这是名为 SPANDx 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以作为 SPANDx_v3.2.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 SPANDx 的应用程序，可免费使用 OnWorks 在 Linux 中在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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SPANDx 在 Linux 上在线运行
商品描述
SPANDx 是您使用 NGS 数据识别单倍体基因组中的 SNP 和插入缺失变异的一站式工具。SPANDx 将原始 NGS 读数与您选择的参考基因组或泛基因组进行比对，然后进行准确的变异调用和注释，以及基因座存在/缺失的确定。 SPANDx 生成用于下游系统发育分析的 SNP 和 indel 矩阵。 如果指定，也可以识别带注释的全基因组 SNP 和插入缺失，并以人类可读的格式输出。 还会生成存在/不存在矩阵，以允许您识别所有基因组中的核心/辅助基因组内容。
SPANDx 生成的输出可以导入 PLINK 以进行微生物全基因组关联研究 (mGWAS) 分析。
SPANDx 可以利用 PBS、SGE 或 SLURM 进行资源管理。 如果没有可用的资源管理器，SPANDx 也可以直接在命令行上运行。
有关 SPANDx 的最新版本，请在 GitHub 上查看我们： https://github.com/dsarov/SPANDx
特性
- 30 年 16 月 3.2 日：SPANDx XNUMX 现在使用 BWA-mem 实现更快更准确的对齐
- 31 年 16 月 3.1.1 日：SPANDx 2.3.1 现在适用于 vXNUMX 之前的 TORQUE/PBS 系统。
- 14 年 16 月 3.1 日：SPANDx XNUMX 现在可以设置 -z 标志以在 .nex 输出中包含三和四等位基因 SNP。
- 26 年 15 月 3.0 日：SPANDx 9 有很多升级，包括改进的 samtools 兼容性、更好的 GWAS PLINK 集成，并且可以在单个位点调用多达 XNUMX 个插入缺失和所有四个 SNP！
- 05Aug15：SPANDx v2.7 现在适用于 SGE、PBS、SLURM 和没有资源管理器的系统。
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
Unix外壳
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/spandx/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
