件以及任何文件
由程序创建的内容是**按原样**提供的，不提供任何关于
任何特定或一般用途的正确性、适销性或适用性。
* 因使用程序或
文件或任何文件或使用程序或文件创建的文件谎言
仅与程序或文件或文件或文件的用户有关，而不是与
程序或文件的作者。
请参阅文件 GPL 和 RASLIC 以获取许可此包的两种替代方法。
拉斯摩尔 V2.6 通知
以下通知适用于 RasMol V 2.6 和更早的 RasMol 版本。
本文档中的信息如有更改，恕不另行通知，并且不会
代表供应商的承诺。 这个包是
出售/分销的条件是它不得通过贸易或
否则，未经授权就被借出、转售、出租或以其他方式流通
供应商的事先同意，以任何形式的包装或封面，而不是
它是生产的。 本手册或随附软件的任何部分都不得
复制、存储在光盘或磁盘、磁带或任何
其他媒介，或以任何形式或通过任何方式传输的电子、机械、
复印、录制或以其他方式用于购买者以外的任何目的
个人使用。
本产品不得用于规划、建设、维护、
任何核设施的运行或使用，以及飞行、导航或
飞机或地面支持设备的通信。 作者不得
对因此类使用而引起的任何索赔或损害承担全部或部分责任，
包括死亡、破产或爆发战争。
国际自然保护联盟 方针政策
这个 国际自然保护联盟 方针政策 HPMC胶囊 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 防护 和 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 优惠活动 of 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 星 文件 和 CIF
标准 HPMC胶囊 交流中 和 存档 电子 数据。
概述
晶体学信息文件 (CIF)[1] 是信息标准
国际晶体学联盟 (IUCr) 颁布的互换。 到岸价
(Hall, Allen & Brown, 1991) 是推荐的提交出版物的方法
Acta Crystallographica Section C 和晶体结构测定报告
到 Acta Crystallographica 的其他部分和许多其他期刊。 的语法
CIF 是更通用的 STAR File[2] 格式的子集。 CIF 和 STAR 文件
越来越多的方法在结构科学中用于数据交换和
存档，并在其他方面对这些活动产生重大影响
领域。
个人陈述 of 意图
IUCr 对 STAR 文件的兴趣是作为通用数据交换标准
科学，以及它对 CIF 的兴趣，它是 STAR 文件的一致衍生品，是
作为晶体学和结构的简明数据交换和存档标准
科学。
防护 of 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 标准
保护 STAR 文件和 CIF 作为交换和存档的标准
电子数据，IUCr，代表科学界，
* 拥有标准本身的版权，
* 拥有相关的商标和服务标志，以及
* 拥有 STAR File 的专利。
这些知识产权仅与交换格式有关，与
其中包含的数据，也不包括用于生成、访问或
数据的操纵。
优惠活动 of 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 标准
IUCr 在其保护作用下对软件施加的唯一要求
声称处理STAR File或CIF数据是满足以下条件
在销售或分销之前。
* 声称可以读取写入 STAR 文件或 CIF 文件的软件
标准必须能够从符合标准的文件中提取相关数据
STAR 文件语法，或 CIF 语法，分别。
* 声称以 STAR 文件或 CIF 标准写入文件的软件
必须生成符合 STAR File 语法或 CIF 语法的文件，
。
* 声称从特定数据字典中读取定义的软件已获批准
IUCr 必须能够提取任何符合
与该词典关联的词典定义语言 (DDL)[3]。
IUCr 通过其 CIF 标准委员会，将协助任何开发商
验证软件是否满足这些一致性条件。
术语库 of 条款
[1] 到岸价：
是符合定义的文件语法的数据文件 http://www.iucr.org/iucr-
顶部/cif/spec/index.html
[2] 星文件：
是符合定义的文件语法的数据文件 http://www.iucr.org/iucr-
顶部/cif/spec/star/index.html
[3] DDL：
是数据字典中使用的一种语言，用于根据以下内容定义数据项
“属性”。 IUCr 目前批准的词典和 DDL 版本
用于构建这些字典，列在 http://www.iucr.org/iucr-
顶部/cif/spec/ddl/index.html
最后修改时间：30 年 2000 月 XNUMX 日
IUCr 政策 版权所有 (C) 2000 国际晶体学联盟
CBFLIB 以下免责声明适用于 CBFlib V0.1，此代码来自
部分是派生的。
* 所提供的物品是在美国的赞助下开发的
政府。 既不是美国，也不是美国农业部，也不是利兰斯坦福少年
大学或其员工不作任何明示或暗示的保证或承担
对任何内容的准确性、完整性或有用性的任何责任或义务
披露的信息、设备、产品或过程，或表示其使用
不会侵犯私有权利。 提及任何产品、其制造商、
或供应商不得，也无意暗示批准、不批准或
适合任何特定用途。 美国和大学始终保留
出于任何目的使用和传播所提供物品的权利。
通知 91 02 01
CIF解析
该软件的部分内容松散地基于 CIFPARSE 软件包
罗格斯大学的 NDB。 看
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software
CIFPARSE 是 NDBQUERY 应用程序的一部分，是 Nucleic 的程序组件
酸数据库项目 [HM Berman，WK Olson，DL Beveridge，JK
Westbrook、A. Gelbin、T. Demeny、SH Shieh、AR Srinivasan 和 B. Schneider。
(1992)。 核酸数据库：三者的综合关系数据库
核酸的尺寸结构。 Biophys J., 63, 751-759.]，其
非常感谢合作，特别是在设计概念的形式
由 J. Westbrook 创建。
请注意 CIFPARSE API 中的以下通知：
本软件不提供适销性或适用性保证
特定目的或任何其他明示或暗示的保证。 罗格斯大学没有
软件不会侵犯任何专利的声明或保证，
版权或其他专有权利。
商品描述
RasMol 是一个分子图形程序，用于蛋白质、核酸的可视化
酸和小分子。 该计划旨在展示，教学和生成
出版质量的图像。 RasMol 在广泛的架构和操作上运行
系统包括 Microsoft Windows、Apple Macintosh、UNIX 和 VMS 系统。 UNIX 和 VMS
版本需要 8、24 或 32 位彩色 X Windows 显示器（X11R4 或更高版本）。 X
Windows 版本的 RasMol 为硬件拨号框和
加速共享内存通信（通过 XInput 和 MIT-SHM 扩展），如果
在当前的 X 服务器上可用。
程序读入分子坐标文件并交互地显示分子
各种配色方案和分子表示的屏幕。 目前
可用的表示包括深度线索线框、“Dreiding”棒、空间填充
(CPK) 球体、球和棒、固体和链生物分子带、原子标签和点
表面。
一次最多可加载和显示 5 个分子。 任何一项或全部
分子可以旋转和平移。
RasMol 帮助工具可以通过键入“help ”或“帮助
" 来自命令行。RasMol 命令的完整列表可以通过以下方式显示
键入“帮助命令”。 也可以使用单个问号来缩写关键字
“帮助”。 重要通知请输入“帮助通知”。
指令
RasMol 允许执行在 拉斯摩尔> 提示在
终端窗口。 每个命令必须在单独的行中给出。 关键字是大小写
不敏感，可以用大写或小写字母输入。 所有空白
除了分隔关键字及其参数外，字符将被忽略。
所有命令都可以以括号为前缀 原子 表达 临时选择
某些原子只是为了执行那个命令。 命令执行后，
除了命令之外，先前的选择被恢复 选择 , 限制 和 脚本。
RasMol 当前识别的命令/关键字如下所示。
骨干
拉斯摩尔 骨干 命令允许将多肽骨架表示为
连接每个氨基酸的相邻α碳的一系列键
链。 这些主干“债券”的显示由命令打开和关闭
参数的方式与 线框 命令。 命令 骨干 折扣
关闭选定的“债券”，和 骨干 on 或者用一个数字打开它们。 这
number 可用于指定表示的圆柱半径
埃或 RasMol 单位。 参数值为 500（2.0 埃）或以上的结果
在“参数值太大”错误中。 主干对象可以使用
拉斯摩尔 颜色 骨干 命令。
保留字主干也用作预定义集（“帮助集”）和作为
的参数 集 邦德 和 集 债券 命令。 RasMol 命令 追踪
呈现平滑的主干，与 骨干 连接α碳
用直线。
可以使用虚线显示主干 骨干 短跑
命令。
背景
拉斯摩尔 背景 命令用于设置“画布”背景的颜色。
颜色可以作为颜色名称或逗号分隔的三重红色，
用方括号括起来的绿色和蓝色 (RGB) 分量。 键入命令
帮助 颜色 将给出 RasMol 识别的预定义颜色名称列表。
在 X Windows 下运行时，RasMol 还识别 X 服务器的颜色
颜色名称数据库。
这个 背景 命令是 RasMol 的同义词 集 背景 命令。
债券 RasMol 命令 键 + 将指定的债券添加到
绘图，如果键已经存在，则增加键顺序。 命令 键
挑 选择由原子序列号指定的两个原子
作为债券的两端，围绕 轮流 键 命令将是
应用。 如果不存在绑定，则创建绑定。
围绕先前选择的债券的轮换可以由 轮流 键
命令，或者也可以用鼠标控制，使用 键 轮流
开/关 或等价物 轮流 键 开/关 命令。
保加利亚语
拉斯摩尔 保加利亚语 命令将菜单和消息设置为保加利亚语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
卡通
拉斯摩尔 动画片 命令显示一个分子 缎带 作为理查森
(MolScript) 风格蛋白质 卡通片， 实施为厚（深）色带。 这
获得蛋白质卡通图的最简单方法是使用 卡通
选项 屏 显： 菜单。 这 动画片 命令代表当前选择的
残留物作为一个深色带，宽度由命令的参数指定。 使用
不带参数的命令会导致功能区的宽度取自
蛋白质的二级结构，如 缎带 命令。 默认情况下，
beta-sheets 的 C 端显示为箭头。 这可能被启用和
禁用使用 集 漫画 命令。 卡通的深度可以调整
使用 集 漫画 命令。 的 集 漫画 没有任何命令
参数将这两个选项返回到它们的默认值。
中心 拉斯摩尔 中心 命令定义了关于它的点 轮流 命令和
滚动条旋转当前分子。 没有参数的 center 命令
将旋转中心重置为分子的重心。 如果
指定原子表达式后，RasMol 将分子绕中心旋转
由表达式指定的一组原子的重力。 因此，如果单个原子是
由表达式指定，该原子将在旋转期间保持“静止”。
类型 帮助 表达 有关 RasMol 原子表达式的更多信息。
或者，居中可以用逗号分隔的 [CenX, CenY,
CenZ] 从重心以 RasMol 单位（埃的 1/250）偏移。
三元组必须用方括号括起来。
可选表格 中心 ... 翻译 和 中心 ... 中心 可能习惯于
指定使用平移的旋转中心（不一定在中心
画布）或放置在画布中心的旋转中心。
从 RasMol 2.7.2 开始，默认设置是将新轴在画布上居中。
中文版
拉斯摩尔 中文版 命令将菜单和消息设置为中文版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
剪贴板
拉斯摩尔 剪贴板 命令将当前显示的图像的副本放在
本地图形“剪贴板”。 注意：UNIX 或 VMS 尚不支持此命令
机器。 它旨在使应用程序之间的图像传输更容易
在 Microsoft Windows 或 Apple Macintosh 上。
在 UNIX 或 VMS 系统上使用 RasMol 时，可以通过以下方式实现此功能
以接收程序可以读取的格式生成光栅图像
使用 RasMol 写 命令。
颜色 为所选区域的原子（或其他对象）着色。 颜色可以给
