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Wiggle2gff3p - 在云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 wiggle2gff3p

这是 wiggle2gff3p 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


wiggle2gff3.pl - 将 UCSC WIG 格式文件转换为 gff3 文件

概要


wiggle2gff3.pl [选项] WIG_FILE > load_data.gff3

将 UCSC WIG 格式文件转换为适合加载到 GBrowse 的 gff3 文件
数据库。 这用于高密度定量数据,如 CNV、SNP 和表达
数组。

商品描述


当您有密集的定量数据要使用 xyplot 显示时,请使用此转换器,
密度或热图字形,以及太多数据项(数千个)无法加载到 GBrowse。 它
创建一个或多个包含定量数据的节省空间的二进制文件,如
以及一个可以加载到 Chado 或其他 GBrowse 数据库的小型 GFF3 文件。

典型用法如下:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

附加选项
接受以下选项:

--方法= 设置 GFF3 行表示的方法
轨道中的每个定量数据点。
默认值为“microarray_oligo”。

--来源= 设置 GFF3 文件的源字段。 默认是
没有。

--gff3 创建一个 GFF3 格式的文件(默认)

--featurefile 创建一个“featurefile”格式的文件——这是
用于 GBrowse 上传的简化格式。 这个
选项与 --gff3 选项不兼容。

--sample 如果为true,则将采样非常大的文件(> 5 MB)
获得最小、最大和标准偏差; 除此以外
将扫描整个文件以获取这些统计信息。
这将更快地处理文件,但可能会错过异常值
值。

--path= 指定放置二进制摆动的目录
文件。 默认为当前临时目录
(/ tmp目录 或任何适合您的操作系统)。

--base= 与“--path”相同。

--trackname 指定创建 wigfile 的 trackname base

--help 本文档。

此脚本将接受各种选项样式,包括缩写选项
("--meth=foo")、单字符选项 ("-m foo") 和其他常见变体。

二进制 蠕动
此实用程序创建的二进制“摆动”文件可以使用
生物::图形::摆动模块。 定量数据缩放到1-255的范围
(损失了很多精度,但对于数据可视化来说仍然绰绰有余),并存储
以压缩格式,其中每个文件对应于单个染色体的长度或
重叠群。

创建后,不应移动或重命名二进制文件,除非您小心
对 GFF3 中“wigfile”属性给出的路径名进行相应的更改
文件特征线。 您还应该小心使用 cp 命令复制
二进制文件; 它们被格式化为“洞”,这样丢失的数据就不会
占用磁盘上的任何空间。 如果你 cp 它们,这些洞会被零填满,而
节省的空间将会丢失。 最好使用带有 --sparse 选项的“tar”命令来
将文件从一处移动到另一处。

使用案列 假发 文件
这个例子来自http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# 文件名:example.wig
#
# 300 基本宽条形图,默认情况下启用自动缩放 == 绘图
# 限制将动态更改以始终显示完整范围的数据
# 在查看窗口中,priority = 20 将此定位为第二个图形
# 注意,床位格式使用的零相对半开坐标系
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
可见性=全彩=200,100,0 altColor=0,100,200 优先级=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 基宽条形图在任意间隔位置,
# 在 y=11.76 处绘制的阈值线
# autoScale off 查看范围设置为 [0:25]
# priority = 10 将此定位为第一个图
# 注意,此格式使用单相对坐标系
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep 格式" \
可见性=完全自动缩放=关闭 viewLimits=0.0:25.0 颜色=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=on 优先级=10
variableStep chrom=chr19 跨度=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 每 200 个基点有 300 个基点宽点图,50 像素高图
# autoScale off 和查看范围设置为 [0:1000]
# priority = 30 将此定位为第三个图
# 注意,此格式使用单相对坐标系
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step"visibility=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 颜色=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=点优先级=30
固定步长铬=chr19 开始=59307401 步长=300 跨度=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

您可以使用以下命令将其转换为可加载的 GFF3 文件:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> 示例.gff3

输出将如下所示:

##gff-版本 3

chr19 示例 59302001 59304700 。 . . 名称=床位格式;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 示例 59304701 59308020 。 . . 名称=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 示例 59307401 59310400 。 . . 名称=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

使用 onworks.net 服务在线使用 Wiggle2gff3p


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