这是 t_coffee 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
t-咖啡 - 多序列比对
概要
t_咖啡 [选项]文件
t-咖啡 比对多个 DNA 或蛋白质序列。
配置
下面是选项的摘要。 有关完整说明，请参阅
文档。
-完整日志 S [0]
-运行名称 S [0]
-内存模式 S [0] 成员
-延长 D [1] 1
-扩展模式 S [0] 非常快的三元组
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] 所有
-紧凑 S [0] 默认
-清洁 S [0] 没有
-做自己 FL [0] 0
-do_normalise D [0] 1000
-模板文件 S [0]
-seq S [0]
-在 S [0] mlalign_id_pair mslow_pair
-PDB S [0]
-out_lib W_F [0] 没有
-lib_only D [0] 0
-外权重 W_F [0] 没有
-seq_源 S [0] 任何
-cosmetic_penalty D [0] -50
-间隙打开 D [0] 0
-扩展 D [0] 0
-fgopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-不匹配 D [0] 0
-新树 W_F [0] 默认
-使用树 射频 [0]
-树模式 S [0] 放慢
-快树 FL [0] 0
-输出文件 W_F [0] 默认
-最大化 FL [1] 1
-输出 S [0] 集群
-infile 射频 [0]
-矩阵 S [0] 花62MT
-tg_模式 D [0] 1
-配置文件模式 S [0] CW_配置文件_配置文件
-配置文件比较 S [0] full50
-dp_模式 S [0] cfasta_pair_wise
-k元组 D [0] 1
-诊断 D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-诊断模式 D [0] 0
-sim_matrix S [0] 瓦西里基
-类型 S [0]
-乱序 S [0] 对齐的
-序列号 S [0] 折扣
-案件 S [0] 保持
-中央处理器 D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-最大长度 D [0] -1
-重量 S [0] 默认
-seq_weight S [0] t_咖啡
-对齐 FL [1] 1
-摩卡 FL [0] 0
-领域 FL [0] 0
-开始 D [0] 0
-长度 D [0] 0
-规模 D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-评估模式 S [0] t_coffee_fast
-获取类型 FL [0] 0
-clean_aln D [0] 0
-clean_threshold D [1] 1
-clean_iteration D [1] 1
-clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-轮廓 S [0]
-配置文件1 S [0]
-配置文件2 S [0]
-扩展矩阵 FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_服务器 W_F [0] SIB
-prot_blast_服务器 W_F [0] SIB
-pdb_db W_F [0] NRL3D
-蛋白质数据库 W_F [0] nr
-方法日志 W_F [0] 没有
-struct_to_use S [0]
-缓存 W_F [0] 使用
-align_pdb_param_file W_F [0] 没有
-align_pdb_hasch_模式 W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_模式 S [0] 树
-lalign_n_top D [0] 10
-迭代 D [0] 0
-修剪 D [0] 0
-分裂 D [0] 0
-修剪文件 S [0] 默认
-分裂 D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-检查pdb状态 D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmp文件 FL [0] 0
-dpa_调试 D [0] 0
-多线程 S [0]
-lib_list S [0]
使用 onworks.net 服务在线使用 t_coffee