作为颜色名称或逗号分隔的三重红色、绿色和蓝色 (RGB)
用方括号括起来的组件。 键入命令 帮助 颜色 会给一个
RasMol 识别的所有预定义颜色名称的列表。
允许的对象是 原子 债券， 骨干， 丝带 标签， 点， 债券， 地图， 和
债券。 如果未指定对象，则默认关键字 原子 假设。 一些
配色方案是为某些对象类型定义的。 配色方案 没有 可
应用于除原子和点以外的所有对象，说明所选对象
没有自己的颜色，但使用它们相关原子的颜色（即
它们连接的原子）。 原子 物体也可以被着色 alt， 氨基， 链，
动画片， cpk， 组， 模型， 身材匀称， 结构， 温度 or 用户。 氢键
也可以通过着色 类型 和点表面也可以通过 静电的
潜在。 欲了解更多信息类型 帮助 颜色 . 地图对象可能是
由最近原子的特定颜色着色。
颜色模式
ColourMode 允许用户在使用新的 颜色 方法。 在
目前，新的着色技术与旧的相同，但为了保留
与旧脚本的兼容性最好在顶部附近添加“colormode on”
如果脚本是为 RasMol 2.7.3 版设计的，或者
早些时候。 新的颜色方法完成后，旨在修复一些错误
着色程序。
连接
拉斯摩尔 联接 命令用于强制 RasMol（重新）计算
当前分子的连通性。 如果原始输入文件包含
连接信息，这被丢弃。 命令 联接 false 使用快速
适用于确定生物大分子键合的启发式算法
如蛋白质和核酸。 命令 联接 true 使用更慢更多
基于共价半径的精确算法，更适合小
含有无机元素或应变环的分子。 如果没有参数
给定，RasMol 根据原子的数量确定使用哪种算法
输入文件。 大于 255 个原子会导致 RasMol 使用更快的实现。
如有必要，这是用于确定键合的方法，当分子处于
首先阅读使用 加载 命令。
推迟 拉斯摩尔 延缓 命令添加给出给具有给定名称的宏的命令，如果没有
给定名称，命令被添加到宏中，名称为空。 命令 ZAP
是特例。 在这种情况下，宏将被删除。 如果没有给出名字
命令必须以选择开始，例如 延缓 （选择）。空格填充
在给定名称下累积的延迟命令可以使用
执行 命令
确定 拉斯摩尔 定义 命令允许用户关联任意一组原子
具有唯一标识符。 这允许定义用户定义的集合。 这些
集合是静态声明的，即一旦定义了集合的内容就不会
更改，即使定义它们的表达式取决于当前的转换
和分子的表示。
深度 拉斯摩尔 深度 命令启用、禁用或定位
分子。 该程序只绘制分子中距离较近的那些部分
比剪裁平面更接近观看者。 整数值的范围从零开始
分子的后面到 100 完全在分子的前面。
中间值决定了要绘制的分子的百分比。
此命令与 厚板 命令，它剪辑到一个
给定的 z 剪裁平面。
点 拉斯摩尔 点 命令用于在周围生成范德华点表面
当前选定的原子。 点曲面在球体上显示规则间隔的点
范德瓦尔斯关于每个选定原子的半径。 将被“掩埋”的点
在范德华半径内的任何其他原子（无论是否选择）都不是
显示。 命令 点 on 删除任何现有的点表面并生成一个
当前选定原子集周围的点表面，默认点密度为
100. 命令 点 折扣 删除任何现有的点表面。 点密度可以是
通过提供 1 到 1000 之间的数字参数指定。此值
大约相当于中等大小的表面上的点数
原子。
默认情况下，点表面上每个点的颜色是其最近点的颜色
表面生成时的原子。 整个网点表面的颜色可能
使用 颜色 点 命令。
回音 拉斯摩尔 回音 命令用于在 RasMol 命令/终端中显示消息
窗户。 字符串参数可以选择用双引号分隔
人物。 如果没有指定参数，则 回音 命令显示一个空行。
此命令对于显示 RasMol 中的文本特别有用 脚本
文件中。
英语
拉斯摩尔 英语 命令将菜单和消息设置为英文版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
执行
拉斯摩尔 执行 命令：
1. 保存分子的旧平衡（平移、旋转和缩放）
2. 执行指定的宏来抑制屏幕更新和录制
3. 动画新渲染的分子从旧平衡到线性运动
新的姿态
该宏必须先前已通过调用 延缓 命令。
运动的动画取决于之前的设置 记录 命令。
法语 拉斯摩尔 法语 命令将菜单和消息设置为法语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
债券 拉斯摩尔 邦德 命令用于表示蛋白质的氢键
分子的骨架。 此信息可用于评估蛋白质的
二级结构。 氢键表示为虚线或
供体和受体残基之间的圆柱体。 第一次 邦德 命令
使用时，程序会搜索分子的结构以找到氢键
残留并向用户报告键数。 命令 债券 on
将选定的“债券”显示为虚线，并且 债券 折扣 关闭他们的
展示。 hbond 对象的颜色可以通过 颜色 邦德 命令。
最初，每个氢键都有其连接原子的颜色。
默认情况下，在接受氧气和捐赠氧气之间绘制虚线
氮。 通过使用 集 债券 命令的α碳位置
可以使用适当的残基代替。 这在检查时特别有用
骨架表示中的蛋白质。
帮助 拉斯摩尔 帮助 命令提供有关给定主题的在线帮助。
意大利语
拉斯摩尔 意大利语 命令将菜单和消息设置为意大利语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
日文
拉斯摩尔 日文 命令将菜单和消息设置为日语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
标签 拉斯摩尔 标签 命令允许关联任意格式的文本字符串
与每个当前选定的原子。 此字符串可能包含嵌入的“扩展”
显示被标记原子的属性的说明符。 一个扩展
说明符由一个 '%' 字符后跟一个字母字符组成
指定要显示的属性。 可能会显示实际的“%”字符
通过使用扩展说明符“%%”。
可以使用以下命令关闭当前选定原子的原子标记
标签 关闭。 默认情况下，如果没有给出字符串作为参数，RasMol 使用标签
适用于当前分子。
每个标签的颜色可以使用 颜色 标签 命令。 默认情况下，
每个标签都以与它所连接的原子相同的颜色绘制。 这
显示文本的大小和间距可以使用 集 字体大小
命令。 显示文本中笔画的宽度可能会改变
使用 集 字体笔画
命令。
载荷 将分子坐标文件加载到 RasMol 中。 有效的分子文件格式是 资料库
（蛋白质数据库格式）， MDL （分子设计有限公司的 MOL 文件格式），
炼金术 （Tripos 的 Alchemy 文件格式）， mol2 （Tripos 的 Sybyl Mol2 文件格式），
魅力 （CHARMm 文件格式）， XYZ （MSC 的 XMol XYZ 文件格式）， 莫帕克 （J.P
Stewart 的 MOPAC 文件格式）或 CIF （IUCr CIF 或 mmCIF 文件格式）。 如果没有文件
指定格式， PDB， CIF， or 到岸价 默认情况下假定。 多达 20 个分子
可以一次加载。 如果 CHEM_COMP 配体模型包含在 mmCIF 文件中，
它们将作为 NMR 模型加载，首先给出模型的所有 NMR 模型
如果指定坐标，然后给出理想模型的所有 NMR 模型
坐标。
要在加载另一个分子之前删除一个分子，请使用 RasMol ZAP 命令。 到
使用 RasMol 选择一个分子进行操作 分子 命令。
这个 加载 命令选择分子中的所有原子，使其在屏幕上居中
并将其渲染为 CPK 彩色线框模型。 如果分子不含键
（即仅包含α碳），它被绘制为α碳骨架。 如果
文件指定的键数少于原子，RasMol 使用
联接 命令。
这个 加载 一致 命令还允许在脚本中存储原子坐标
允许更好地与 WWW 浏览器集成。 在脚本中执行的加载命令
文件可以指定关键字 一致 而不是传统的文件名。 这个选项
指定要加载的分子的坐标存储在同一文件中
作为当前正在执行的命令。
地图 拉斯摩尔 地图 命令与电子密度图配合使用
分子的显示。 这些命令非常占用内存，可能无法正常工作
内存有限的机器。 每个分子可能有尽可能多的地图
内存允许。 地图可以从文件中读取或从高斯密度生成
原子周围的分布。
地图 颜色， 根据给定的配色方案为地图着色， 地图 产生， 至
基于伪高斯从选定的原子生成映射， 地图 水平， 设置
选定地图的轮廓级别， 地图 加载， 从文件加载地图， 地图 面膜
为选定的地图指定一个蒙版， 地图 解析度， 设置分辨率
用于绘制所选地图的轮廓， 地图 严格， 选择一张或多张地图并
禁用所有其他人， 地图 救， 将地图信息保存到文件中， 地图 规模， 控制
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 缩放 of 伪高斯 ，尤其是 发电 地图， 地图 选择， 选择一个或
更多地图， 地图 显示， 显示有关一张或多张地图或有关
用于生成或加载下一张地图的参数， 地图 间距， 设置
所选地图等高线之间的间距， 地图 传播， 设置方差
用于地图生成的高斯分布作为原子半径的一部分，以及 地图 ZAP
删除以前生成或加载的地图。
的效果 地图 生成 和 地图 加载 命令被修改 地图 面膜
限制可以考虑的显示空间部分的命令
地图的显示。
地图 颜色
拉斯摩尔 地图 颜色 命令根据指定的颜色为选定的地图着色
配色方案。 配色方案可以是颜色名称或和 RBG 三元组
括号或关键字 原子 使地图点按颜色着色
最近的原子。
地图 生成
拉斯摩尔 地图 生成 命令从当前的任何原子生成一个映射
通过对由高斯分布近似的电子密度求和来选择。
每个 Gaussian 的高度由 地图 由于平均内核尺寸较大，西米棕榈的加工比类似作物简单。然而，西米棕榈的相对稀缺性降低了潜在的加工规模。 命令。
map scale默认为true，每个Gaussian都有一个高度比例元素
原子的类型。 如果给出了可选的“LRSurf”参数或地图比例
false 已执行，每个高斯被缩放，以便高斯轮廓水平
1 在范德瓦尔斯半径处。 在任何一种情况下，确定的标准偏差
使用最近指定的点差或分辨率。 如果非零点差
已经给定原子的半径乘以散布以找到
标准差。 默认值为 2/3。 如果已作出决议，则
点差被推断为分辨率的 2/3。
例如，如果分辨率为 1.，并且所讨论的原子是碳
范德华半径为 468 RasMol 单位（1.87 埃），推断
速度为 .6667，高斯的标准偏差为 1.25
埃。
如果散布已设置为零，则每个原子的散布由
van der Waals 半径和探针原子半径来模拟 Lee-
理查兹表面。
如果地图选择器没有给出具体的地图，新的地图将被赋予下一个
可用的地图编号。
如果地图选择器给出了特定地图，则新地图将替换该地图。 如果
地图选择器给出了不止一张地图，新地图将替换最低的
对所选地图进行编号。 无论如何，新地图将成为当前
选定的地图。
地图显示为点、网格或曲面，具体取决于最后一张地图
选择的渲染模式或在命令本身上选择的模式。
地图 水平
拉斯摩尔 地图 水平 命令设置用于创建的轮廓级别
生成或加载的地图的后续表示。 如果关键字 MEAN 在
使用的级别是相对于地图数据的平均值。 否则水平是
绝对。
通常，较低的级别会导致地图包含更多显示的体积，
而更高的级别会导致地图包含更少的显示体积。
地图 加载
拉斯摩尔 地图 加载 命令将地图文件加载到 RasMol 中。 有效的格式是
CCP4 地图格式和 imgCIF 格式。
如果地图选择器没有给出具体的地图，新的地图将被赋予下一个
可用的地图编号。
如果地图选择器给出了特定地图，则新地图将替换该地图。 如果
地图选择器给出了不止一张地图，新地图将替换最低的
对所选地图进行编号。 无论如何，新地图将成为当前
选定的地图。
根据上次地图渲染，地图显示为点、网格或表面
模式选择。
地图 面膜
拉斯摩尔 地图 面膜 命令指定用于限制显示空间的掩码
用于制作其他地图的表示或删除较早的蒙版
规格。
'selected' 选项表示要从当前创建掩码
选定的原子。 这 ' ' 选项表示要从中复制掩码
指定号码的地图。 'none' 选项删除以前的
指定的掩码，如果有的话。
地图选择器指定一个或多个地图，指定的掩码将用于
应用。 例如，'map next mask selected' 指定当前
选定的原子将用于生成要应用于创建的任何贴图的掩码
通过随后的“地图加载”或“地图生成”命令。
