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xml2dsr - 将 DICOM SR 文件和数据集转换为 XML

概要

xml2dsr [选项] xmlfile-in dsrfile-out

商品描述

xml2dsr 实用程序转换 XML（可扩展标记语言）文档的内容
到 DICOM 结构化报告 (SR) 格式（文件格式或原始数据集）。 XML 架构
dsr2xml.xsd 尚未遵循任何标准格式。 然而 xml2dsr 应用的区域
将来可能会在这方面得到增强（例如，通过支持 HL7/CDA - 临床
文档架构）。

可以使用以下命令创建适当的 XML 文件 dsr2xml 工具（选项 +Xn 推荐给
将 XML 命名空间声明添加到根元素）。

有无库存

xmlfile-in 要转换的 XML 输入文件名（标准输入：“-”）

dsrfile-out DICOM SR 输出文件名

配置

一般 选项
-h --帮助
打印此帮助文本并退出

- 版
打印版本信息并退出

--参数
打印扩展的命令行参数

-q --安静
安静模式，不打印警告和错误

-v --详细
详细模式，打印处理细节

-d --调试
调试模式，打印调试信息

-ll --log-level [l]evel: 字符串常量
（致命、错误、警告、信息、调试、跟踪）
记录器使用级别 l

-lc --log-config [f] 文件名：字符串
将配置文件 f 用于记录器

输入 选项
编码：

+Ee --模板信封
模板元素包含内容项

处理 选项
验证：

+Vs --验证架构
根据 Schema 验证 XML 文档
（不与--template-envelope）

# 需要使用 XML Schema 支持编译 libxml

+Vn --check-命名空间
检查文档根目录中的 XML 命名空间

唯一标识符：

+Ug --生成新的 uids
生成新的研究/系列/SOP 实例 UID

-Uo --不覆盖 uids
不要覆盖现有的 UID（默认）

+Uo --覆盖 uids
覆盖现有的 UID

产量 选项
输出文件格式：

+F --写入文件
写入文件格式（默认）

-F --写数据集
写入没有文件元信息的数据集

输出传输语法：

+t= --write-xfer-相同
使用与输入相同的 TS 写入（默认）

+te --write-xfer-little
使用显式 VR 小端 TS 编写

+tb --write-xfer-大
使用显式 VR 大端 TS 编写

+ti --write-xfer-隐式
用隐式 VR 小端 TS 写

+td --write-xfer-放气
用放气的显式 VR 小端 TS 写

1993 年后的价值表现：

+u --启用新 VR
启用对新 VR (UN/UT) 的支持（默认）

-u --禁用新 VR
禁用对新 VR 的支持，转换为 OB

组长编码：

+g= --组长度重新计算
如果存在，则重新计算组长度（默认）

+g --组长度-创建
总是用组长元素写

-g --组长度删除
总是在没有组长度元素的情况下写入

序列和项目中的长度编码：

+e --length-显式
使用显式长度写入（默认）

-e --length-未定义
以未定义的长度写入

数据集尾随填充（不使用 --write-dataset）：

-p= --填充-保留
不更改填充（如果不是 --write-dataset，则为默认值）

-p --填充关闭
无填充（如果 --write-dataset 则隐式）

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: 整数
在多个 f 字节上对齐文件
和多个 i 字节上的项目

deflate 压缩级别（仅适用于 --write-xfer-deflated）：

+cl --compression-level [l]evel：整数（默认值：6）
0=未压缩，1=最快，9=最佳压缩

附注

DICOM 一致性
xml2dsr 实用程序支持以下 SOP 类：

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
黄斑网格厚度和体积报告存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
基本文本SR存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
增强型SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
综合SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
综合3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
过程日志存储 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
乳腺摄影CADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
胸部CADSRS存储1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
放射性药物辐射剂量SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSR 存储 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
植入计划SRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

请注意，目前仅支持必需属性和一些可选属性。

字符 喷码
DICOM 字符编码是根据带标签的元素自动确定的
'0008,0005'（特定字符集）- 如果存在。 以下字符集是
当前支持（需要 与libxml 包括 的iconv 支持，见 - 版 输出）：

