هذا هو الأمر cdhit-454 الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
cd-hit-454 - تجميع التسلسلات بسرعة ، محسّن لـ 454 بيانات
موجز
كدهيت-454 [مزيد من الخيارات]
الوصف
====== إصدار CD-HIT 4.6 (تم إنشاؤه في 23 يناير 2016) ======
مزيد من الخيارات
-i إدخال اسم الملف بتنسيق فاستا ، مطلوب
-o اسم ملف الإخراج ، مطلوب
-c عتبة هوية التسلسل، الافتراضي 0.98، هذه "هوية تسلسل عالمية"
يُحسب على النحو التالي: عدد الأحماض الأمينية المتماثلة في المحاذاة مقسومًا على العدد الكامل
طول التسلسل الأقصر + الفجوات
-b عرض النطاق الترددي للمحاذاة ، الافتراضي 10
-M حد الذاكرة (بالميجابايت) للبرنامج ، الافتراضي 800 ؛ 0 غير محدود ؛
-T عدد الخيوط ، الافتراضي 1 ؛ مع 0 ، سيتم استخدام جميع وحدات المعالجة المركزية
-n word_length ، الافتراضي 10 ، راجع دليل المستخدم لاختياره
-أل تغطية المحاذاة للتسلسل الأطول ، الافتراضي 0.0 إذا تم ضبطه على 0.9 ، فإن
يجب أن تغطي المحاذاة 90٪ من التسلسل
-AL التحكم في تغطية المحاذاة للتسلسل الأطول ، الافتراضي 99999999 إذا تم ضبطه على 60 ،
وطول التسلسل 400 ، إذن يجب أن تكون المحاذاة> = 340 (400-60)
بقايا
-مثل تغطية المحاذاة للتسلسل الأقصر ، الافتراضي 0.0 إذا تم تعيينه على 0.9 ، فإن
يجب أن تغطي المحاذاة 90٪ من التسلسل
-كما التحكم في تغطية المحاذاة للتسلسل الأقصر ، الافتراضي 99999999 إذا تم ضبطه على 60 ،
وطول التسلسل 400 ، إذن يجب أن تكون المحاذاة> = 340 (400-60)
بقايا
-B 1 أو 0 ، الافتراضي 0 ، افتراضيًا ، يتم تخزين التسلسلات في ذاكرة الوصول العشوائي إذا تم تعيينها على التسلسل 1
يتم تخزينها على القرص الصلب فمن المستحسن استخدامها -B 1 لقواعد البيانات الضخمة
-g 1 أو 0 ، الافتراضي 0 بواسطة الخوارزمية الافتراضية لـ cd-hit ، يتم تجميع التسلسل في
المجموعة الأولى التي تلبي العتبة (الكتلة السريعة). إذا تم التعيين على 1 ، فسيقوم البرنامج
قم بتجميعها في المجموعة الأكثر تشابهًا والتي تلبي العتبة (دقيقة ولكنها بطيئة
الوضع) ولكن إما 1 أو 0 لن يغير ممثلي المجموعات النهائية
-D الحد الأقصى للحجم لكل indel، الافتراضي 1
-مباراة مطابقة النتيجة، الافتراضي 2
-عدم تطابق
نتيجة غير متطابقة ، افتراضي -1
-الفارق النتيجة الافتتاحية للفجوة ، الافتراضي -3
فجوة تحويلة
نقاط تمديد الفجوة ، الافتراضي -1
باك كتابة ملف النسخة الاحتياطية العنقودية (1 أو 0 ، الافتراضي 0)
-h اطبع هذه التعليمات
أسئلة ، أخطاء ، اتصل بـ Weizhong Li على [البريد الإلكتروني محمي]
إذا وجدت cd-hit مفيدًا ، فيرجى التكرم بالاستشهاد بما يلي:
"تجميع سلاسل متجانسة للغاية لتقليل حجم البروتين الكبير
قاعدة البيانات "، Weizhong Li ، Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. المعلوماتية الحيوية ، (2001)
17: 282-283 "Cd-hit: برنامج سريع لتجميع ومقارنة مجموعات كبيرة من
متواليات البروتين أو النيوكليوتيدات "، Weizhong Li & Adam Godzik. المعلوماتية الحيوية ، (2006)
22: 1658-1659 "Beifang Niu و Limin Fu و Shulei Sun و Weizhong Li.
التكرارات الطبيعية في التسلسل الحراري لقراءات البيانات الميتاجينومية. بي إم سي للمعلوماتية الحيوية
(2010) 11: 187
استخدم cdhit-454 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