任何地图都可以用作掩码。 遮罩贴图的部分大于或
等于蒙版贴图的平均值允许蒙版贴图的值
按规定使用。 遮罩图低于平均值的部分
遮罩贴图导致被遮罩的贴图值被视为
等于被屏蔽的地图的最低数据值。
地图 分辨率
拉斯摩尔 地图 分辨率 命令以 RasMol 单位指定分辨率，或者，如果
给出包含小数点的数字，要使用的分辨率以埃为单位
在生成和表示地图。
分辨率用于地图间距的地图表示，表示
轮廓水平之间的分离（见 地图 间距 命令）并推断
用于从选定原子生成的映射中的映射扩展（参见 地图 传播
命令）。 地图扩展设置为指定分辨率的三分之二。
地图 限制
拉斯摩尔 地图 限制 命令选择特定的地图使它们活跃
后续地图命令。 这类似于 地图 选择 命令，但确实
禁用未选择的地图的显示。
地图 保存
拉斯摩尔 地图 保存 命令保存一个 imgCIF 映射文件。
如果地图选择器没有给出具体的地图，则当前选择的地图和
它们的掩码被写入文件，每个数据块一个映射和掩码对。
地图 由于平均内核尺寸较大，西米棕榈的加工比类似作物简单。然而，西米棕榈的相对稀缺性降低了潜在的加工规模。
拉斯摩尔 地图 由于平均内核尺寸较大，西米棕榈的加工比类似作物简单。然而，西米棕榈的相对稀缺性降低了潜在的加工规模。 命令选择伪高斯的缩放比例 地图
生成 命令。 默认地图比例为true，每个高斯都有一个高度
原子的比例元素类型。 如果执行了 map scale false，则每个
Gaussian 被缩放，以便高斯轮廓级别 1 位于范德瓦尔斯
半径。 在任一情况下，由最近确定的标准偏差
使用指定的传播或分辨率。
地图 选择
拉斯摩尔 地图 选择 命令选择特定的地图使它们活跃
后续地图命令。 这类似于 地图 限制 命令，但不
禁用未选择的地图的显示。
如果可选 原子 给定参数，该命令选择具有中心的原子
最接近地图点。 搜索半径可以由
参数 搜索半径。 默认是寻找 4 埃以上的原子
探测半径。 如果可选 中 参数给定，新的选择是
取自当前选定的原子。 如果选项 加 参数是
给定，新的选择被添加到当前选择的原子中。 默认是
在所有原子中进行搜索。
地图 显示
拉斯摩尔 地图 显示 命令导致有关地图指定的地图的信息
要写入命令窗口的选择器。
地图 间距
拉斯摩尔 地图 间距 命令指定要在轮廓之间使用的间距
创建地图表示的线条。 间距通常为
以埃为单位，带小数点，但也可以以 RasMol 单位指定
（Angstom 的 250ths）作为整数。 对于以网格坐标加载的地图
间距平行于单元边缘。 默认间距是二分之一埃。
地图 传播
拉斯摩尔 地图 传播 命令指定标准数的倒数
用于生成地图的每个半径的偏差作为以高斯为中心的总和
在原子位置上。 默认传播是三分之二（即每个半径覆盖
1.5 标准偏差）。
如果散布已设置为零，则每个原子的散布由
van der Waals 半径和探针原子半径来模拟 Lee-
理查兹表面。
地图 ZAP
拉斯摩尔 地图 ZAP 命令删除地图的数据和表示
由地图选择器指定。 未移除地图的地图编号
没有改变。
分子
拉斯摩尔 分子 命令选择最多 5 个先前加载的分子之一作为
主动操纵。 虽然所有的分子都显示出来并且可以旋转
集体（见 轮流 所有 命令），一次只有一个分子是
激活用于控制渲染细节的命令进行操作。
显示器
拉斯摩尔 监控 命令允许显示距离监视器。 一段距离
监视器是任意一对原子之间的虚线（虚线），可选
用它们之间的距离标记。 RasMol 命令 监控
在原子指定的两个原子之间添加这样一个距离监视器
作为参数给出的序列号
使用命令关闭距离监视器 显示器 关闭。 默认情况下，
监视器将其两个端点之间的距离显示为中心的标签
监视器的。 可以使用以下命令关闭这些距离标签 集
显示器 关闭， 并使用命令重新启用 集 显示器 上。 像大多数其他人一样
表示，监视器的颜色取自其端点的颜色
除非由 颜色 显示器 命令。
距离监视器也可以与鼠标交互地添加到分子中，
使用 集 选择 监控 命令。 点击一个原子会导致它的存在
在 rasmol 命令行上识别。 此外，每个选择的原子都会增加一个
模数计数器，在监控模式下，每隔一个原子显示距离
在这个原子和前一个原子之间。 shift键可用于形成距离
在固定原子和几个连续位置之间进行监视。 距离监视器
也可以通过选择适当的原子端点对来删除（切换）
第二次。
不切换
拉斯摩尔 禁止切换 命令启用或禁用切换功能的使用
由其他一些 RasMol 命令使用。 当没有指定布尔值时，
NoToggle 模式已启用。 当启用 NoToggle 模式时，所有切换功能
被禁用。 要关闭它，必须明确设置 不切换 关闭。
一些使用切换功能的命令是： 颜色模式。 更多功能
使用此功能可能会在以后添加。
Pause 暂停 拉斯摩尔 暂停 命令在脚本文件中用于停止本地的脚本文件
通过鼠标操作，直到按下任意键重新启动脚本文件。 稍等
与...同义 暂停。 该命令可以在 RasMol 脚本文件中执行以
暂停命令的顺序执行并允许用户检查
当前图像。 当 RasMol 执行一个 暂停 命令在脚本文件中，它挂起
执行文件的其余部分，刷新屏幕上的图像并允许
使用鼠标和滚动条操作图像，或调整图像大小
图形窗口。 一旦按下某个键，控制将返回到脚本文件
行跟随 暂停 命令。 当脚本暂停时，分子可能会
像往常一样旋转、平移、缩放、切片和拾取，但所有菜单命令都是
禁用。
下注 拉斯摩尔 玩 命令指定要播放的记录媒体
电影。 播放帧开始时间以秒到毫秒精度给出。
由于我们在计算机上工作，介质被指定为一组文件，每个文件
以毫秒为单位的播放帧开始时间标记为名称的一部分。 这
在名称中查找播放帧开始时间
毫秒由带有适当数量的字符“ssssss”标记
数字。 RasMol 接受大写或小写 s 或十进制数字来标记
时间的地方。 播放关闭和播放弹出命令有效地删除
使用的指定介质。 如果没有指定媒体，play off 暂停播放
并继续播放。 通常播放立即开始并运行到最后
的介质。 但是，如果附加赛和/或从 和
play until 输入之前 玩 类型 中， 将使用这些设置。
从 2.7.5 版开始，RasMol 支持从脚本和数据文件播放。
打印 拉斯摩尔 打印 命令将当前显示的图像发送到本地默认
打印机使用操作系统的本机打印机驱动程序。 注意：这个命令是
UNIX 或 VMS 尚不支持。 它旨在利用 Microsoft
Windows 和 Apple Macintosh 打印机驱动程序。 例如，这允许图像
直接在点阵打印机上打印。
在 UNIX 或 VMS 系统上使用 RasMol 时，可以通过以下方式实现此功能
使用 RasMol 生成 PostScript 文件 写 ps or 写 向量
命令并打印或生成光栅图像文件并使用实用程序
将其转储到本地打印机。
退出 退出 RasMol 程序。 RasMol 命令 出口 和 退出 是同义词，
除了在嵌套脚本中。 在这种情况下， 出口 仅终止当前
水平，而 退出 终止所有嵌套级别的脚本。
Record 拉斯摩尔 记录 命令指定用于保存电影的记录介质。 自从
我们在计算机上工作，介质被指定为一组模板
文件，每个文件都标有以毫秒为单位的播放帧开始时间（而不是
以秒为单位，以避免嵌入小数点）作为名称的一部分。 在的地方
要替换为以毫秒为单位的播放帧开始时间的名称是
由带有适当位数的字符“ssssss”标记。 拉斯摩尔
接受大写或小写 s 或十进制数字来标记位置
时间。 记录关闭命令从使用中删除指定的媒体。 如果没有介质
指定，记录关闭暂停记录和记录恢复记录
同一媒体上的下一个可用时间。 屏幕是默认的媒体和
默认情况下是打开的。 必须明确指定写入磁盘，以便磁盘
不会被无意中填满。 记录介质的类型可以是
图像类型，如 gif、pict 或 png 以记录实际屏幕图像或脚本
记录用于生成帧的 RasMol 命令。
通常记录从播放帧开始时间 0 秒开始。 一个非零
可以指定以秒为单位的开始时间 记录 ， 命令如 记录
， 25 or 记录 ， 37.25 帮助组织要组装的电影场景
稍后以适当的顺序。 这 记录 直到 命令允许上限
以秒为单位设置录制时间。 默认是没有限制。 发出
命令
记录 ， 600
记录 直到 1800
将导致 20 分钟的电影片段打算从 10 分钟开始
更长的电影。 这些命令允许控制重写选定的时间段。
刷新
拉斯摩尔 刷新 命令重绘当前图像。 这在脚本中很有用
确保应用复杂的参数更改列表。
重新编号
拉斯摩尔 重新编号 命令对大分子中的残基进行顺序编号
链。 可选参数指定第一个残基的值
序列。 默认情况下，此值为 XNUMX。 对于蛋白质，每个氨基酸都有编号
从 N 端到 C 端连续。 对于核酸，每个碱基
从 5' 末端到 3' 末端编号。 当前的所有链
数据库被重新编号并忽略原始序列中的空白。 开始的
编号值可能为负。
重设 拉斯摩尔 重置 命令恢复原始视图变换和中心
回转。 比例设置为其默认值， 放大 旋转中心
设置为当前加载分子的几何中心， 中心 全部， Free Introduction
center 被平移到屏幕中间，视点设置为
默认方向。
此命令不应被误认为是 RasMol ZAP 命令删除
当前存储的分子，将程序返回到其初始状态。
限制
拉斯摩尔 限制 命令都定义了当前选定的区域
分子并禁用分子的（大部分）这些部分的表示
不再选择。 修改分子颜色的所有后续 RasMol 命令
或表示仅影响当前选定的区域。 参数 a
限制 command 是一个 RasMol 原子表达式，它对每个原子进行评估
当前分子。 此命令与 RasMol 非常相似 选择 命令，
除 限制 禁用 线框， 空间填充 和 骨干 表示在
未选择的区域。
键入“帮助表达式”以获取有关 RasMol 原子表达式的更多信息或参见
部分 原子 表达式。
丝带
拉斯摩尔 缎带 命令将当前加载的蛋白质或核酸显示为
沿着蛋白质骨架穿过的光滑固体“带状”表面。 这
在当前选择其 α 碳的每个氨基酸之间绘制色带。
色带的颜色由 RasMol 改变 颜色 色带 命令。 如果
当前色带颜色是 没有 （默认），颜色取自 alpha
碳沿其长度的每个位置。
每个位置的色带宽度由中的可选参数决定
通常的 RasMol 单位。 默认情况下，功能区的宽度取自
蛋白质的二级结构或恒定值 720 (2.88 埃)
核酸。 蛋白质 α 螺旋和β 折叠的默认宽度为 380
(1.52 埃) 和 100 (0.4 埃) 用于匝数和无规线圈。 次要
结构分配要么来自 PDB 文件，要么使用 DSSP 计算
使用的算法 结构体 命令。 此命令类似于 RasMol
命令 股 这将生物分子带呈现为平行的深度线索
曲线。
轮流 围绕指定轴旋转分子。 轴的允许值
参数是“x”、“y”、“z”和“bond”。 整数参数表示角度
要旋转的结构的度数。 对于 X 和 Y 轴，正值移动
最接近的点向上和向右，负值将其向下和向左移动，
分别。 对于 Z 轴，正向旋转为顺时针，负向旋转
角度逆时针。
或者，此命令可用于指定鼠标或
拨号将控制。 如果 轮流 键 true 被选中，水平滚动条
将控制围绕所选轴的旋转 键 SRC DST 挑 命令。
If 轮流 所有 true 被选中，并且已经加载了多个分子，那么所有
分子会一起旋转。 在所有其他情况下，鼠标和拨盘控制
选择的分子的旋转 分子 n 命令。
俄语
拉斯摩尔 俄语 命令将菜单和消息设置为俄语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
已保存 将当前选定的原子集保存在蛋白质数据库 (PDB)、MDL、
Alchemy(tm) 或 XYZ 格式文件。 这个命令和
拉斯摩尔 写 命令已被删除。 唯一的区别是没有格式
说明符 保存 命令生成一个 PDB 文件和 写 命令生成一个
的GIF 图片。
脚本 拉斯摩尔 脚本 命令从文本中顺序读取一组 RasMol 命令
文件并执行它们。 这允许将常用命令序列
由单个命令存储和执行。 RasMol 脚本文件可能包含进一步的
脚本命令的最大“深度”为 10，允许复杂的序列
要执行的动作。 RasMol 忽略第一个 '#' 字符之后的所有字符
在每一行上允许对脚本进行注释。 脚本文件通常也是
使用 RasMol 注释 回音 命令。
