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showfeat - 以漂亮的格式显示序列的特征

概要

炫技 -序列 后继 [-源匹配 绳子[-类型匹配 绳子[-标签匹配 绳子]
[-值匹配 绳子[-种类 名单[-加入功能 布尔[-注解 范围]
-html 布尔 -ID 布尔 -描述 布尔 -规模 布尔 -宽度 整数
-坍方 布尔 -向前 布尔 -逆转 布尔 -未知 布尔
-链 布尔 -起源 布尔 -位置 布尔 -类型 布尔 标签 布尔
-值 布尔 -严格标签 布尔 -输出文件 输出文件

炫技 -救命

商品描述

炫技 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“显示、特征表”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 后继

额外 部分
-源匹配 绳子
默认情况下，显示要素表中的任何要素源。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何功能源。 源名称通常是
检测到特征的程序或者是特征表（例如：EMBL）
特征来自。 可以使用“*”对源进行通配符。 如果你想展示更多
多个来源，用字符“|”分隔它们的名字，例如：gene* | embl 默认
价值： *

-类型匹配 绳子
默认情况下，显示要素表中的任何要素类型。 您可以将其设置为匹配
您希望显示的任何特征类型。 看 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 一份清单
EMBL 特征类型，请参阅 Swissprot 用户手册的附录 A
http://www.expasy.org/sprot/userman.html 获取 Swissprot 要素类型的列表。
该类型可以使用“*”进行通配。 如果您想显示不止一种类型，
用字符“|”分隔他们的名字，例如：*UTR | 内含子默认值：*

-标签匹配 绳子
标签是功能可能具有的额外值的类型。 例如在 EMBL
特征表，“CDS”类型的特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
“/standard_name”、“/translation”、“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。
其中一些标签也有值，例如“/gene”可以有
基因名称。 默认情况下，显示要素表中的任何要素标签。 你可以设置这个
匹配您希望显示的任何功能标签。 标签可以使用“*”进行通配。 如果
您希望显示多个标签，用字符“|”分隔它们的名称，例如：
基因 | 标签默认值：*

-值匹配 绳子
标签值是与特征标签关联的值。 标签是额外的类型
特征可能具有的值。 例如，在 EMBL 特征表中，“CDS”类型的
特征可能有标签“/codon”、“/codon_start”、“/db_xref”、“/EC_number”、
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
“/transl_except”、“/transl_table”或“/usedin”。 只有其中一些标签可以有
值，例如 '/gene' 可以具有基因名称的值。 默认任何
显示特征表中的特征标记值。 您可以将其设置为匹配任何功能
您希望显示的标签值。 标记值可以使用“*”进行通配。 如果你希望
要显示多个标签值，请用字符“|”分隔它们的名称，例如：pax*
| 10 默认值：*

-种类 名单
默认值：开始

-加入功能 布尔
默认值：N

-注解 范围
通过标记来注释的区域。 如果将其留空，则不会添加注释。 一种
区域集由一组位置对指定，后跟可选文本。
位置是整数。 它们后跟任何文本（但在
命令行）。 区域规范的示例是： 24-45 新域 56-78 匹配到
鼠标 1-100 第一部分 120-156 oligo 要注释的范围文件（每行一个范围）
可以指定为“@filename”。

先进的 部分
-html 布尔
默认值：N

-ID 布尔
如果您不想显示序列的 ID 名称，请将其设置为 false。
默认值：是

-描述 布尔
如果您不想显示序列的描述，请将其设置为 false。
默认值：是

-规模 布尔
如果您不想显示刻度线，请将其设置为 false。 默认值：是

-宽度 整数
您可以扩大（或缩小）ASCII 字符图形显示的宽度
使用该值的特征位置。 例如，宽度为 80 个字符
将覆盖标准页面宽度和宽度 10 个字符将几乎
不可读。 如果宽度设置为小于 4，则图形线条和刻度线
不会显示。 默认值：60

-坍方 布尔
如果设置了这个，那么来自相同来源和相同类型和意义的特征是
都印在同一行。 例如，如果 EMBL 有几个特征
特征表（即相同的来源）在同一意义上都是“外显子”类型，
那么它们都将显示在同一行上。 这使得很难区分
重叠特征。 如果将其设置为 false，则每个功能都显示在
单独的行，以便更容易区分特征的开始和结束位置。 默认
值：N

-向前 布尔
如果您不想显示前向特征，请将其设置为 false。 默认
值：Y

-逆转 布尔
如果您不希望显示反向感应功能，请将其设置为 false。 默认
值：Y

-未知 布尔
如果您不想显示未知的感官特征，请将其设置为 false。 （IE。
没有方向性的特征——所有蛋白质特征都属于这种类型，一些
核特征（例如，富含 CG 的区域））。 默认值：是

-链 布尔
如果您希望显示特征链，请设置此项。 蛋白质特征是
始终无方向（用“0”表示），正向用“+”表示，反向用“+”表示
'-'。 默认值：N

-起源 布尔
如果您希望显示要素的原点，请设置此项。 源名称通常是
检测到该功能的程序的名称，或者它是
特征来自的特征表（例如：EMBL）。 默认值：N

-位置 布尔
如果您希望显示特征的开始和结束位置，请设置此项。 如果几个
特征显示在同一行上，然后开始和结束位置将
用逗号连接，例如：'189-189,225-225'。 默认值：N

-类型 布尔
如果您不想显示要素的类型，请将其设置为 false。 默认
值：Y

标签 布尔
如果您不想显示标签和值，则将此设置为 false
特征。 默认值：N

-值 布尔
如果您不希望显示要素的标记值，请将其设置为 false。 如果
这被设置为 false，只会显示标签名称。 如果标签不是
显示，则不会显示值。 'translation' 标签的值
永远不会显示，因为它通常非常长。 默认值：是

-严格标签 布尔
默认情况下，如果特征中的任何标记/值对与指定的标记和值匹配，
然后将显示该功能的所有标签/值对。 如果这被设置为
true，则只有特征中与指定标签匹配的标签/值对
值将被显示。 默认值：N

输出 部分
-输出文件 输出文件

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