这是名为 MIPGen 的 Linux 应用程序,其最新版本可以下载为 mipgen_v15.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 MIPGen 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序:
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序,安装并运行。
SCREENSHOTS
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MIP生成器
商品描述
分子相互作用电位发生器
MIPGEN 是一个计算分子相互作用势网格的 Python 程序
在给定的分子上,它可以是蛋白质或小的有机化合物(药物)。
输出将是一系列用户能够使用的 DX 格式 (*.dx) 的网格
使用任何分子可视化程序进行可视化,如 VMD、PyMol、Chimera...
有关依赖项和用法的更多信息,请阅读文档。
欢迎用户在 BUGS & REQUESTS 菜单下发布任何错误或请求。 (将需要 sourceforge 帐户)。
特征
- 给定一个简单的 PDB 文件,全自动 MIP 生成。
- 开源代码。 欢迎用户贡献扩展探针或改进代码。
- 计算基于网格的肽和其他大分子系统的分子相互作用势(对于大型系统可能仍然很慢)
- 计算小分子的 MIP
- 可定制的探头。 已实施:疏水性、H-键供体、H-键受体和静电探针。
- 通过与 AmbertTools 包中的开源 Antechamber 和 tLeap 接口,自动将原子类型分配给小分子和蛋白质(http://ambermd.org)
目的
科学/研究、高级最终用户、开发人员、最终用户/桌面
用户界面
控制台/终端
程式语言
蟒蛇
数据库环境
SQLite的
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/mipgen/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。