生成 RasMol 脚本文件的最常见方法是使用 写 脚本 or
写 拉斯莫尔 命令输出所需的命令序列
重新生成当前视图、表示和着色
显示的分子。
RasMol 命令 资源 是同义词 脚本 命令。
选择 定义当前选定的分子区域。 所有后续 RasMol
操作分子或仅修改其颜色或表示的命令
影响当前选择的区域。 参数 a 选择 命令是一个 RasMol
为当前分子的每个原子计算的表达式。 目前
分子的选定（活性）区域是那些导致表达的原子
来评价真。 要选择整个分子，请使用 RasMol 命令 选择 所有。
的行为 选择 不带任何参数的命令由
拉斯摩尔 异 和 加氢 参数。
键入“帮助表达式”以获取有关 RasMol 原子表达式的更多信息或参见
部分 原子 表达式。
选择 拉斯摩尔 集 命令允许用户更改各种内部程序参数
例如控制渲染选项的那些。 每个参数都有自己的设置或
允许的参数选项。 通常，省略参数选项会重置
参数为其默认值。 下面给出了有效参数名称的列表。
展示 拉斯摩尔 显示 命令显示当前加载状态的详细信息
分子。 命令 显示 信息 列出分子的名称、分类、
PDB 代码及其包含的原子、链、基团的数量。 如果是氢键，
二硫键或二级结构已经确定，数量
还分别显示了 hbonds、ssbonds、螺旋、阶梯和转弯。 这
命令 显示 中心 显示由选择的任何非零中心值 中心
[CenX， 岑， 中央] 命令。 命令 显示 飞利浦 显示 phi 和 psi 角
当前选择的残基和顺式肽键的欧米茄角。 这
命令 显示 随机打印 （或 'show RPP' 或 'show RamachandranPrinterPlot'）显示一个
弗朗西斯·伯恩斯坦 (Frances Bernstein) 的 fisipl 风格的简单 Ramachandran 打印机绘图
程序。 命令 显示 回转 （或 'show rot' 或 'show 'rotate'）显示
当前选择的 z、y、x 和键旋转值（如果有）。 命令 显示
选 （或“显示选定的组”或“显示选定的链”或“显示选定的链”
atom' ) 显示当前选择的组（默认）、链或原子。 这
命令 显示 序列 列出构成分子每条链的残基。
命令 显示 对称性 显示了分子的空间群和晶胞。 这
命令 显示 翻译 显示由选择的任何非零转换值
翻译 命令。 命令 显示 放大 显示任何非零缩放
选择的值 放大 命令。
厚板 拉斯摩尔 厚板 命令启用、禁用或定位图像的 z 剪裁平面
分子。 该程序只绘制分子的那些部分
从观察者而不是平板平面。 整数值范围从零开始
分子的最后面到 100 完全在分子的前面。
中间值决定了要绘制的分子的百分比。
此命令与 深度 命令，它剪辑到一个
给定的 z 剪裁平面。
空间填充
拉斯摩尔 空间填充 命令用于表示当前选中的所有
原子作为固体球体。 此命令用于生成球体并集和
分子的球棒模型。 命令， 空间填充 如此， 默认，
将每个原子表示为范德华半径的球体。 命令 空间填充
折扣 关闭所选原子作为球体的表示。 球体半径
可以指定为 RasMol 单位（1/250 埃）的整数或值
包含小数点。 500（2.0 埃）或更大的值会导致
“参数值太大”错误。
这个 温度 选项将每个球体的半径设置为其存储在其中的值
温度场。 零或负值没有影响，值大于
2.0 被截断为 2.0。 这 用户 选项允许每个球体的半径为
使用 Raster 3D 的 COLOR 由分子 PDB 文件中的附加行指定
记录扩展。
RasMol 命令 CPK 是同义词 空间填充 命令。
RasMol 命令 cp知道 是同义词 空间填充 命令，除了一个
使用了稍微不同的颜色集。
西班牙文
拉斯摩尔 西班牙文 命令将菜单和消息设置为西班牙语版本。
除非安装了适当的字体，否则此命令可能无法正常工作。
命令 保加利亚语， 中文， 英文， 法国， 意大利， 俄语 和 西班牙文 五月
用于选择保加利亚语、中文、英语、法语、意大利语、日语、俄语
和西班牙语菜单和消息，如果已经安装了适当的字体。
单边债券
拉斯摩尔 债券 命令用于表示二硫桥
蛋白质分子作为连接点之间的虚线或圆柱体
半胱氨酸。 第一次是 债券 命令被使用，程序搜索
蛋白质的结构以寻找半胱氨酸对（半胱氨酸的硫
相互之间的距离在 3 埃以内）并将桥的数量报告给
用户。 命令 债券 on 将选定的“债券”显示为虚线，并且
命令 债券 折扣 禁用当前选定区域中 ssbond 的显示。
二硫键的选择与普通键相同，可以调整
使用 RasMol 集 键合模式 命令。 二硫键的颜色可能是
使用 颜色 债券 命令。 默认情况下，每个二硫键都有
其连接原子的颜色。
默认情况下，在半胱氨酸中的硫原子之间绘制二硫键
组。 通过使用 集 债券 命令半胱氨酸的 alpha 的位置
可以使用碳来代替。
星 拉斯摩尔 明星 命令用于将所有当前选定的原子表示为
星星（六个笔画，x、-x、y、-y、z 和 -z 方向各一个）。 这
命令 选择 而不去 保税区 其次是 明星 75 可用于标记未键合的原子
a 线框 显示开销比提供的更少 空间填充 75. 这可以是
使用命令为所有后续线框显示自动完成 集
键合模式 而不去 保税。
命令 明星 如此， 默认值，将每个原子表示为带有笔划的星形
长度等于范德瓦尔斯半径。 命令 明星 折扣 关闭
将所选原子表示为星形。 可以指定星形行程长度
作为 RasMol 单位的整数（1/250 埃）或包含小数的值
观点。 500 (2.0 埃) 或更大的值会导致“参数值太
大”的错误。
这个 温度 选项将每个星的行程长度设置为存储在
它的温度场。 零或负值没有影响，值更大
比 2.0 被截断为 2.0。 这 用户 选项允许每个行程长度
使用 Raster 由分子 PDB 文件中的附加行指定的星号
3D 的 COLOR 记录扩展。
拉斯摩尔 空间填充 命令可用于对原子进行更具艺术性的渲染，如
领域。
立体声 拉斯摩尔 立体声 命令提供图像的并排立体显示。 立体声
可以通过选择打开（和关闭）分子查看 立体声 ，
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 可选项 菜单，或通过键入命令 立体声 on or 立体声 关闭。
从 RasMol 版本 2.7.2.1 开始， 立体声 菜单选择和命令
立体声 没有参数从初始状态循环 立体声 折扣 至 立体声 on in
斗鸡眼模式 立体声 on 在大眼模式下，然后回到 立体声 关闭。
两个视图之间的分离角度可以用 集 立体声 [ - ]
命令，其中正值导致交叉眼查看和负值
放松（白眼）观看中的价值观。 包括 [ - ] ，在 立体声
命令，例如 立体声 3 or 立体声 - 5， 还控制角度和
方向。
立体声命令仅部分实现。 当立体声打开时，
图像未正确重新校准。 （这可以通过 翻译 x ——
命令。）它在矢量 PostScript 输出文件中不受支持，不被保存
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 写 脚本 命令，一般来说还没有正确地与
该程序的其他几个功能。
链
拉斯摩尔 股 命令将当前加载的蛋白质或核酸显示为
一条平滑的“带状”深度线索曲线穿过蛋白质的骨架。
色带由许多相互平行的股线组成
沿着每个残基的肽平面。 在每个氨基之间绘制色带
当前选择了α碳的酸。 色带的颜色改变了
通过拉斯摩尔 颜色 色带 命令。 如果当前色带颜色是 没有 （
默认），颜色取自沿其每个位置的 alpha 碳
长度。 中央和最外面的股线可以使用
颜色 功能区1 和 颜色 功能区2 命令，分别。 中的股数
可以使用 RasMol 更改色带 集 股 命令。
每个位置的色带宽度由中的可选参数决定
通常的 RasMol 单位。 默认情况下，功能区的宽度取自
蛋白质的二级结构或核酸的常数值 720
（产生 2.88 埃宽的色带）。 蛋白质 alpha 的默认宽度
螺旋和β片为 380（1.52 埃）和 100（0.4 埃）的匝数
和随机线圈。 二级结构分配来自 PDB 文件或
使用 DSSP 算法计算 结构体 命令。 这个命令
类似于 RasMol 命令 缎带 这使得生物分子带作为
光滑的阴影表面。
结构
拉斯摩尔 结构体 命令计算二级结构分配
当前加载的蛋白质。 如果原始 PDB 文件包含结构分配
记录（HELIX、SHEET 和 TURN）这些被丢弃。 最初，氢键
找到当前分子的一部分，如果还没有这样做的话。 次要
然后使用 Kabsch 和 Sander 的 DSSP 算法确定结构。 一次
完成程序报告发现的螺旋、股线和匝数。
表面
拉斯摩尔 表面 命令渲染一个 Lee-Richards 分子表面
在选定的原子上滚动探测原子。 给定的值指定半径
的探头。 如果以第一种形式给出，则探头表面的渐开线
显示（排除溶剂的表面）。 如果以第二种形式提供，则信封
显示了探针中心的位置（溶剂可及
表面）。
追踪 拉斯摩尔 追踪 命令显示连续 alpha 碳之间的平滑样条
职位。 该样条不完全通过 α 碳位置
每个残基，但遵循相同的路径 丝带 股 和 卡通。 备注
残留物可能显示为 丝带 股， 漫画 或作为 追查。
启用这些表示中的一种会禁用其他表示。 然而，残留物可能
同时显示为主干和上述表示之一。
这可能会在 RasMol 的未来版本中改变。 在 2.6 版本之前， 追踪 是
与...同义 骨干。
追踪 温度 在高温下将骨干显示为更宽的圆柱体
因素和较薄的较低。 这种表示对 X 射线很有用
晶体学家和核磁共振光谱学家。
翻译
拉斯摩尔 翻译 命令移动分子中心的位置
屏幕。 轴参数指定分子沿哪个轴
移动和整数参数指定分子的绝对位置
从屏幕中间居中。 轴参数的允许值是
“x”、“y”和“z”。 位移值必须介于 -100 和 100 之间，其中
对应于将当前分子移出屏幕。 一个正的“x”
位移使分子向右移动，正“y”位移移动
屏幕下方的分子。 命令对 翻译 x 0 和 翻译 y 0
使分子在屏幕上居中。
解除绑定 RasMol 命令 解绑 从指定的债券中删除
画画。
命令 解绑 不带参数删除先前由 键
挑 命令。
原型的进一步迭代
拉斯摩尔 线框 命令表示选定区域内的每个键
分子作为圆柱体、线或深度线索向量。 债券的显示为
深度提示向量（离观察者越远绘制得越暗）被打开
命令 线框 or 线框 上。 选定的债券显示为
通过将半径指定为 RasMol 单位的整数或包含
小数点作为以埃为单位的值。 参数值为 500（2.0 埃）
或以上会导致“参数值太大”错误。 债券可能是彩色的
使用 颜色 债券 命令。
如果选定的键涉及替代构象异构体的原子，那么这些键是
在中间变窄到指定半径的 8 半径（或半径
指定为可选的第二个参数）。
非键合原子，在普通环境中可能变得不可见 线框 展示罐
由前面的标记 集 键合模式 而不去 保税区 命令。 如果几乎共线
与原子的键使它们很难在线框显示中看到， 集
键合模式 所有 命令将为 所有 随后的原子 线框 命令
处决。
填写 将当前图像以标准格式写入文件。 当前支持的图像
文件格式包括 BMP （微软位图）和 GIF （计算机 GIF）， 鸢尾花 （虹膜
红绿蓝), ppm （便携式像素图）， RAS （太阳光栅文件）， ps 和 每股收益 （封装
后记）， 独角兽 （单色封装 PostScript）， PICT （苹果图片）， 向量
（矢量后记）。 这 写 命令也可用于生成命令
其他图形程序的脚本。 格式 脚本 写出一个包含
拉斯摩尔 脚本 命令来重现当前图像。 格式 摩尔脚本
写出渲染分子的当前视图所需的命令
Per Kraulis 的 Molscript 程序中的色带和格式 运动图像 的命令
大卫理查森的节目法师。 以下格式可用于进一步
处理： 波夫雷 （POVRay 2）， 波夫雷3 （POVRay 3 - 正在开发中）， 虚拟机 （VRML
文件）。 最后，提供了几种格式来提供phi-psi数据以供listing
或 飞利浦 （phi-psi 数据作为带有 cis omegas 的注释列表）， 拉马昌 和 RDF
和 拉马钱德兰数据文件 （phi-psi 数据作为 gnuplot 的数字列）， RPP 和
拉马钱德兰打印机图 （phi-psi 数据作为打印机绘图）。
