هذا هو الأمر bp_process_wormbasep الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_process_wormbase.pl - تدليك ملفات WormBase GFF في إصدار مناسب لـ
مستعرض جينوم عام
موجز
٪ bp_process_wormbase.pl ./WS61> wormbase.gff
الوصف
يقوم هذا البرنامج النصي بتدليك ملفات Wormbase GFF الموجودة في
ftp://www.wormbase.org/pub/wormbase/GENE_DUMPS في إصدار مناسب من تنسيق GFF
للعرض بواسطة متصفح الجينوم العام. يضيف التعليقات بشكل أساسي إلى التعليقات التوضيحية و
يعيّن بعض المواضع الجينية المتباعدة جيدًا كمعالم إطار.
يتطلب هذا البرنامج النصي توزيع AcePerl ، والذي يتوفر على CPAN (ابحث عن ملف
وحدة "آيس").
لاستخدام هذا البرنامج النصي ، احصل على ملفات WormBase GFF من موقع FTP المذكور أعلاه ثم ضعها
لهم في دليل. قد يكون من الجيد تسمية الدليل بعد الحالي
الافراج ، مثل WS61. لا تحتاج إلى فك ضغط الملفات.
ثم امنح هذا الدليل كوسيط لهذا البرنامج النصي والتقاط إخراج البرنامج النصي إلى
ملف:
٪ bp_process_wormbase.pl ./WS61> wormbase.gff
قد يستغرق الأمر بعض الوقت قبل أن ترى ناتجًا من هذا البرنامج النصي ، لأنه يجب أولاً جلب الجين
وقاعدة بيانات البروتين من AceDB البعيد الذي يعمل على www.wormbase.org. الملف wormbase.gff
يمكن بعد ذلك تحميل الملف في قاعدة بيانات Bio :: DB :: GFF باستخدام الأمر التالي:
٪ Bulbload_gff.pl -d wormbase.gff
استخدم bp_process_wormbasep عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net