这是名为 VarScan 的 Linux 应用程序，可在 Linux 上在线运行，其最新版本可以作为 VarScan.v2.3.9.jar 下载。 它可以在免费的工作站托管提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 VarScan 的应用程序，以便通过 OnWorks 免费在 Linux 中运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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VarScan 在 Linux 中在线运行
商品描述
大规模并行测序中的变异检测。 对于一个样本，称为 SNP、插入缺失和共有基因型。 对于肿瘤-正常对，进一步将每个变异分类为种系、体细胞或 LOH，并检测体细胞拷贝数变化。 最新版本可在 GITHUB 上获得特性
- 从 SAMtools 堆积文件调用 SNP 和插入缺失
- 按覆盖范围、读取深度、变异频率和碱基质量过滤变异
- 确定肿瘤-正常对的体细胞状态（体细胞、种系、LOH）
- 比较、合并和交叉两个变体列表
- 将变体调用限制为一组目标位置或目标区域
- 免费用于非商业用途。
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
爪哇岛
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/varscan/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