这个命令和 RasMol 的区别 保存 命令已被删除。
唯一的区别是没有格式说明符 保存 命令生成一个
PDB 文件和 写 命令生成一个 的GIF 图片。
扎普 删除当前数据库的内容并将参数变量重置为
它们的初始默认状态。
通过Zoom 更改当前显示图像的放大倍数。 布尔参数
放大或重置当前分子的比例。 整数参数
将所需的放大率指定为默认比例的百分比。 这
最小参数值为 10； 最大参数值取决于
显示的分子大小。 对于中等大小的蛋白质，这大约是 500。
设置 有无库存
RasMol 有许多内部参数，可以使用 集 命令。
这些参数控制许多程序选项，例如渲染选项和鼠标
按钮映射。
采摘 play.fps 半径记录.aps
选择 环境
拉斯摩尔 环境 参数用于控制环境量（或
周围）场景中的光。 这 环境 值必须在 0 到 100 之间。它
控制对象最暗阴影的百分比强度。 对于固体
物体，这是远离光源的表面的强度或
阴影。 对于深度线索物体，这是距离最远物体的强度
观众。
此参数通常用于校正具有不同“伽玛”的显示器
值”（亮度），更改硬拷贝图像在
打印或改变线框或色带表示的深度感。
选择 轴
拉斯摩尔 轴 参数控制正交坐标轴在
当前显示。 坐标轴是分子数据文件中使用的坐标轴，并且
原点是分子边界框的中心。 这 集 轴 命令是
类似于命令 集 边界框 和 集 晶胞 显示边界框
和晶胞，分别。
选择 后退
拉斯摩尔 后退 参数用于控制回退到指定的
背景颜色，而不是黑色。 这是由命令控制的 集
后退 on 和 集 后退 关闭。 例如，这可用于生成深度-
提示图像褪色为白色，而不是黑色。
选择 背景
拉斯摩尔 背景 参数用于设置“画布”的颜色
背景。 颜色可以以颜色名称或逗号分隔的形式给出
用方括号括起来的三重红、绿、蓝 (RGB) 分量。 键入
命令 帮助 颜色 将给出识别的预定义颜色名称列表
拉斯摩尔。 在 X Windows 下运行时，RasMol 还识别 X 中的颜色
服务器的颜色名称数据库。
命令 集 背景 与 RasMol 命令同义 背景。
选择 邦德模式
拉斯摩尔 集 键合模式 命令控制用于选择个人的机制
键并通过后续修改键合和非键合原子的显示
线框 命令。
使用时 选择 和 限制 命令，如果 i)，将选择给定的债券
键模式是 or 并且选择了连接的原子中的任何一个，或者 ii)
键模式是 和 并且选择通过键连接的两个原子。 因此一个
可以使用以下命令唯一标识单个键 集 键合模式 和
然后唯一选择两端的原子。
这个 键合模式 [全部 | 没有 | 而不去 保税] 命令添加 明星 75 or 空间填充 75 标记
对于指定的原子 线框 显示。 当指定时使用星号
线框半径为零。
选择 债券
拉斯摩尔 债券 参数用于控制双键和三键的显示为
多条线或气缸。 目前债券订单只能从 MDL Mol 读取
文件、Sybyl Mol2 格式文件、Tripos Alchemy 格式文件、CIF 和 mmCIF，以及
合适的 PDB 文件。 在某些 PDB 文件中指定了双键（和三键）
在 CONECT 记录中两次（和三次）指定给定的债券。 命令
集 债券 on 启用债券订单的显示，以及命令 集 债券 折扣
禁用它们。
选择 绑定框
拉斯摩尔 边界框 参数控制当前分子的显示
显示器上的边界框。 边界框与数据文件的正交
原始坐标轴。 这 集 边界框 命令类似于命令 集
轴 和 集 晶胞 显示正交坐标轴和边界框，
。
选择 卡通
拉斯摩尔 动画片 参数用于控制卡通版的显示
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 缎带 展示。 默认情况下，beta 表的 C 端显示为
箭头。 这可以使用 集 漫画
命令。 卡通的深度可以使用 漫画
命令。 的 集 漫画 不带任何参数的命令返回这两个选项
至
它们的默认值。
选择 顺角
拉斯摩尔 顺角 参数控制用于识别顺式肽的截止角
债券。 如果未给出值，则截止设置为 90 度。
选择 屏 显：
此命令控制 RasMol 中的显示模式。 默认情况下， 集 产品
正常 RasMol 以用户指定的表示形式显示分子。
命令 集 产品 选 改变显示模式，使分子
临时绘制以指示当前选择的分子部分。 这
用户指定的配色方案和表示保持不变。 在这
表示所有选定的原子以黄色显示，所有未选定的原子都显示为黄色
显示为蓝色。 背景颜色也改为深灰色
指示显示模式的变化。 此命令通常仅用于
外部图形用户界面 (GUI)。
选择 字体大小
拉斯摩尔 集 字体大小 命令用于控制字符的大小
形成原子标签。 该值对应于显示字符的高度
以像素为单位。 的最大值 字体大小 为 48 像素，默认值为 8
像素高。 可以通过附加“FS”来选择固定或比例间距
或“PS”修饰符，分别。 默认值为“FS”。 显示原子标签
屏幕使用 RasMol 标签 命令并更改显示的颜色
标签，使用 颜色 标签 命令。
选择 字体笔画
拉斯摩尔 集 字体笔画 命令用于控制笔画宽度的大小
形成原子标签的字符。 该值是以像素为单位的半径
用于形成冲程的气缸。 “0”的特殊值是默认使用的
对于正常的单像素笔画宽度，允许快速绘制和
图像的旋转。 提供非零值以允许更具艺术性
以额外的时间渲染图像为代价来发布原子标签。
当使用较宽的笔画时，建议使用较大的字体大小，例如使用
拉斯摩尔 集 字体大小 24 PS 命令，然后是 集 字体笔画 2
要在屏幕上显示原子标签，请使用 RasMol 标签 命令，并改变
显示标签的颜色使用 颜色 标签 命令。
选择 债券
拉斯摩尔 债券 参数决定了之间是否绘制了氢键
氢键的供体和受体原子， 集 债券 侧链 或之间
蛋白质骨架的 α 碳原子和蛋白质骨架的磷原子之间
核酸骨架， 集 债券 骨干。 氢键的实际显示
是受 债券 命令。 绘制蛋白质 alpha 之间的氢键
当分子的其余部分时，碳或核酸磷原子是有用的
仅以示意图形式显示，例如 骨干， 缎带 or 股。
这个参数类似于 RasMol 债券 参数。
选择 杂
拉斯摩尔 异 参数用于修改 RasMol 的“默认”行为
选择 命令，即行为 选择 没有任何参数。 当这
价值是 假， 默认值 选择 区域不包括任何异质原子
（参考预定义集 异 ）。 当这个值是 如此， 默认值 选择
区域可能包含杂原子。 这个参数类似于 RasMol 加氢
确定是否应将氢原子包含在默认值中的参数
放。 如果两者 异 和 加氢 旨在 如此， 选择 没有任何参数是
相当于 选择 所有。
选择 滴漏
拉斯摩尔 滴漏 参数允许用户启用和禁用使用
RasMol 使用“沙漏”光标指示程序当前正忙
绘制下一帧。 命令 集 滴漏 on 启用指示器，同时
集 滴漏 折扣 防止 RasMol 改变光标。 这在以下情况下很有用
旋转分子，从脚本文件运行一系列命令或使用
进程间通信以执行复杂的命令序列。 在这些情况下
“闪烁”的光标可能会分散注意力。
选择 氢
拉斯摩尔 加氢 参数用于修改“默认”行为
拉斯摩尔 选择 命令，即行为 选择 没有任何参数。 什么时候
这个值是 假， 默认值 选择 区域不包括任何氢，
氘或氚原子（参考预定义的集合 加氢 ）。 当这个值
is 如此， 默认值 选择 区域可能含有氢原子。 这个参数是
类似于 RasMol 异 决定是否异质原子的参数
应该包含在默认设置中。 如果两者 加氢 和 异 旨在 如此， 选择
不带任何参数相当于 选择 所有。
选择 动图
拉斯摩尔 集 运动图像 命令控制存储在运动图像中的细节量
RasMol 生成的输出文件 写 运动图像 命令。 输出运动
文件旨在由 David Richardson 的 Mage 程序显示。 集
运动图像 假， 默认情况下，仅将当前显示的表示存储在
生成的输出文件。 命令 集 运动图像 如此， 产生更复杂的
包含线框和主干表示以及
坐标轴、边界框和晶体晶胞。
选择 菜单
拉斯摩尔 集 菜单 命令启用画布窗口的菜单按钮或菜单栏。
此命令通常仅用于图形用户界面或创建为
使用 Microsoft Windows 时尽可能大的图像。
选择 显示器
拉斯摩尔 集 监控 命令启用 显示器。 距离监视器标签可能
用命令关闭 集 监控 关闭， 并使用命令重新启用 集
监控 上。
选择 老鼠
拉斯摩尔 集 老鼠 命令设置旋转、平移、缩放和缩放
鼠标绑定。 默认值为 拉斯莫尔 适用于两键鼠标
（对于三键鼠标，第二个和第三个按钮是同义词）； XY旋转
由第一个按钮控制，XY 平移由第二个按钮控制。 额外的
功能是通过按住键盘上的修饰键来控制的。 [移位] 和
第一个按钮执行缩放，[shift]，第二个按钮执行 Z-
旋转，[control] 和第一个鼠标按钮控制剪切平面。 这
洞察 和 量子 选项提供与其他软件包相同的鼠标绑定
有经验的用户。
选择 粘字
拉斯摩尔 集 选择 一系列命令会影响用户如何与
分子以 RasMol 形式显示在屏幕上。
启用/禁用 原子 识别 采摘： 用鼠标点击原子
结果识别并显示其残基名称、残基编号、原子
命令窗口中的名称、原子序列号和链。 这种行为可能是
用命令禁用 集 选择 没有 并用命令恢复 集
选择 身份。 命令 集 选择 协调 添加原子坐标
原子显示。
禁用采摘，通过使用 集 选择 折扣 在执行时很有用 暂停
RasMol 脚本中的命令，因为它可以防止在
脚本挂起时的命令行。
测量 距离， 角 和 扭转： 距离的交互式测量，
角度和扭转使用以下命令实现： 集 选择 距离， 集
选择 监控， 集 选择 角度 和 集 选择 扭转 分别。 在这些
模式，点击一个原子会导致它在 rasmol 命令上被识别
线。 此外，每一个选取的原子都会增加一个模计数器，使得在
距离模式，每隔一个原子显示距离（或距离监视器）
在这个原子和前一个原子之间。 在角度模式下，每三个原子显示
前三个原子之间的角度和扭转模式每四个原子
显示最后四个原子之间的扭转。 通过按住 shift 键
在选择一个原子时，这个模计数器不会增加，并且允许，对于
例如，连续原子与要显示的固定原子的距离。 看
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 监控 命令用于如何控制距离监控线的显示和
标签。
标签 原子 - 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 鼠标： 鼠标也可用于切换显示
给定原子上的原子标签。 RasMol 命令 集 选择 标签 删除标签
如果它已经有一个原子或在该原子上显示简洁的标签，则来自挑选的原子
否则的立场。
定心 回转 - 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 鼠标： 一个分子可能以指定的原子为中心
使用 RasMol 命令定位 集 选择 中心 or 集 选择 中央。 In
在这种模式下，选择一个原子会导致所有进一步的旋转都围绕该点进行。
粘字 a 债券 as a 回转 轴： 可以选择任何键作为旋转轴
对于超出所选第二个原子的分子部分。 此功能
应谨慎使用，因为它自然会改变
分子。 执行后 集 选择 键 或使用等效的“选择债券”
在“设置”菜单中，使用相同类型的鼠标选择要旋转的键
用于挑选原子进行距离测量的点击。 通常这个
应该在存在绑定的地方进行，但如果不存在绑定，则会添加。 这
如果它是任何尺寸环的一部分，则键不能用于旋转。 所有债券
被选中进行轮换会被记住，以便在以下情况下可以正确报告
编写脚本，但只有最近选择的债券可以主动轮换。
启用 原子/组/链 选择 采摘： 原子、基团和链可能是
选择（就像 选择 命令），与 集 选择 原子， 集 选择
组， 集 选择 链 命令。 对于这些命令中的每一个，shift 键可以
用于将新选择添加到旧选择，并且可以使用控制键
从旧的选择中删除新的选择。 当。。。的时候 集 选择 原子 命令是
给定，鼠标可用于选择或拖动原子周围的框
选择是需要的。 当。。。的时候 集 选择 组 命令给出，选择任何一个
atom 将导致选择所有与残基数一致的原子
选择原子，即使在不同的链中。 当。。。的时候 集 选择 链 命令是
给定，选择任何原子将导致选择链中一致的所有原子
带有所选原子的标识符。
选择 下注
拉斯摩尔 集 播放.fps 命令给出每秒播放的帧数
