这是一个名为 Swift Sequence Alignment Program 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 swift-0.11.2.tgz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行这个名为 Swift Sequence Alignment Program with OnWorks 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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Swift 序列比对程序
商品描述
Swift 是一个 DNA 序列比对程序，它使用 Smith-Waterman 算法产生缺口比对。 它接受一个查询文件（FASTA 格式）和一个参考文件（FASTA 格式）作为输入。 它输出参考名称、读取名称、缺口比对、比对得分、比对开始和结束位置以及比对长度。
我在 2012 年 GPU 技术大会上发表了关于 Swift 的演讲。 http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
要安装和运行 Swift，请参阅 Wiki 页面： http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
如果您在安装或运行 Swift 时需要更多帮助，请联系 Pankaj Gupta，地址为 [电子邮件保护].
特性
- 使用 Smith-Waterman 算法产生间隙对齐
- Smith-Waterman 算法在 GPU（图形处理单元）上运行
- 接受读取文件（FASTA 格式）和参考文件（FASTA 格式）作为输入
- 输出参考名称、读取名称、间隙比对、比对分数、比对开始和结束位置以及比对长度
- 支持 Illumina 读取（固定长度）
- 要求：Linux 操作系统； 4 GB 系统内存； 支持 CUDA 的显卡； CUDA 工具包 4.2+； 6 GB 全局内存； 49 KB 共享内存
目的
学术/科研
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
