这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一（例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器）在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 smalt
程序：
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smalt - 序列映射和比对工具
商品描述
SMALT 有效地将 DNA 测序读数与参考基因组对齐。 它从一个
广泛的测序平台，例如 Illumina、Roche-454、Ion Torrent、PacBio
或 ABI-Sanger，可以包括成对读取进行处理。
该软件采用短词（< 20 个核苷酸长）的完美哈希索引，采样
在沿着基因组参考序列的等距步骤中。
对于每个读取，参考中可能匹配的片段从种子中识别
匹配索引，随后使用带状 Smith-Waterman 与读取对齐
算法。
报告每个读数的最佳间隙比对，包括可靠性分数
最好的映射。 用户可以通过以下方式调整灵敏度和速度之间的权衡
调整散列词的长度和间距。
提供了一种检测分裂（嵌合）读数的模式。 多线程程序
支持执行。
概要
小 [任务选项] [ [ ]]
可提供 任务：
小额支票
- 检查 FASTA/FASTQ 输入
小帮助
- 打印此软件的简要摘要
小指数
- 建立 k-mer 词的索引以供参考
小地图
- 将单个或配对读取映射到参考
小样
- 配对读取的样本插入大小
smalt version - 打印版本信息
帮助 on 个人 任务：
小 -H
使用 onworks.net 服务在线使用 smalt