由 玩 命令（默认每秒 24 帧）。
在当前版本的 RasMol 中，播放时间不受此控制
参数。
选择 半径
拉斯摩尔 集 半径 命令用于改变 RasMol 的行为 点
命令取决于的值 溶剂 范围。 什么时候 溶剂 is 如此，
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 半径 参数控制是否产生真正的范德瓦尔斯表面
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 点 命令。 如果值 半径 是零以外的任何值，该值是
用作每个原子的半径而不是其真实的 vdW 值。 当值为
溶剂 is 如此， 此参数确定“探针球”（溶剂）半径。
该参数可以以 rasmol 单位或包含小数的整数形式给出
以埃为单位的点。 该参数的默认值由值决定
of 溶剂 和改变 溶剂 重设 半径 到其新的默认值。
选择 Record
拉斯摩尔 集 记录.aps 给出以埃为单位的最大屏幕速度
第二个动画平移、旋转和缩放（默认 10 A/秒）。
拉斯摩尔 集 记录.aps 命令给出每秒记录的帧数
由 记录 命令（默认每秒 24 帧）。
拉斯摩尔 集 记录驻留 命令以秒为单位设置停留在更改上的时间
外观（默认 5 秒）。
选择 阴影能量
这个 阴影力量 参数（从 RasTop 采用）确定阴影重新分配
（对比度）用于渲染实体对象。 此值介于 0 和 100 之间
调整沿光线方向定向的对象表面上的阴影
来源。 更改 shadepower 参数不会更改最大值或
此阴影的最小值，更改 环境 范围。 一个值
100 将光线集中在球体的顶部，形成高度镜面的玻璃状
渲染（见 功率 范围）。 值为 0 将光分布在
整个对象。
这种 shadepower 的实现与 RasTop 中的不同仅在于选择
范围（0 到 100 与 RasTop 中的 -20 到 20）。
选择 阴影
拉斯摩尔 集 阴影 命令启用和禁用当前的光线追踪
渲染的图像。 目前只有空间填充表示被遮蔽或可以
投下阴影。 启用阴影将自动禁用 Z 剪裁
(slabbing) 平面使用命令 厚板 关闭。 光线追踪通常需要大约
对于中等大小的蛋白质，需要几秒钟。 建议遮光
在分子被转化或操作时通常被禁用，并且
只有在选择了合适的视点后才启用，以提供更大的
深度的印象。
选择 板模式
拉斯摩尔 平板模式 参数控制被切割对象的渲染方法
切片（z 剪裁）平面。 有效的slabmode参数是“reject”、“half”、
“空心”、“实心”和“截面”。
选择 溶剂
拉斯摩尔 集 溶剂 命令用于控制 RasMol 的行为 点
命令。 取决于价值 溶剂 参数， 点 命令要么
在当前周围产生范德瓦尔斯或溶剂可及的表面
选定的一组原子。 更改此参数会自动重置
拉斯摩尔 半径 范围。 命令 集 溶剂 假， 默认值，
表示应生成范德瓦尔斯曲面并重置值
半径 到零。 命令 集 溶剂 true 表示“康诺利”或
应绘制“理查兹”溶剂可及表面并设置 半径
参数，溶剂半径，设置为 1.2 埃（或 300 RasMol 单位）。
选择 镜面
拉斯摩尔 集 镜面 命令启用和禁用镜面反射的显示
在 RasMol 绘制的实体对象上高亮显示。 镜面高光显示为白色
光源在物体表面的反射。 目前的 RasMol
实现使用近似函数来生成此亮点。
固体物体表面的镜面高光可以通过使用改变
镜面反射系数，使用 RasMol 改变 集
功率 命令。
选择 规格功率
这个 功率 参数确定由渲染的实体对象的光泽度
拉斯摩尔。 该值介于 0 和 100 之间，用于调整
镜面高光计算。 镜面高光被启用和禁用
通过拉斯摩尔 集 镜面 命令。 大约 20 或 30 的值产生塑料外观
表面。 高值代表更闪亮的表面，如金属，而低值代表更闪亮的表面
值会产生更多的漫反射/暗淡的表面。
选择 单边债券
拉斯摩尔 债券 参数决定是否绘制二硫桥
侧链中的硫原子之间（默认）或 alpha 之间
半胱氨酸残基骨架中的碳原子。 实际显示
二硫桥由 债券 命令。 绘制二硫桥
当蛋白质的其余部分仅显示在一个
示意图如 骨干， 缎带 or 股。 这个参数是
类似于 RasMol 债券 参数。
选择 立体声
拉斯摩尔 集 立体声 参数控制左右间距
图片。 打开和关闭立体声不会重新定位分子的中心。
分子的立体观察可以通过选择打开（和关闭） 立体声
来自 可选项 菜单，或通过键入命令 立体声 on or 立体声 关闭。
两个视图之间的分离角度可以用 集 立体声 [ - ]
命令，其中正值导致交叉眼查看和负值
放松（白眼）观看中的价值观。 目前不支持立体观看
in 向量 的PostScript 输出文件。
选择 链
拉斯摩尔 股 参数控制平行链的数量
显示在蛋白质的带状表示中。 允许的值
此参数为 1、2、3、4、5 和 9。默认值为 5。
对于显示的所有色带，股数是恒定的。 但是，色带宽度
（链之间的分离）可以在一个残基的基础上控制
使用 RasMol 缎带 命令。
选择 透明
拉斯摩尔 透明 参数控制透明 GIF 的写入
写 GIF 命令。 这可能会被控制 集 透明 on 和
集 透明 折扣 命令。
选择 单元格
拉斯摩尔 晶胞 参数控制晶体单元的显示
当前显示的单元格。 只有在适当的情况下才启用晶体单元
晶体对称信息包含在 PDB、CIF 或 mmCIF 数据文件中。 这
RasMol 命令 显示 对称性 显示晶体空间群和单位的详细信息
细胞轴。 这 集 晶胞 命令类似于命令 集 轴 和 集
边界框 显示正交坐标轴和边界框，
。
选择 向量机
拉斯摩尔 向量 参数用于控制 RasMol 的方式 写
命令生成矢量 PostScript 输出文件。 命令 集 向量 on 使
在球体和圆柱键周围使用黑色轮廓产生“卡通-
像“高分辨率输出。然而，RasMol 的当前实现
错误地将多个球体相交的卡通球体。
因此，“球和棒”模型被正确渲染，但不是大空间填充
球体模型。 卡通轮廓可以禁用，默认，通过命令 集
向量 关闭。
选择 填写
拉斯摩尔 写 参数控制使用 保存 和 写 内的命令
脚本，但它只能从命令行执行。 默认情况下，这个值
is 假， 禁止在启动时执行的任何脚本中生成文件
（例如从 WWW 浏览器启动的那些）。 但是，动画师可能会启动 RasMol
交互式：键入 集 写 on 然后执行脚本生成每一帧
使用源命令。
ATOM 表情
RasMol 原子表达式唯一地标识了分子内的任意一组原子。
Atom 表达式由原始表达式、预定义集合、比较
运营商， 中 表达式，或上述表达式的逻辑（布尔）组合
类型。
逻辑运算符允许使用更简单的查询构造复杂的查询
标准布尔连接词 和， or 和 不是。 这些可以用符号缩写
"&", "|" 和“！”，分别。 圆括号（方括号）可用于更改优先级
的运营商。 为方便起见，逗号也可用于布尔析取。
为每个原子计算原子表达式，因此 蛋白质 和 骨干 选择蛋白质
主链原子，而不是蛋白质和[核酸]酸主链原子！
原始 表达式
RasMol 原始表达式是原子的基本构建块
表达式。 有两种类型的原始表达式。 使用第一种类型
识别给定的残基编号或残基编号范围。 单个残基是
由其编号（序列中的位置）标识，范围由
由连字符分隔的下限和上限。 例如 选择 5,6,7,8
也是 选择 5-8。 请注意，这将选择所有给定的残基数
大分子链。
第二种类型的原始表达式指定了一个字段序列，这些字段必须
匹配给定的原子。 第一部分指定一个残基（或残基组）
可选的第二部分指定这些残基中的原子。 首先
部分由残基名称组成，可选后跟残基编号和/或
链标识符。
第二部分由一个句点字符后跟一个原子名称组成。 一个原子
name 最多可以包含四个字母或数字字符。 一个可选的分号
可以附加一个替代的构象标识符。 一个可选的
也可以附加斜线后跟型号。
星号可用作整个字段的通配符，问号可用作
单字符通配符。
竞品对比 运营商
分子的各个部分也可以使用相等、不等和
对其属性进行排序操作。 这种比较表达式的格式是
一个属性名称，后跟一个比较运算符，然后是一个整数值。
RasMol 中可能使用的原子属性是 原子 对于原子序列
数， 埃莱姆诺 对于原子的原子序数（元素）， 雷斯诺 对于残留物
数， 半径 以 RasMol 为单位的空间填充半径（如果未表示则为零
作为一个球体）和 温度 为 PDB 各向同性温度值。
相等运算符用“=”或“==”表示。 不等式运算符为
"<>"、"!=" 或 "/="。 排序运算符是“<”表示小于，“<=”表示
小于或等于，“>”表示大于，“>”表示大于或等于。
内 表达式
拉斯摩尔 中 表达式允许选择原子
另一组原子。 一种 中 表达式接受两个用逗号分隔的参数
并用括号括起来。 第一个参数是一个整数值，称为
内表达式和第二个参数的“截止”距离是任何有效的
原子表达式。 截止距离以任一整数 RasMol 单位表示
或包含小数点的埃。 如果原子在
由第二个参数定义的任何原子的截止距离。 这允许
要构造的包含嵌套的复杂表达式 中 表达式。
例如，命令 选择 内（3.2，主干） 选择 3.2 范围内的任何原子
蛋白质或核酸骨架中任何原子的埃半径。 内
表达式对于选择活性位点周围的原子特别有用。
预定义 套数
RasMol 原子表达式可能包含预定义的集合。 这些集合是单个关键字
代表感兴趣分子的部分。 预定义的集合通常是
原始原子表达式的缩写。 在某些情况下，使用预定义的
集合允许选择分子的区域，否则无法
区别开来。 下面给出了当前预定义集的列表。 在
除了此处列出的集合，RasMol 还处理元素名称（及其
复数）作为包含该元素类型的所有原子的预定义集合，即
命令 选择 氧气 相当于命令 选择 元素=8。
预定义 套数
AT 选择 这组包含互补核苷酸腺苷中的原子和
胸苷（分别为 A 和 T）。 所有核苷酸都被归类为集合
at 或集合 cg 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 在， 和
核酸 和 而不去 CG。
酸性 选择
酸性氨基酸组。 这些是残基类型 Asp 和 Glu。 全氨基
酸被分类为 酸性， 基本包 or 中性。 这个集合相当于
RasMol 原子表达式 ASP, 谷氨酸 和 氨基 和 而不去 （基本 or 中性的）。
非周期性 选择
氨基酸中不包含环或环的一组原子。 所有氨基酸都是
分类为 循环 or 非循环。 这个集合等价于 RasMol 原子
表达 氨基 和 而不去 循环。
脂肪 选择
该组包含脂肪族氨基酸。 这些是氨基酸 Ala, Gly,
岛、列伊和瓦尔。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 翼， 甘、
并且， 列伊， 瓦尔
阿尔法 选择
蛋白质分子中的一组α碳。 这组大约
等价于 RasMol 原子表达式 *.CA。 此命令不应混淆
使用预定义的集合 螺旋 它包含氨基酸中的原子
蛋白质的α螺旋。
氨基酸 选择
该集合包含氨基酸残基中包含的所有原子。 这很有用
用于将蛋白质与核酸和异质原子区分开来
当前分子数据库。
芳香 选择
含有芳香环的氨基酸中的一组原子。 这些是氨基
酸 His、Phe、Trp 和 Tyr。 因为它们含有芳香环的所有成员
这个集合是预定义集合的成员 循环。 这个集合相当于
RasMol 原子表达式 他的 费， 色氨酸， 酪氨酸 和 循环 和 而不去 亲。
骨干 选择
该组包含形成多肽 NC-的每个氨基酸的四个原子
蛋白质的CO骨架，以及核酸的磷酸糖骨架的原子
酸。 使用 RasMol 预定义集 蛋白质 和 核酸 区分
两种形式的骨干。 核酸和蛋白质中的原子是 骨干
or 侧链。 这个集合等价于 RasMol 表达式 （蛋白质 or 核酸）
和 而不去 侧链。
预定义集 主链 是集合的同义词 骨干。
基础版 选择
一组碱性氨基酸。 这些是残基类型 Arg、His 和 Lys。 全部
氨基酸被分类为 酸性， 基本包 or 中性。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 参数， 他的 LYS 和 氨基 和 而不去 （酸性
or 中性的）。
保税 选择
该集合包含当前分子数据库中所有键合到的原子
