这是名为 FineSplice 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 FineSplice-0.2.2.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行这个名为 FineSplice with OnWorks 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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精细拼接
商品描述
FineSplice 是 TopHat2 的 Python 包装器，旨在从 RNA-Seq 数据中可靠识别表达的外显子连接，提高检测精度，灵敏度损失小。
在使用已知的转录注释与 TopHat2 对齐后，FineSplice 将生成的 BAM 文件作为输入，并输出一组可信的表达剪接点以及相应的读取计数。 通过基于逻辑回归的半监督异常检测策略过滤掉由虚假对齐引起的潜在误报。 过滤后具有唯一位置的多个映射读取被拯救并重新分配到最可靠的候选位置。
FineSplice 需要安装以下模块的 Python 2.x (>= 2.6)：pysam (http://code.google.com/p/pysam/) 和 scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
有关更多详细信息，请查看我们的出版物：Nucl。 酸水库。 (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
特性
- 使用转录注释与 TopHat2 对齐，以获得卓越的映射性能
- 运行 FineSplice 以消除不可靠的间隙对齐并提高拼接点检测精度
- 输出一组可靠的外显子-外显子连接以及相应的读取计数以进行下游分析
程式语言
Python
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/finesplice/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便通过我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
