这是 vcf-contrast 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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vcf-contrast - 发现样本之间的差异
概要
vcf对比 + —— [配置] 文件.vcf.gz
商品描述
关于：查找将 NOVEL* 注释添加到 INFO 字段的样本之间的差异。
配置
+
预期具有独特变体的样本列表
——
背景样本列表
-d, --最小DP
所有的最小深度 - 样品
-f, --应用过滤器
跳过 FILTER 列与 PASS 或“.”不同的站点。
-n, --小说网站
仅打印具有新基因型的记录
-h, -?, - 帮帮我
此帮助信息。
计费示例：
# 测试样本 A,B 是否与所有 C,D,E 不同 vcf-contrast +A,B
-C,D,E -m 文件.vcf.gz
# 同上，但只打印具有新颖变体和表格输出的网站
vcf对比 -n +A,B -C,D,E -m vcf.gz | vcf查询 -f '%铬
%POS\t%INFO/NOVELTY\t%INFO/NOVELAL\t%INFO/NOVELGT[\t%SAMPLE %GTR %PL]\n'
# 与上面类似，但要求最低映射质量为 20 vcf-annotate -f
MinMQ=20 file.vcf.gz | vcf-对比度 +A,B,C -D,E,F -f
使用 onworks.net 服务在线使用 vcf-contrast