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO 拉丁语 1“ISO_IR 100” (ISO-8859-1)
ISO 拉丁语 2“ISO_IR 101” (ISO-8859-2)
ISO 拉丁语 3“ISO_IR 109” (ISO-8859-3)
ISO 拉丁语 4“ISO_IR 110” (ISO-8859-4)
ISO 拉丁语 5“ISO_IR 148” (ISO-8859-9)
西里尔字母“ISO_IR 144”（ISO-8859-5）
阿拉伯语“ISO_IR 127”（ISO-8859-6）
希腊语“ISO_IR 126”（ISO-8859-7）
希伯来语“ISO_IR 138”（ISO-8859-8）

不支持多个字符集（仅“特定字符”的第一个值
Set' 用于值多重情况下的字符编码）。

压缩
如果使用 zlib 支持编译 libxml，则输入文件 (xml 文件输入） 也可以是
用 ZIP 压缩，这通常会产生更小的文件。 查看选项的输出
- 版 为了检查 zlib 支持是否可用。

限制
XML 架构 dsr2xml.xsd 不支持的所有变体 dsr2xml 输出格式。
但是，默认输出格式（加选项 --use-xml-命名空间） 应该管用。

不同版本的 libxml 似乎对最大长度有不同的限制
XML 元素值。 因此，应避免使用非常长的元素值。 一种
对于单个元素值，libxml 版本 2.7.3（及更高版本）的典型限制为 10 MB。

记录

各种命令行工具和底层库的日志输出级别可以
由用户指定。 默认情况下，仅将错误和警告写入标准
错误流。 使用选项 --详细 还有信息性消息，如处理细节
被报道。 选项 -调试 可用于获取有关内部活动的更多详细信息，
例如用于调试目的。 可以使用选项选择其他日志记录级别 - 日志-
水平。在 - 安静的 模式只报告致命错误。 在如此严重的错误事件中，
申请通常会终止。 有关不同日志记录级别的更多详细信息，
请参阅模块“oflog”的文档。

如果应该将日志输出写入文件（可选择使用日志文件轮换），
到系统日志 (Unix) 或事件日志 (Windows) 选项 --日志配置 可以使用。 这个
配置文件还允许仅将某些消息定向到特定输出
流并根据模块或应用程序过滤某些消息
生成。 提供了一个示例配置文件 /logger.cfg.

指挥 LINE

所有命令行工具都使用以下参数表示法：方括号括起来
可选值 (0-1)，三个尾随点表示允许多个值
(1-n)，两者的组合意味着 0 到 n 值。

命令行选项通过前导“+”或“-”符号与参数区分开来，
分别。 通常，命令行选项的顺序和位置是任意的（即它们
可以出现在任何地方）。 但是，如果选项相互排斥，则最右边的外观
用来。 此行为符合常见 Unix shell 的标准评估规则。

此外，可以使用“@”符号作为前缀来指定一个或多个命令文件
文件名（例如 @命令.txt）。 这样的命令参数被替换为
相应的文本文件（多个空格被视为单个分隔符，除非
在任何进一步评估之前，它们出现在两个引号之间）。 请注意
命令文件不能包含另一个命令文件。 这种简单而有效的方法
允许总结选项/参数的常见组合并避免冗长和
令人困惑的命令行（文件中提供了一个示例 /dumppat.txt).

环境

xml2dsr 实用程序将尝试加载指定的 DICOM 数据字典
DCMDICT路径 环境变量。 默认情况下，即如果 DCMDICT路径 环境变量
未设置，文件 /dicom.dic 除非构建字典，否则将被加载
进入应用程序（Windows 的默认设置）。

默认行为应该是首选的，并且 DCMDICT路径 仅环境变量
当需要替代数据字典时使用。 这 DCMDICT路径 环境变量
具有与 Unix shell 相同的格式 PATH 冒号 (':') 分隔的变量
条目。 在 Windows 系统上，分号 (';') 用作分隔符。 数据字典
代码将尝试加载指定的每个文件 DCMDICT路径 环境变量。 它
如果无法加载数据字典，则是一个错误。

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