هذا هو الأمر cmcalibrate الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
cmcalibrate - تناسب ذيول أسية لنموذج التباين المشترك لتحديد القيمة الإلكترونية
موجز
cmcalibrate [خيارات] cmfile
الوصف
cmcalibrate يحدد معلمات الذيل الأسي لتحديد القيمة E عن طريق التوليد
التسلسلات العشوائية ، والبحث عنها باستخدام CM وجمع درجات الناتج
يضرب. رسم بياني لدرجات بتات الضربات يتناسب مع الذيل الأسي ، و
يتم حفظ معلمات الذيل المجهز في ملف CM. معلمات الذيل الأسي
تُستخدم بعد ذلك لتقدير الأهمية الإحصائية للنتائج التي تم العثور عليها في com.cmsearch و
سمسكان.
يجب معايرة ملف CM باستخدام cmcalibrate قبل استخدامه في com.cmsearch or سمسكان ،
مع استثناء واحد: ليس من الضروري معايرة ملفات CM التي تتضمن ملفات
النماذج التي لا تحتوي على أزواج أساسية قبل التشغيل com.cmsearch.
cmcalibrate بطيء جدا. يستغرق معايرة متوسط حجم واحد بضع ساعات
CM على وحدة معالجة مركزية واحدة. cmcalibrate سيعمل بالتوازي على جميع النوى المتاحة إذا كان Infernal
تم إنشاؤه على نظام يدعم مؤشرات ترابط POSIX (راجع قسم التثبيت في ملف
دليل المستخدم لمزيد من المعلومات). استخدام ستؤدي النوى تقريبًا -طية
التسارع مقابل وحدة معالجة مركزية واحدة. يمكن أيضًا استخدام MPI (واجهة تمرير الرسائل) لـ
بالتوازي مع --mpi الخيار إذا تم إنشاء Infernal مع تمكين MPI ، ولكن باستخدام
لا يوصى باستخدام أكثر من 161 معالجًا لأن الزيادة السابقة لـ 161 لن تتسارع
المعايرة. راجع قسم التثبيت الخاص بدليل المستخدم للحصول على مزيد من المعلومات.
• --تنبؤ بالمناخ يمكن استخدام الخيار لتقدير المدة التي سيستغرقها البرنامج للتشغيل لمدة
معطى cmfile على الجهاز الحالي. للتنبؤ بوقت التشغيل معالجات مع
MPI ، بالإضافة إلى استخدام --nforecast الخيار.
تم البحث في التسلسلات العشوائية cmcalibrate يتم إنشاؤها بواسطة HMM الذي تم تدريبه عليه
تسلسل الجينوم الحقيقي بمحتويات GC المختلفة. الهدف هو الحصول على توزيعات GC
في التسلسلات العشوائية تكون مشابهة لتلك الموجودة في التسلسل الجيني الفعلي.
يتم إجراء أربع جولات من البحث ونوبات الذيل الأسية اللاحقة ، واحدة لكل منها
أربعة خوارزميات CM المختلفة التي يمكن استخدامها في com.cmsearch و سمسكان: جلوكال CYK ،
جلوكال الداخل ، CYK المحلي والمحلي في الداخل.
تحدد معلمات القيم الإلكترونية بواسطة cmcalibrate تستخدم فقط من قبل com.cmsearch و سمسكان
البرامج. إذا كنت لا تنوي استخدام هذه البرامج ، فلا تضيع وقتك في المعايرة
نماذجك.
OPTIONS
-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا باستخدام سطر الأوامر والخيارات المتاحة.
-L اضبط الطول الإجمالي للتسلسلات العشوائية للبحث عنها ميغا باسيس (ميغا بايت). بواسطة
إفتراضي، is 1.6 ميغا بايت. في ازدياد سيجعل الذيل الأسي يناسب أكثر
الدقة والقيم الإلكترونية أكثر دقة ، ولكنها ستستغرق وقتًا أطول (تتضاعف سوف تقريبا
ضعف وقت التشغيل). تناقص لا ينصح لأنه سيجعل
يناسب أقل دقة والقيم الإلكترونية أقل دقة.
