هذا هو الأمر clustalw الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
clustalw - محاذاة متعددة لتسلسل الحمض النووي والبروتين
موجز
كلوستالو [- ملف] file.ext [OPTIONS]
كلوستالو [-مساعدة | مساعدة كاملة]
الوصف
Clustal W هو برنامج محاذاة متعدد الأغراض العامة للحمض النووي أو البروتينات.
يقوم البرنامج بمحاذاة متزامنة للعديد من متواليات النيوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية. هو - هي
يتم تشغيله بشكل تفاعلي عادةً ، حيث يوفر قائمة ومساعدة عبر الإنترنت. إذا كنت تفضل استخدام
في وضع سطر الأوامر (الدُفعات) ، سيتعين عليك تقديم عدة خيارات ، الحد الأدنى هو
- ملف.
OPTIONS
بيانات (تسلسل)
- الملف =file.ext
تسلسل الإدخال.
-الملف 1 =file.ext و -الملف 2 =file.ext
الملفات الشخصية (محاذاة قديمة)
أفعال (ل أشياء)
-خيارات
قائمة معلمات سطر الأوامر.
-مساعدة or -التحقق من
حدد معلمات سطر الأوامر.
مساعدة كاملة
إخراج محتوى المساعدة الكامل.
- محاذاة
قم بمحاذاة متعددة كاملة.
-شجرة
احسب شجرة نيوجيرسي.
-بيم
مصفوفة هوية النسبة المئوية للإخراج (أثناء حساب الشجرة).
-حزام=n
Bootstrap شجرة نيوجيرسي (n= عدد الحذاء ؛ def. = 1000).
-يتحول
إخراج تسلسل الإدخال بتنسيق ملف مختلف.
المعلمات (تعيين أشياء)
العلاجات العامة الإعدادات:
-تفاعلية
اقرأ سطر الأوامر ، ثم أدخل القوائم التفاعلية العادية.
-كويكتري
استخدم خوارزمية FAST لشجرة دليل المحاذاة.
النوع =
بروتين or الحمض النووي متواليات.
-سلبي
محاذاة البروتين مع القيم السالبة في المصفوفة.
-ملف =
اسم ملف محاذاة التسلسل.
-المخرج =
جي سي جي, GDE, فيليب, شرطة التدخل السريع or NEXUS.
- مخرج =
INPUT or محاذاة
-قضية
LOWER or أعلى (لمخرج GDE فقط).
-seqnos =
اضافي or ON (لإخراج كلوستال فقط).
-seqnos_range =
اضافي or ON (جديد: لجميع تنسيقات الإخراج).
-النطاق =m,n
نطاق التسلسل لبدء الكتابة m إلى m+n.
-maxseqlen =n
الحد الأقصى المسموح به لطول تسلسل الإدخال.
-هادئ
تقليل إخراج وحدة التحكم إلى الحد الأدنى.
-ستات =ملف
سجل بعض إحصائيات المحاذاة إلى ملف.
سريع ثنائي المحاذاة:
-ktuple =n
حجم الكلمة.
-توبدياجس =n
عدد أفضل العلامات.
-نافذة =n
نافذة حول أفضل الأقطار.
- فجوة =n
عقوبة الفجوة.
-نتيجة
نسبه مئويه or مطلق.
بطيء ثنائي المحاذاة:
-pwmatrix =
: مصفوفة وزن البروتين =زهرة, برنامج الأغذية العالمي, غونيت, ID or اسم الملف
-pwdnamatrix =
مصفوفة وزن الحمض النووي =زهرةIUB ، زهرةCLUSTALW أو زهرةاسم الملف.
-pwgapopen =f
ركلة جزاء فتح فجوة.
-pwgapext =f
عقوبة تمديد الفجوة.
قد يؤدي إجراء المحاذاة:
-نيوتري =
ملف لشجرة دليل جديدة.
-usetree =
ملف لشجرة الدليل القديم.
-مصفوفة =
مصفوفة وزن البروتين =زهرة, برنامج الأغذية العالمي, غونيت, ID or اسم الملف.
-ديناماتريكس =
مصفوفة وزن الحمض النووي =IUB, كلوستالو or اسم الملف.
-جابوبين =f
ركلة جزاء فتح فجوة.
-gapext =f
عقوبة تمديد الفجوة.
-الخطوات
لا يوجد قلم فصل فجوة نهاية.
-غابديست =n
قلم فصل الفجوة. يتراوح.
-لا توجد فجوة
ثغرات محددة المخلفات قبالة.
-نوهغاب
الفجوات المحبة للماء.
-hgapresidues =
قائمة الدقة المحبة للماء.
-maxdiv =n
هوية النسبة المئوية للتأخير.
النوع =
بروتين or الحمض النووي
-الوزن =f
ترجيح الانتقالات.
-تكرار =
لا شيء or TREE or انتقام.
-رقم =n
الحد الأقصى لعدد التكرارات المراد إجراؤها.
ملفي الشخصي المحاذاة:
-الملف الشخصي
دمج اثنين من المحاذاة عن طريق محاذاة ملف التعريف.
-نيوتري 1 =
ملف لشجرة دليل جديدة لملف التعريف 1.
-نيوتري 2 =
ملف لشجرة دليل جديدة لملف التعريف 2.
-usetree1 =
ملف لشجرة الدليل القديم للملف الشخصي 1.
-usetree2 =
ملف لشجرة الدليل القديم للملف الشخصي 2.
تسلسل إلى ملفي الشخصي المحاذاة:
العواقب
قم بإضافة تسلسلات profile2 بالتتابع لمحاذاة profile1.
-نيوتري =
ملف لشجرة دليل جديدة.
-usetree =
ملف لشجرة الدليل القديم.
الهيكلية المحاذاة:
-Nosecstr1
لا تستخدم قناع عقوبة فجوة البنية الثانوية للملف الشخصي 1.
-Nosecstr2
لا تستخدم قناع عقوبة فجوة البنية الثانوية للملف الشخصي 2.
-سيكستروت =هيكل or MASK or على حد سواء or لا شيء
الإخراج في ملف المحاذاة.
-helixgap =n
عقوبة الفجوة لبقايا اللولب الأساسية.
-strandgap =n
عقوبة الفجوة لمخلفات الجديلة الأساسية.
فجوة الحلقة =n
عقوبة فجوة لمناطق الحلقة.
فجوة طولية =n
عقوبة الفجوة في الهيكل النهائي.
- helixendin =n
عدد المخلفات داخل اللولب المراد معالجتها على أنها طرفية.
-helixendout =n
عدد المخلفات خارج اللولب ليتم معالجتها على أنها محطة.
-سترانديدين =n
عدد المخلفات الموجودة داخل الخصلة التي سيتم معالجتها على أنها طرف.
-سترنندوت =n
عدد المخلفات الموجودة خارج الخصلة التي سيتم معالجتها على أنها طرف.
الأشجار:
-outputtree =nj OR فيليب OR حي OR رابطة
البذور =n
رقم البذور ل bootstraps.
-كيمورا
استخدم تصحيح Kimura.
- فجوات
تجاهل المواقف التي بها فجوات.
-bootlabels =العقدة
موضع قيم التمهيد في عرض الشجرة.
-التجمع =
NJ أو UPGMA.
استخدم clustalw عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
