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samFilter - 过滤 SAM 文件中的核苷酸序列比对

概要

过滤器 文件.sam 参考.fasta 出局 [选项]

配置

文件.sam
输入 SAM 文件。

参考.fasta
用于生成读取的参考。

出局
输出 SAM 文件。

-minAln长度 折扣值
(50) 仅当它们的长度大于 折扣值.

-最小对齐长度 折扣值
别名 -minAln长度

-最小长度 折扣值
别名 -minAln长度

-minPct相似度 折扣值

(70) 仅当它们的百分比相似性大于 折扣值 .

-minPctIdentity 折扣值
别名 -minPct相似度

-minPct准确度 折扣值
(70) 仅当其百分比准确率大于 折扣值.

-min准确度 折扣值
别名 -minPct准确度

-hit策略 折扣值
(randombest) 指定一个策略来处理来自 [all, allbest, random,
randombest，最左边]

所有 报告所有对齐。

最好的
报告所有同样得分最高的比对。

随机 报告随机对齐。

随机最佳
从多个同样得分最高的比对中报告一个随机比对。

最左边
报告具有最佳比对分数和最小比对的比对
在任何参考中映射坐标。

-分数符号 折扣值
(-1) 分数越高或越低越好。

-1 越低越好

1 越高越好。

-score截止 折扣值
(INF) 仅当他们的分数不低于 折扣值.

-种子 折扣值
(1) 随机数生成器的种子。 如果种子为 0，则使用当前时间作为种子。

-孔号 折扣值
一串以逗号分隔的孔编号范围以输出命中，例如“1,2,10-12”。
这要求热门标题采用 SMRT 阅读标题格式。

-smrt 标题
过滤由程序生成的对齐时使用此选项
布拉斯尔(1)，例如 bwa-sw 或 gmap。 从 SMRT 读取标题解析读取坐标。 这
标题是格式 /名称/孔/坐标，其中坐标采用格式
\d+_\d+，表示对齐的读取间隔。

-标题表 折扣值
在过滤由生成的对齐时使用此实验选项 布拉斯尔（1）与
-标题表 titleTableName，在这种情况下，SAM 中的引用标题被表示
通过它们在标题表中的索引（例如，0、1、2、...）。

-仅过滤适配器 折扣值
使用此选项删除只能映射到 GFF 中指定的适配器的读取
文件中。

-v 详细点。

附注

因为SAM有可选的标签，在不同的程序中有不同的含义，小心
需要使用才能获得正确的输出。 bwa-sw 中的“xs”标签用于显示
次优得分，但在 PacBio SAM 中（布拉斯尔(1)) 它被定义为查询中的开始
比对的顺序。 什么时候 -smrt 标题 指定时，xs 标记将被忽略，但是当
未指定，由 xs 和 xe 标签给出的坐标用于定义
对齐的读取间隔。 CIGAR 字符串与此间隔相关。

使用 onworks.net 服务在线使用 samFilter