bp_papplmaker.plp - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

paplmaker.PLS - مولد وحدة أدوات التحليل

موجز

# احصل على بعض المساعدة
paplmaker.PLS -h

# إنشاء وحدة لبرنامج "seqret"
paplmaker.PLS -nedit.seqret

# كما سبق، ولكن حدد مكان العثور على "seqret"
papplmaker.PLS -n تحرير::seqret
-l http://localhost:8080/المحور/الخدمات

# كما سبق، ولكن حدد طريقة وصول غير افتراضية إلى "seqret"
papplmaker.PLS -n تحرير::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-كوربا

# إنشاء وحدات لجميع التحليلات المتاحة
# (باستخدام الموقع الافتراضي وطريقة الوصول الافتراضية)
paplmaker.PLS

# لا تولد ولكن انظر ما سيتم إنشاؤه
paplmaker.PLS -s
paplmaker.PLS -S

# إنشاء وحدة للتحليل 'edit::seqret'
# ولكن قم بتسميته "MySeqret"
papplmaker.PLS -n تحرير::seqret -m MySeqret

#...واستخدامه
استخدم MySeqret؛
طباعة MySeqret الجديدة->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->التنسيق ('embl')
->انتظر
->outseq;

# كما سبق ولكن ضع النتيجة في الدليل "/tmp/my"
# (لا يلزم وجود الأدلة)
papplmaker.PLS -n تحرير::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# إنشاء وحدات لجميع التحليلات التي تحمل أسمائها
# تطابقات مُعطاة لتعبير عادي (غير حساس لحالة الأحرف)
paplmaker.PLS -r 'تحرير'

# كما سبق، ولكن اسم الوحدة النمطية التي تم إنشاؤها بأسمائك الخاصة
# (السماح لـ paplmaker.PLS باستبدال أجزاء من أسمائك)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

الوصف

توفر الوحدة "Bio::Tools::Run::Ana Analysis" إمكانية الوصول إلى التحليل المحلي والبعيد
الأدوات بطريقة موحدة (محددة في "Bio::Ana AnalysisI"). تستخدم الوحدة النهج العام
السماح بتعيين بيانات الإدخال التعسفية واسترجاع النتائج عن طريق تسميتها. لكن،
في بعض الأحيان يكون من المناسب أكثر استخدام وحدة نمطية معينة، تمثل أداة تحليل واحدة،
الذي يعرف بالفعل عن أسماء المدخلات والنتائج المتاحة.

يقوم المولد "papplmaker.PLS" بإنشاء مثل هذه الوحدات المخصصة.

يستخدم "papplmaker.PLS" نفس طريقة الوصول مثل الوحدة العامة - مما يعني ذلك
اعتمادًا على معلمة "الوصول" يمكنه استخدام SOAP أو CORBA أو أي شيء آخر (مدعوم)
البروتوكول، أو يمكنه الوصول إلى التحليل المحلي (متوفر على نفس الجهاز حيث
تم استدعاء "papplmaker.PLS").

يقوم "papplmaker.PLS" بعمله إما لتحليل مسمى واحد (يتم تحديده بواسطة الخيار "-n"،
أو يستخدم وحدة "Bio::Tools::Run::AnapsyFactory" للعثور على التحليلات
متاح، ويمكن تحديد عددهم عن طريق المطابقة مع التعبير العادي المقدم من قبل
الخيار "-r".

تتم تسمية الوحدة أو الوحدات النمطية التي تم إنشاؤها بشكل افتراضي بشكل مشابه لأسماء
التحليلات المقابلة، ولكن يمكن تغيير ذلك عن طريق الخيار "-m" الذي هو في الواقع ملف
القالب حيث يتم التعرف على السلاسل التالية واستبدالها:

تحليل $ أو ${تحليل}
سيتم استبداله باسم التحليل.

$CATEGORY أو ${CATEGORY}
سيتم استبداله باسم الفئة التي ينتمي إليها التحليل.

$SERVICE أو ${SERVICE}
سيتم استبداله باسم الخدمة بالكامل (والذي عادةً ما يكون سلسلة
لفئة واسم تحليل، ويتم استخدامه أيضًا كاسم وحدة افتراضية، راجع للشغل).

ما الفرق بين "الخدمة" و"التحليل"، وماذا تعني "الفئة"؟
في بعض الأحيان قد تكون هذه المصطلحات مربكة لأنها قد تعني أشياء مختلفة قليلاً
وذلك حسب طريقة الوصول المستخدمة للتواصل معهم. بشكل عام، "التحليل" هو
برنامج (تطبيق، أداة) يعمل في مكان ما، ولكن في بعض الأحيان على جهاز محلي. ان
مثال على التحليل هو "seqret" (من حزمة EMBOSS). يمكن تجميع التحليلات
إلى فئات حسب وظائفها أو حسب نوع البيانات التي يتعاملون معها (ولكن في بعض الأحيان هناك
لا توجد فئات على الإطلاق). يمكن الوصول إلى كل التحليلات باستخدام مستوى أعلى من
التجريد، "الخدمة". عادةً ما تكون الخدمة عبارة عن برنامج تغليف يعتمد على البروتوكول، مثل شبكة الويب
الخدمة، أو خدمة CORBA. على سبيل المثال هناك خدمة "edit::seqret" والتي
يمثل التحليل "seqret" في فئة "تحرير".

ردود الفعل

البريدية قوائم
تعد ملاحظات المستخدم جزءًا لا يتجزأ من تطور هذه الوحدة النمطية ووحدات Bioperl الأخرى. يرسل
يفضل أن تكون تعليقاتك واقتراحاتك على قائمة بريد Bioperl. إشتراكك
هو محل تقدير كبير.

[البريد الإلكتروني محمي] - مناقشة عامة
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - حول القوائم البريدية

التقارير البق
أبلغ عن الأخطاء إلى نظام تتبع الأخطاء في Bioperl لمساعدتنا في تتبع الأخطاء و
دقة. يمكن إرسال تقارير الأخطاء عبر الويب:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

استخدم bp_papplmaker.plp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net