هذا هو الأمر bp_search2alnblocksp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_search2alnblocks - تحويل تقارير (تقارير) SearchIO القابلة للتحليل إلى مجموعة من الكتل المحاذاة
موجز
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --قيمة الألغام EVALUE file1.
انفجار file2.blast ...> out.fas
الوصف
سيقوم هذا البرنامج النصي بتحليل وتصفية إخراج BLAST (أو التنسيقات الأخرى التي يمكن لـ Bio::SearchIO تحليلها).
وتنسيق المحاذاة ككتل من المحاذاة بناءً على HSPs. لاحظ أن هذا لا يمكن إلا
العمل إذا كان ملف الإدخال الذي تم تحليله يحتوي على ما يلزم.
عادةً ما يمكن استخدام هذا لتحويل إخراج BLAST إلى تنسيق محاذاة FASTA للإدخال
في مكتشف الجينات المقارن QRNA لجينات RNA (E.Rivas).
OPTIONS
--maxevalue الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية لـ HSP
--minevalue الحد الأدنى للقيمة الإلكترونية لـ HSP
--minlen الحد الأدنى لطول HSP [افتراضي 0]
- الحد الأقصى لمعرف النسبة المئوية [الافتراضي 100]
(للمساعدة في إزالة التسلسلات القريبة جدًا)
--minid الحد الأدنى للهوية المئوية لـ HSP [افتراضي 0]
-i/--input اسم ملف إدخال اختياري (يتوقع الإدخال على STDIN بشكل افتراضي)
-o/--output اسم ملف إخراج اختياري (يتم تصديره إلى STDOUT بشكل افتراضي)
-f/--format حدد تنسيقًا مختلفًا لمحاذاة البحث-
{fasta، axt، waba،blast،blastxml} كلها مسموحة
على الرغم من أن التنسيق يجب أن يكون له محاذاة فعلية
تسلسل لهذا البرنامج النصي للعمل
انظر ل للمزيد من المعلومات.
-of/--outformat تنسيق الإخراج لكتل المحاذاة، أي شيء
إل يدعم.
-v/--verbose قم بتشغيل تصحيح الأخطاء
AUTHOR - جايسون ستاجيتش
جيسون ستاجيتش، jason-at-bioperl-dot-org.
استخدم bp_search2alnblocksp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