OPTIONS لأي التنبؤ مطلوبة الوقت لأي لبس الذاكرة
--تنبؤ بالمناخ
توقع وقت تشغيل معايرة cmfile (مع الخيارات المتوفرة) تشغيل
الجهاز الحالي والخروج. لم يتم إجراء المعايرة. التنبؤات
يجب اعتبار تقديرات تقريبية. إذا تم تمكين تعدد مؤشرات الترابط (انظر
قسم التثبيت في دليل المستخدم) ، سيأخذ التوقيت في الاعتبار الرقم
من النوى المتاحة.
--nforecast
بدافع --تنبؤ بالمناخ، حدد ذلك سيتم استخدام المعالجات للمعايرة.
قد يكون هذا مفيدًا للتنبؤ بوقت تشغيل MPI مع
معالجات.
- ممرق
توقع مقدار الذاكرة المطلوبة للمعايرة cmfile (مع المقدمة
خيارات) على الجهاز الحالي والخروج. لم يتم إجراء المعايرة.
OPTIONS المتابعة متسارع TAIL تناسبها
--gtailn
تناسب الذيل الأسي للداخل glocal و glocal CYK إلى أعلى الدرجات
في ذيل الرسم البياني ، حيث is عدد مرات البحث عن ميغابايت. ال
القيمة الافتراضية لـ هي 250. تم اختيار القيمة 250 لأنها تعمل بشكل جيد
تجريبيا بالنسبة للقيم الأخرى.
- ليتيلن
تناسب الذيل الأسي للداخل المحلي والمحلي CYK إلى أعلى الدرجات
في ذيل الرسم البياني ، حيث is عدد مرات البحث عن ميغابايت. ال
القيمة الافتراضية لـ هي 750. تم اختيار القيمة 750 لأنها تعمل بشكل جيد
تجريبيا بالنسبة للقيم الأخرى.
- تيلب
تجاهل --gtailn و - ليتيلن خيارات مسبوقة وتناسب ذيل جزء من
الرسم البياني لذيل أسي ، لجميع أوضاع البحث.
اختياري OUTPUT FILES
--ملف
احفظ المدرج التكراري المناسب للملف . تنسيق هذا الملف مسافتان
أعمدة محددة في كل سطر. العمود الأول هو قيم المحور س لدرجات البت
كل بن. العمود الثاني هو قيم المحور ص لعدد مرات الدخول لكل سلة. كل
يتم تحديد السلسلة بسطر يحتوي على حرف واحد "&". سيحتوي الملف على
تتناسب سلسلة واحدة لكل من الذيل الأسي الأربعة بالترتيب التالي:
جلوكال CYK ، جلوكال الداخل ، CYK المحلي ، والداخل المحلي.
--ملف
حفظ معلومات مؤامرة البقاء على الملف . تنسيق هذا الملف مسافتان
أعمدة محددة في كل سطر. العمود الأول هو قيم المحور س لدرجات البت
كل بن. العمود الثاني هو قيم المحور ص لكسر النتائج التي تتوافق مع أو
تتجاوز النتيجة لكل سلة. يتم تحديد كل سلسلة بسطر واحد
شخصية "&". سيحتوي الملف على ثلاث سلاسل من البيانات لكل من CM الأربعة
أوضاع البحث بالترتيب التالي: glocal CYK و glocal Inside و CYK المحلي و
محلي بالداخل. السلسلة الأولى هي مؤامرة البقاء التجريبية من الرسم البياني
عدد مرات الوصول إلى التسلسل العشوائي. السلسلة الثانية هي الذيل الأسي المناسب لـ
التوزيع التجريبي. السلسلة الثالثة هي الذيل الأسي الذي يناسب لامدا
تم إصلاحها وتعيينها على أنها اللوغاريثم الطبيعي 2 (0.691314718).
- qqfile
حفظ معلومات مؤامرة Quantile-quantile في الملف . تنسيق هذا الملف هو
عمودان محددان بمسافة في كل سطر. العمود الأول هو قيم المحور س ، و
العمود الثاني هو قيم المحور ص. مسافة النقاط من
خط الهوية (y = x) هو مقياس لمدى ملاءمة الذيل الأسي ، و
كلما اقتربت النقاط من خط الهوية ، كان الملاءمة أفضل. كل سلسلة
محدد بسطر يتألف من حرف واحد "&". سيحتوي الملف على سلسلة واحدة
من البيانات التجريبية لكل من الذيل الأسي الأربعة يناسب ما يلي
الترتيب: جلوكال CYK ، جلوكال من الداخل ، CYK محلي وداخل محلي.
