这是 velveth_63 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
velveth_63 - 简单的散列程序（MAXKMERLENGTH = 63）
商品描述
velveth - 简单的散列程序版本 1.2.09
配置
-特定链
：用于链特异性转录组测序数据（默认：关闭）
-重用_序列
: 重用目录中已有的序列文件（或链接）（无需提供原始
在这种情况下的文件名（默认值：关闭）
-重用二进制文件
: 重用目录中已有的二进制序列文件（或链接）（无需提供
在这种情况下的原始文件名（默认值：关闭）
-无哈希
: 只需准备序列文件，不要散列读取或准备路线图文件
（默认：关闭）
-创建二进制文件
: 创建二进制 CnyUnifiedSeq 文件（默认：关闭）
概要：
- 短 单 end 内容如下：
天鹅绒组装 29 -短 -fastq s_1_序列.txt
- 双端 短 读 （记住 至 交错 配对 读）：
天鹅绒组装 31 -短配对 -法斯塔 交错.fna
- 双端短读（对配对读使用单独的文件）
天鹅绒组装 31 -短配对 -法斯塔 -分离 左.fa 右.fa
- 二 通道 和 一些 长 内容如下：
天鹅绒组装 43 -短 -fastq 未映射.fna -长配对 -法斯塔 桑格阅读快报
- 三种 渠道：
天鹅绒组装 35 -短配对 -法斯塔 pe_lib1.fasta -短配对2 pe_lib2.fasta
-短3 se_lib1.fa
输出：
目录/路线图目录/序列
[两个文件都是通过图表提取的，所以请把它们留在那里]
版权
版权所有 2007, 2008 Daniel Zerbino ([email protected])
这是免费软件； 请参阅复制条件的来源。 没有保修； 不是
即使是为了特定目的的适销性或适合性。
编译设置：CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 63 OPENMP
用法：./velveth 目录 hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
文件名 1 [文件名 2 ...]} {...} [选项]
目录
: 输出文件的目录名
哈希长度
: EITHER 一个奇数（如果是偶数，它将被递减）<= 63（如果高于，将是
减少）：或：m,M,s 其中 m 和 M 是奇数整数（如果不是，它们将是
递减）m < M <= 63（如果超过，将减少）
和 s 是一个步骤（偶数）。 然后 Velvet 将从 k=m 散列到 k=M，步骤为
s
文件名
: 序列文件的路径或 - 用于标准输入
文件 格式 opţiuni:
-法斯塔 -fastq -生的 -法斯塔。广州 -fastq。广州 -生的。广州 -山姆 -巴姆 -fmt自动
（注意： -fmt自动 将检测 fasta 或 fastq，并将尝试以下程序
解压：gunzip、pbunzip2、bunzip2
文件 布局 选项 HPMC胶囊 配对 读 （只要 HPMC胶囊 法斯塔 和 快问 格式）：
-交错
：文件包含在一个文件中交错的成对读取（默认）
-分离
：读取 2 个单独的文件进行配对读取
阅读 类型 opţiuni:
-短 -短配对
-短2 -短配对2
-长 -长配对
-参考
使用 onworks.net 服务在线使用 velveth_63