至少一个其他原子。
隐藏 选择
这组包含那些倾向于（更喜欢）被掩埋的氨基酸中的原子
蛋白质内部，远离溶剂分子。 这个集合是指
氨基酸偏好而不是当前的实际溶剂可及性
蛋白质。 所有氨基酸都被归类为 表面 or 埋了。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和 而不去 表面。
CG 选择 这组包含互补核苷酸胞苷和鸟苷中的原子
（分别为 C 和 G）。 所有核苷酸都被归类为集合 at 或者
集 cg 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 克,克 和 核酸 和
而不去 在。
带电 选择
该组包含带电氨基酸。 这些是氨基酸
或 酸性 or 基本。 氨基酸被分类为 带电 or
中性。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 酸性 or 基本包 和
氨基 和 而不去 中性。
循环 选择
氨基酸中包含一个环或环的一组原子。 所有氨基酸都是
分类为 循环 or 非循环。 这组由氨基酸 His，
Phe、Pro、Trp 和 Tyr。 预定义集合的成员 芳香 是成员
这一套。 唯一的环状但非芳香族氨基酸是脯氨酸。 这一套是
等价于 RasMol 原子表达式 他的 费， 亲， 色氨酸， 酪氨酸 和 芳香 or
为 和 氨基 和 而不去 非循环。
胱氨酸 选择
这组包含形成二硫化物一部分的半胱氨酸残基的原子
桥，即半胱氨酸。 RasMol 自动确定二硫键，如果
既不是预定义的集合 胱氨酸 也不是 RasMol 债券 命令已被使用
因为分子被加载了。 可以使用以下方法确定游离半胱氨酸的集合
RasMol 原子表达式 半胱氨酸 和 而不去 胱氨酸。
螺旋 选择
该集合包含构成蛋白质 α 螺旋部分的所有原子
由 PDB 文件作者或 Kabsch 和 Sander 的 DSSP 算法编写。 默认情况下，
RasMol 使用 PDB 文件中给出的二级结构测定，如果它
存在。 否则，它使用 RasMol 使用的 DSSP 算法 结构体
命令。
此预定义集不应与预定义集混淆 阿尔法 这
含有蛋白质的α碳原子。
杂 选择
该集合包含分子中的所有异质原子。 这些是原子
由 PDB 文件中的 HETATM 条目描述。 这些通常含有水，
辅因子和其他溶剂和配体。 全部 异 原子被分类为
配体 or 溶剂 原子。 这些异类 溶剂 原子进一步分类
作为 水 or 离子。
氢 选择
这个预定义的集合包含所有的氢、氘和氚原子
当前分子。 这个预定义的集合等价于 RasMol 原子表达式
元素=1。
防水 选择
该组包含所有疏水性氨基酸。 这些是氨基酸 Ala，
Leu、Val、Ile、Pro、Phe、Met 和 Trp。 所有氨基酸都被归类为
疏水 or 极性。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 翼，
列伊， 瓦尔， 并且， 亲， 费， MET， 色氨酸 和 氨基 和 而不去 极性。
离子 选择
该集合包含当前的所有异质磷酸盐和硫酸盐离子
分子数据文件。 大量这些离子有时与
通过 X 射线晶体学确定的蛋白质和核酸结构。 这些
原子往往会使图像变得混乱。 全部 异 原子被分类为 配体 or
溶剂 原子。 全部 溶剂 原子被分类为 水 or 离子。
L大号 选择
所有氨基酸都被归类为 小， 中等 or 大。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和 而不去 （小的 or 中等的）。
配体 选择
该组包含所有异质辅因子和配体部分
包含在当前分子数据文件中。 这个集合被定义为所有 异
不是的原子 溶剂 原子。 因此这个集合等价于 RasMol 原子
表达 异 和 而不去 溶剂。
中等 选择
所有氨基酸都被归类为 小， 中等 or 大。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和 而不去 （大 or 小的）。
一般 选择
一组中性氨基酸。 所有氨基酸都被归类为 酸性，
基本包 or 中性。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和
而不去 （酸性 or 基本的）。
核的 选择
核酸中所有原子的集合，由四个核苷酸碱基组成
腺苷、胞苷、鸟苷和胸苷（分别为 A、C、G 和 T）。 全部
核苷酸被分类为 嘌呤 or 嘧啶。 这个集合是等价的
到 RasMol 原子表达式 a、c、g、t 和 嘌呤 or 嘧啶。 符号为
RNA 核苷酸（U、+U、I、1MA、5MC、OMC、1MG、2MG、M2G、7MG、OMG、YG、H2U、5MU、
和 PSU）也被认为是这个集合的成员。
极性 选择
该组包含极性氨基酸。 所有氨基酸都被归类为
疏水 or 极性。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 氨基
和 而不去 疏水的。
蛋白质 选择
蛋白质中所有原子的集合。 这包括 RasMol 预定义集 氨基
和常见的翻译后修改。
嘌呤 选择
一组嘌呤核苷酸。 这些是碱基腺苷和鸟苷（A 和
G，分别）。 所有核苷酸都是 嘌呤 or 嘧啶。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 一, 克 和 核酸 和 而不去 嘧啶。
嘧啶 选择
一组嘧啶核苷酸。 这些是碱基胞苷和胸苷（C
和 T）。 所有核苷酸都是 嘌呤 or 嘧啶。 这套
等价于 RasMol 原子表达式 时间 和 核酸 和 而不去 嘌呤。
选 选择
该集合包含当前选定区域中的原子集合。 目前
选定区域由前面的定义 选择 or 限制 命令而不是
原子表达式包含 选 关键词。
片 选择
该集合包含构成蛋白质β折叠的一部分的所有原子，由下式确定
PDB 文件作者或 Kabsch 和 Sander 的 DSSP 算法。 默认情况下，
RasMol 使用 PDB 文件中给出的二级结构测定，如果它
存在。 否则，它使用 RasMol 使用的 DSSP 算法 结构体
命令。
侧链 选择
该组包含任何氨基酸的功能侧链和每个氨基酸的碱基
核苷酸。 这些是不属于多肽 NCCO 主链的原子
蛋白质或核酸的磷酸糖骨架。 使用 RasMol
预定义集 蛋白质 和 核酸 区分两种形式
侧链。 核酸和蛋白质中的原子是 骨干 or 侧链。
这个集合等价于 RasMol 表达式 （蛋白质 or 核酸） 和 而不去
骨干。
S小号 选择
所有氨基酸都被归类为 小， 中等 or 大。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和 而不去 （中等的 or 大的）。
溶剂 选择
该集合包含分子坐标文件中的溶剂原子。 这些是
异质水分子、磷酸盐和硫酸根离子。 全部 异 原子是
分类为 配体 or 溶剂 原子。 全部 溶剂 原子被分类为
或 水 or 离子。 这个集合等价于 RasMol 原子表达式 异
和 而不去 配体 和 水 or 离子。
表面 选择
这个集合包含那些氨基酸中倾向于（更喜欢）在
蛋白质的表面，与溶剂分子接触。 这个集合是指
氨基酸偏好而不是当前的实际溶剂可及性
蛋白质。 所有氨基酸都被归类为 表面 or 埋了。 这套是
等价于 RasMol 原子表达式 氨基 和 而不去 埋了。
转 选择
该集合包含构成蛋白质转数一部分的所有原子，由以下公式确定
PDB 文件作者或 Kabsch 和 Sander 的 DSSP 算法。 默认情况下，
RasMol 使用 PDB 文件中给出的二级结构测定，如果它
存在。 否则，它使用 RasMol 使用的 DSSP 算法 结构体
命令。
水 选择
该集合包含当前数据库中的所有异质水分子。 一种
大量的水分子有时与蛋白质和核酸有关
通过 X 射线晶体学确定的酸结构。 这些原子往往杂乱无章
图片。 全部 异 原子被分类为 配体 or 溶剂 原子。 这
溶剂 原子进一步分类为 水 or 离子。
选择 结语
下表总结了 RasMol 对常见氨基酸的分类。
镜片颜色 方案
拉斯摩尔 颜色 命令允许不同的对象（如原子、键和带
段）被赋予指定的颜色。 通常这种颜色是 RasMol
预定义的颜色名称或 RGB 三元组。 另外 RasMol 还支持 alt， 氨基，
链， 动画片， cpk， 组， 模型， 身材匀称， 结构， 温度 or 用户 配色方案
对于原子，和 邦德 类型 氢键的配色方案和 静电的 潜力
点表面的配色方案。 当前预定义的 24 种颜色名称是黑色、蓝色、
BlueTint，棕色，青色，金色，灰色，绿色，GreenBlue，GreenTint，HotPink，洋红色，橙色，
粉色、PinkTint、紫色、红色、红色橙色、海绿色、天蓝色、紫罗兰色、白色、黄色和
黄色调
如果您经常希望使用未预定义的颜色，您可以编写一个单行脚本。
例如，如果您制作文件 灰色.col 包含该行， 颜色 [180,180,180]
＃灰色的， 然后命令 脚本 灰色.col 将当前选定的原子集着色为灰色。
其他 颜色
拉斯摩尔 ALT (Alternate Conformer) 配色方案对基本结构进行编码
一种颜色，并将有限数量的颜色应用于每个替代构象异构体。 在
为 8 位颜色系统构建的 RasMol，允许 4 种颜色交替使用
符合者。 否则，有 8 种颜色可供选择。
氨基酸 颜色
拉斯摩尔 氨基 配色方案根据传统氨基酸为氨基酸着色
酸性质。 着色的目的是识别不寻常的氨基酸
或令人惊讶的环境。 极性蛋白质的外部是可见的
（亮）颜色和非极性残留物更深。 大多数颜色是神圣的
传统。 这种配色方案类似于 匀称地 方案。
链条类型 颜色
拉斯摩尔 链 配色方案为每个大分子链分配了独特的颜色。
这种配色方案对于区分各个部分特别有用
多聚体结构或 DNA 链的单个“链”。 链条类型 可
选自 RasMol 颜色 菜单。
收费 颜色
拉斯摩尔 充 配色方案根据电荷对每个原子进行颜色编码
存储在输入文件（或 PDB 文件的 beta 因子字段）中的值。 高值是
蓝色（正）和较低的值红色（负）。 相当
与使用固定比例相比，此方案确定了
电荷/温度场并适当地从红色插入到蓝色。 因此，
绿色不能被假定为“无净费用”费用。
之间的区别 充 和 温度 配色方案是增加
温度值从蓝色到红色，而增加的电荷值
从红色到蓝色。
如果电荷/温度字段存储了合理的值，则可以使用
拉斯摩尔 颜色 点 潜力 命令对点表面进行颜色编码（由
点 命令）通过静电势。
CPK 颜色
拉斯摩尔 CPK 配色方案基于流行塑料的颜色
由 Corey、Pauling 开发并随后改进的空间填充模型
库尔通。 此配色方案按原子（元素）类型为“原子”对象着色。 这个
是化学家通常使用的方案。 最常见的赋值
下面给出了用于颜色的元素类型。
团队 颜色
拉斯摩尔 组 颜色方案颜色代码残基按它们在 a 中的位置
大分子链。 每条链都绘制为从蓝色到
绿色、黄色和橙色到红色。 因此蛋白质的 N 端和 5' 端
的核酸呈红色，蛋白质的 C 末端和蛋白质的 3' 末端
核酸以蓝色绘制。 如果一条链有大量的异类
与之相关的分子，大分子可能无法完整绘制
频谱的“范围”。 团队 可以从 RasMol 中选择 颜色 菜单。
如果一条链有大量的异质分子与之相连，则
大分子可能无法在整个光谱范围内绘制。 当拉斯摩尔
执行组着色它决定了它从残基中使用的颜色范围
PDB 文件中给出的编号。 因此，最低残留数显示在
蓝色，最高残留数显示为红色。 不幸的是，如果 PDB
文件包含大量杂原子，例如水分子，它们占据
高残基数，蛋白质显示在蓝绿色末端
光谱和光谱黄红色端的水。 这加重了
因为水分子通常比氨基酸残基多得多。 这
解决这个问题的方法是使用命令 集 异 折扣 在应用之前
组配色方案。 这也可以通过切换来实现 杂 原子 在
可选项 选择前的菜单 团队 在 颜色 菜单。 此命令指示
RasMol 仅在组颜色缩放中使用非异质残基。
NMR 型号 颜色
拉斯摩尔 模型 配色方案用不同的颜色对每个 NMR 模型进行编码。 这
NMR型号作为数值。 高值用蓝色和
