这是名为 PRADA 的 Windows 应用程序，可在 Windows online 上运行，而不是在 Linux online 上运行，其最新版本可以作为 pyPRADA_1.2.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 PRADA 的应用程序，可以在 Windows online 上通过 Linux online 使用 OnWorks 免费运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从本网站启动任何 OS OnWorks 在线模拟器，但更好的 Windows 在线模拟器。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Windows 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序并安装。
- 7. 从您的 Linux 发行版软件存储库下载 Wine。 安装后，您可以双击该应用程序以使用 Wine 运行它们。 您还可以尝试 PlayOnLinux，这是 Wine 上的一个花哨界面，可帮助您安装流行的 Windows 程序和游戏。
Wine 是一种在 Linux 上运行 Windows 软件的方法，但不需要 Windows。 Wine 是一个开源的 Windows 兼容层，可以直接在任何 Linux 桌面上运行 Windows 程序。 本质上，Wine 试图从头开始重新实现足够多的 Windows，以便它可以运行所有这些 Windows 应用程序，而实际上不需要 Windows。
PRADA 将在 Windows online 上运行，而不是在 Linux online 上运行
Ad
商品描述
从 RNA (RNASeq) 逆转录 cDNA 的大规模平行测序提供了对 mRNA 数量和组成的准确估计。 为了通过分析 RNA-seq 数据来表征转录组，我们开发了 PRADA。 PRADA 专注于基因表达估计的处理和分析，有监督和无监督的基因融合识别，以及有监督的基因内缺失识别。PRADA 目前支持 7 个模块来处理和识别来自 RNAseq 数据的异常：
预处理：生成对齐和重新校准的 BAM 文件。
表达：生成基因表达 (RPKM) 和质量指标。
融合：识别候选基因融合。
guess-ft：对融合转录本的监督搜索。
猜测如果：监督搜索基因内融合。
同源性：计算给定两个基因之间的同源性。
框架：预测融合转录本的功能结果
特性
- PRADA 是用 python 编程语言编写的，旨在在 UNIX 或 LINUX 操作系统的命令行环境中运行。
- 安装步骤的详细说明和每个模块的用法以及示例可在文档中找到 https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- hg19 参考文件可在以下网址下载 http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- 为了去除融合伪影，我们在同一样本和同源性中过滤掉具有多个伙伴的基因。
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/prada/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
