这是一个名为 piv_clustering 的 Linux 应用程序，可以在 Linux 在线运行，其最新版本可以下载为 piv_clustering_1.3.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 piv_clustering 的应用程序，以免费在 Linux 中使用 OnWorks 在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
Ad
piv_clustering 在 Linux 在线运行
商品描述
该程序允许对例如从分子动力学模拟中获得的原子轨迹进行结构聚类分析。与其他方法不同，也可以分析溶液中的过程，例如液态水中的化学反应，因为距离度量基于在相同原子或分子交换下对称的置换不变向量 (PIV)，包括在相同的基础上溶质和溶剂的自由度。 该方法是通用的，PIV 的定义只需要指定与所研究过程相关的原子间距离范围。 或者，也可以使用特别适用于纳米结构的 SPRINT 拓扑坐标。
输出是将轨迹划分为几个结构集群（即帧集），从而实现更简单的分析和可视化。
请阅读并引用 Gallet & Pietrucci, J. Chem。 物理。 139, 074101 (2013)
特征
- 原子轨迹的结构聚类
- 排列不变性：晶体、无定形固体、液体、纳米结构
- 支持所有模拟单元（从正交到 triclininc）
- 并行 MPI 实现
目的
学术/科研
程式语言
Fortran语言
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/pivclustering/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便通过我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