较低的值显示为红色。 该方案不是使用固定比例，而是确定
NMR 型号的最大值并从红色插入到蓝色
适当。
身材匀称 颜色
拉斯摩尔 匀称地 配色方案根据氨基酸特性对残基进行颜色编码。 这个
该方案基于 Bob Fletterick 的“Shapely Models”。 每个氨基酸和核酸
酸性残留物具有独特的颜色。 这 匀称地 大卫使用的配色方案
培根的 Raster3D 程序。 这种配色方案类似于 氨基 配色方案。
结构 颜色
拉斯摩尔 结构体 配色方案通过蛋白质二级为分子着色
结构体。 α 螺旋为洋红色，[240,0,128]，β 片为
黄色，[255,255,0]，转弯颜色为淡蓝色，[96,128,255] 和所有
其他残留物为白色。 二级结构是从
PDB 文件（HELIX、SHEET 和 TURN 记录），如果可用，或使用 Kabsch 确定
和 Sander 的 DSSP 算法。 拉斯摩尔 结构体 命令可用于强制
要使用的 DSSP 的结构分配。
温度 颜色
拉斯摩尔 温度 配色方案根据颜色对每个原子进行颜色编码
存储在 PDB 文件中的各向异性温度 (beta) 值。 通常这给出了
给定原子位置的迁移率/不确定性的度量。 高值是
以较暖的（红色）颜色着色，以较冷的（蓝色）颜色着色较低的值。 这个
特征通常用于关联“比例”值[例如氨基酸变异性
在病毒突变体中] 使用 PDB 文件中的每个原子，并为分子着色
适当。
之间的区别 温度 和 充 配色方案是增加
温度值从蓝色到红色，而增加的电荷值
从红色到蓝色。
用户 颜色
拉斯摩尔 用户 配色方案允许 RasMol 使用存储在
PDB 文件。 每个原子的颜色存储在 PDB 中的 COLO 记录中
数据文件。 这个约定是由 David Bacon 的 Raster3D 程序引入的。
邦德 类型 颜色
拉斯摩尔 类型 配色方案仅适用于氢键，因此用于
命令 颜色 债券 类型。 该方案根据颜色对每个氢键进行了编码
到氢键供体和受体之间沿蛋白质链的距离。
这个示意图是由 Belhadj-Mostefa 和 Milner-White 引入的。
这种表示可以很好地洞察蛋白质二级结构（hbonds
形成 alpha 螺旋呈红色，形成薄片的呈黄色，而形成薄片的呈黄色
成形转弯出现洋红色）。
潜力 颜色
拉斯摩尔 潜力 配色方案仅适用于点表面，因此用于
命令 颜色 点 潜在。 此方案为当前显示的每个颜色
点由空间中那个点的静电势。 这种潜力是
使用库仑定律计算输入的温度/电荷场
文件是与该原子相关的电荷。 这是同一个解释
由 颜色 充 命令。 像 充 配色方案低值是
蓝色/白色和高值是红色。
氨基酸 酸 代码
下表列出了每个的名称、单字母和三字母代码
的氨基酸。
布尔
布尔参数是一个真值。 有效的布尔值是“真”和“假”，
以及它们的同义词“开”和“关”。 RasMol 常用的布尔参数
启用或禁用表示或选项。
文件 FORMATS
蛋白质 时间 银行 档
如果您没有 PDB 文档，您可以找到以下 PDB 摘要
文件格式有用。 蛋白质数据库是一个基于计算机的档案数据库，用于
大分子结构。 该数据库由 Brookhaven National 于 1971 年建立
纽约厄普顿实验室，作为解析晶体学的公共领域知识库
结构。 本行使用统一格式存储原子坐标和部分键
来自晶体学研究的连通性。 1999 年蛋白质数据库
转移到结构生物学研究合作实验室。
PDB 文件条目由每个 80 个字符的记录组成。 使用打孔卡类比，
第 1 到 6 列包含记录类型标识符，第 7 到 70 列包含数据。 在
较旧的条目，第 71 至 80 列通常为空白，但可能包含序列信息
由图书馆管理程序添加。 在符合 1996 PDB 格式的新条目中，
这些栏中还有其他信息。 记录的前四个字符
标识符足以唯一地标识记录的类型，以及每个的语法
记录独立于特定条目中的记录顺序
高分子。
RasMol 程序主要感兴趣的唯一记录类型是 ATOM 和
HETATM 记录描述了每个原子的位置。 ATOM/HETATM 记录包含
标准原子名称和残基缩写，以及序列标识符，
以埃为单位的坐标、占用率和热运动系数。 确切的细节
下面以 FORTRAN 格式语句的形式给出。 “fmt”列表示使用
所有 PDB 格式的字段，1992 年及更早的格式或 1996 年及以后的格式
格式。
残基从蛋白质的 N 端残基和 5' 端开始依次出现
对于核酸。 如果残基序列已知，某些原子序列号可能是
省略以允许将来插入任何丢失的原子。 在每个残基中，原子是
以标准方式排序，从骨架开始（蛋白质的 NCCO）和
沿着侧链逐渐远离 α 碳。
HETATM 记录用于定义翻译后修饰和辅因子
与主要分子有关。 TER 记录被解释为主要的中断
分子的骨架。
如果存在，RasMol 还会检查 HEADER、COMPND、HELIX、SHEET、TURN、CONECT、CRYST1、
SCALE、MODEL、ENDMDL、EXPDTA 和 END 记录。 诸如名称、数据库代码、
从 HEADER 和 COMPND 中提取分子的修订日期和分类
记录，初始二级结构分配取自 HELIX、SHEET 和 TURN
记录，并且文件的结尾可以由 END 记录指示。
拉斯摩尔 解释 of PDB 领域
位于 9999.000、9999.000、9999.000 的原子被假定为洞察伪
原子并被 RasMol 忽略。 以“Q”开头的原子名称也被假定为
伪原子或位置标记。
当数据文件包含 NMR 结构时，多个构象可能被放置在
由成对的 MODEL 和 ENMDL 记录分隔的单个 PDB 文件。 RasMol 显示
文件中包含的所有 NMR 模型。
残基名称“CSH”、“CYH”和“CSM”被认为是半胱氨酸“CYS”的假名。
残留物名称“WAT”、“H20”、“SOL”和“TIP”被认为是水的假名
“呵呵”。 残渣名称“D20”被认为是重水“DOD”。 残基名称“SUL”
被认为是硫酸根离子“SO4”。 残基名称“CPR”被认为是顺式
脯氨酸，翻译为“PRO”。 残基名称“TRY”被认为是
色氨酸“TRP”的化名。
RasMol 使用 HETATM 字段来定义异质、水、溶剂和配体的集合。
任何名为“HOH”、“DOD”、“SO4”或“PO4”（或其中之一的别名）的团体
名称按上述规则）被认为是溶剂，被认为是
由 HETATM 字段定义。
RasMol 仅考虑包含少于以下内容的 PDB 文件中的 CONECT 连接记录
256 个原子。 这在确定分子的部分中有更详细的解释
连通性。 多次定义绑定的 CONECT 记录被解释为
指定该键的键顺序，即指定两次的键是双键
键和指定三次（或更多）次的键是三键。 这不是一个
标准 PDB 功能。
PDB 颜色 方案 规格
RasMol 还接受 PDB 文件中的补充 COLO 记录类型。 这个
记录格式是由 David Bacon 的 Raster3D 程序引入的，用于指定
渲染分子时使用的配色方案。 这个扩展不是
目前由 PDB 支持。 COLO 记录具有相同的基本记录类型
上述 ATOM 和 HETATM 记录。
使用匹配过程将颜色分配给原子。 掩码字段用于
匹配过程如下。 首先 RasMol 读入并记住所有的 ATOM，
HETATM 和 COLO 按输入顺序记录。 当用户定义（'User'）颜色
方案被选中，RasMol 依次遍历每个记住的 ATOM/HETATM 记录，
并搜索在所有第 7 到第 30 列中匹配的 COLO 记录。
要找到的第一个这样的 COLO 记录决定了原子的颜色和半径。
请注意，红色、绿色和蓝色分量与 X、Y、
ATOM 或 HETA 记录的 Z 分量和范德华半径
入住的地方。 红色、绿色和蓝色组件必须都在
范围 0 到 1。
为了一个 COLO 记录可以提供更多的颜色和半径规格
多于一个原子（例如基于残基、原子类型或任何其他标准
标签可以在第 7 列到第 30 列的某处给出），一个“不关心”的字符，
使用井号“#”（数字或尖号）。 这个字符，当在一个
COLO 记录，匹配 ATOM/HETATM 中相应列中的任何字符
记录。 所有其他字符必须完全匹配才能算作匹配。 作为
规范的扩展，任何未能匹配 COLO 记录的原子都是
显示为白色。
多 NMR 型号
无论使用哪个命令，RasMol 都会从 PDB 文件加载所有 NMR 模型：
加载 资料库 or 加载 数据库
一旦加载了多个 NMR 构象，就可以使用
中描述的原子表达式扩展 原始 表达式。 特别是，本
命令 限制 */1 将显示仅限于第一个模型。
CIF 和 到岸价 格式 档
CIF 是用于呈现小分子的 IUCr 标准，而 mmCIF 旨在
作为固定字段 PDB 格式的替代
大分子结构。 RasMol 可以接受任一格式的数据集。
万维网上有许多有用的站点，其中提供信息工具和
可以找到与 CIF、mmCIF 和 PDB 相关的软件。 以下是好的
探索的起点：
国际晶体学联盟 (IUCr) 提供对软件的访问，
与 CIF 和 mmCIF 相关的词典、政策声明和文件，请访问：
IUCr, Chester, England (www.iucr.org/iucr-top/cif/) 有许多镜像站点。
核酸数据库项目提供对其条目、软件和
文档，带有一个 mmCIF 页面，可以访问字典和 mmCIF
美国新泽西州罗格斯大学的软件工具
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) 与许多镜像站点。
此版本的 RasMol 将 CIF 或 mmCIF 标签值限制为基本相同
用于固定字段 PDB 格式的约定。 因此链标识符和
替代构象标识符仅限于单个字符，原子名称
限制为 4 个字符等。 RasMol 解释以下 CIF 和 mmCIF
标签：通过多个数据块搜索所需标签，因此
单个数据集可能由多个数据块组成，但多个数据集
不能堆叠在同一个文件中。
机器特定 客户服务
在以下部分中，支持 单色 X-视窗， Tcl/Tk 工控机， UNIX 插座
基于 工控机， 编译中 拉斯温 - Borland公司 和 地铁公司 描述。
单色 X-视窗 支持
RasMol 支持学术界常见的许多单色 UNIX 工作站，
如低端SUN工作站和NCD X终端。 RasMol 的 X11 版本
（在 8 位模式下编译时）现在检测黑白 X-Windows 显示和
自动启用抖动。 运行时误差扩散抖动的使用
表示 RasMol 的所有显示模式在单色模式下都可用。 为了
最好的结果，用户应该尝试设置环境命令以确保
结果图像的最大对比度。
Tcl/Tk IPC 支持
Tk 图形库的第 4 版更改了用于之间通信的协议
传统知识应用。 RasMol 2.6 版已修改，以便它可以进行通信
使用此新协议和 RasMol 支持的先前版本 3 协议
v2.5。 尽管 Tcl/Tk 3.x 应用程序可能只与其他 3.x
应用程序和 Tcl/Tk 4.x 应用程序与其他 4.x 应用程序，这些更改
允许 RasMol 在使用两种协议的进程之间进行通信（可能
同时）。
UNIX 插座 基于 IPC
RasMol 的 UNIX 实现支持 BSD 样式的套接字通信。 一个
也正在为 VMS、Apple Macintosh 和
微软视窗系统。 这应该允许 RasMol 以交互方式显示
远程主机上的计算结果。 当前协议充当 TCP/IP
端口 21069 上的服务器执行命令行，直到命令 出口 or
命令 退出 被键入。 该命令从 RasMol 服务器退出，该命令
退出 两者都断开当前会话并终止 RasMol。 这个功能
可以使用 UNIX 命令进行测试 远程登录 21069.
编译中 拉斯温 - Borland公司 和 地铁公司
在从 2.5 版过渡的过程中对源代码进行了许多更改
到 2.6 以允许使用 RasMol 的 Microsoft Windows 版本进行编译
Borland C/C++ 编译器。 这些修复包括标准库的名称更改
和特殊代码以避免_fmemset 中的错误。 在
从 2.6 过渡到 2.7 以允许使用 MetroWerks 编译器进行编译。
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