- ملف
حفظ إحصائيات محددة المساحة لذيل أسي مختلف يناسب الملف .
سيحتوي الملف على قيمتي lambda و mu للذيول الأسية التي تناسبها
ذيول المدرج التكراري بأحجام مختلفة. الحقول الموجودة في الملف مصنفة
بشكل إعلامي.
--xfile
احفظ قائمة بالدرجات في كل ذيل مدرج تكراري ملائم في الملف . كل سطر من
سيكون لهذا الملف درجة مختلفة تشير إلى وجود إصابة واحدة في الذيل بـ
تلك النتيجة. يتم تحديد كل سلسلة بسطر يحتوي على حرف واحد "&". ال
سيحتوي الملف على سلسلة واحدة لكل من الذيل الأسي الأربعة في ملف
الترتيب التالي: glocal CYK ، و glocal Inside ، و CYK المحلي ، والداخل المحلي.
أخرى OPTIONS
--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع و عدد صحيح> = 0. إذا غير صفري ،
ستكون المحاكاة العشوائية قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس الشيء
النتائج. لو هو 0 ، يتم تصنيف مولد الأرقام العشوائية بشكل تعسفي ، و
سوف تختلف عمليات المحاكاة العشوائية من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. الافتراضي
البذرة 181.
- بيتا
بشكل افتراضي ، يتم استخدام النطاق المعتمد على الاستعلام (QDB) لتسريع البحث في CM
خوارزميات مع احتمال فقدان ذيل بيتا 1E-15. يمكن أن تكون قيمة بيتا
تغير إلى مع - بيتا . معلمة بيتا هي مقدار الاحتمال
إذا تم استبعاد الكتلة أثناء حساب النطاق ، فإن القيم الأعلى للبيتا تعطي تسريعًا أكبر
لكن تضحي بدقة أكبر من القيم الأقل. القيمة الافتراضية المستخدمة هي 1E-15.
(لمزيد من المعلومات حول QDB ، انظر Nawrocki and Eddy، PLoS Computational Biology
3(3): e56.]
- غير مربوط
قم بإيقاف تشغيل QDB أثناء معايرة القيمة الإلكترونية. سيؤدي ذلك إلى إبطاء المعايرة.
- نول 3
قم بإيقاف تشغيل النموذج الفارغ الإضافي الإضافي الخاص بالبرنامج null3 post hoc. لا ينصح بهذا إلا إذا
كنت تخطط لاستخدام نفس الخيار ل com.cmsearch و / أو سمسكان.
--عشوائي
استخدم نموذج الخلفية الفارغ لـ CM لتوليد التسلسلات العشوائية ، بدلاً من ذلك
من HMM الأكثر واقعية. ما لم يتم بناء CM باستخدام --باطل الخيار ل
سمبناء ، سيكون نموذج الخلفية الفارغة 25٪ لكل من A و C و G و U.
--جي سي
قم بتوليد التسلسلات العشوائية باستخدام توزيع النيوكليوتيدات من التسلسل
ملف .
--وحدة المعالجة المركزية
حدد ذلك يتم استخدام عمال وحدة المعالجة المركزية المتوازية. لو تم تعيينه على أنه "0" ، ثم ملف
سيتم تشغيل البرنامج في الوضع التسلسلي ، دون استخدام الخيوط. يمكنك أيضا التحكم
هذا الرقم عن طريق تعيين متغير البيئة ، INFERNAL_NCPU. هذا الخيار سوف
تكون متاحة فقط إذا كان الجهاز الذي تم بناء Infernal عليه قادرًا على الاستخدام
ربط POSIX (انظر قسم التثبيت في دليل المستخدم للمزيد
معلومات).
--mpi تشغيل كبرنامج MPI المتوازي. سيكون هذا الخيار متاحًا فقط إذا كان لدى Infernal
تم تكوينه وبنائه باستخدام علامة "--enable-mpi" (انظر التثبيت
قسم من دليل المستخدم لمزيد من المعلومات).
استخدم cmcalibrate عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
