这是名为 Hadoop-BAM 的 Linux 应用程序，其最新版本可以作为 hadoop-bam-7.1.0.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 Hadoop-BAM 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
Hadoop-BAM
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商品描述
Hadoop-BAM 是一个 Java 库，用于使用带有 Picard SAM JDK 的 Hadoop MapReduce 框架和类似于 SAMtools 的命令行工具来操作常见生物信息学格式的文件。
目前支持的文件格式有 BAM、SAM、FASTQ、FASTA、QSEQ、BCF 和 VCF。
有关 Hadoop-BAM 的更详细的高级描述，请参阅 Bioinformatics Volume 28 Issue 6 pp. 876-877 中的文章“Hadoop-BAM：直接在云中操作下一代测序数据”，可在线获取： http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts054
请注意，Hadoop-BAM 的库部分主要面向有使用 Hadoop 经验的开发人员。 Hadoop-BAM 的命令行工具应该是所有用户都能理解的，但它们的范围是有限的。
有关 Hadoop-BAM 支持的文件格式的更高级别接口，请参阅 SeqPig 项目： http://seqpig.sourceforge.net
有关基于 Hadoop 的读取对齐工具的 Seal，请参阅 Seal： http://biodoop-seal.sourceforge.net
目的
开发工具
程式语言
爪哇岛
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
