这是命令 seq-gen，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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seq-gen - 序列生成器
概要
序列基因 [-m 型号[-l #[-n #[-p #[-s # | -d #[-k #][-c #1 #2 #3 | -a#[-g#]]
[-fe | #] [-t # | -r #][-z #] [-o[p][r][n]] [-w[a][r]] [-x NAME] [-q] [-h] [树文件]
商品描述
序列生成器 - seq-gen 版本 1.3.3
-l: # = 序列长度 [默认 = 1000]。
-n: # = 每棵树的模拟数据集 [默认 = 1]。
-p: # = 每个序列的分区（和树）数 [默认 = 1]。
-s: # = 分支长度比例因子 [默认 = 1.0]。
-d: # = 总树规模 [默认 = 使用分支长度]。
-k: # = 使用序列 k 作为祖先（需要对齐）[默认 = 随机]。
替代模型选项：
-m: 型号 = HKY、F84、GTR、JTT、WAG、PAM、BLOSUM、MTREV、通用
HKY、F84 和 GTR 用于核苷酸，其余用于氨基酸
-a: # = 伽马率异质性的形状 (alpha) [默认 = 无]。
-g: # = 伽马率类别的数量 [默认 = 连续]。
-i: # = 不变位点的比例 [默认 = 0.0]。
核苷酸模型特定选项：
-c: #1 #2 #3 = 密码子位置异质性的比率 [默认 = 无]。
-t: # = 转换-颠换比 [默认 = 等速]。
-r: #1 #2 #3 #4 #5 #6= 一般比率矩阵 [默认 = 全 1.0]。
-f：#A #C #G #T = 核苷酸频率 [默认 = 全部相等]。
氨基酸型号特定选项：
使用订单 ARNDCQEGHILKMFPSTWYV 指定
-r: #1 .. #190 = 一般比率矩阵 [默认 = 全 1.0]。
-f: #1 .. #20 = 氨基酸频率 e=equal [默认 = 矩阵频率]。
其他选项：
-z: # = 随机数生成器的种子 [默认 = 系统生成]。
-o: 输出文件格式 [默认 = PHYLIP]
p PHYLIP 格式 r 宽松 PHYLIP 格式 n NEXUS 格式
-w: 写入附加信息 [默认 = 无]
a 为每个节点写入祖先序列 r 每个站点的写入率
-x: NAME = 在每个数据集之后插入的文本文件 [默认 = 无]。
-h: 给这个帮助信息
-q： 安静的
树文件：树文件的名称 [默认 = 标准输入上的树]
使用 onworks.net 服务在线使用 seq-gen
