هذا هو الأمر distmate الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
distmat - إنشاء مصفوفة مسافة من محاذاة تسلسل متعددة
موجز
distmat -تسلسل تسلسل -nucmethod الإدارية -الطريقة الإدارية -غامض منطقية
-وزن الفجوة الطفو -موضع عدد صحيح - احسب منطقية -المعلمة الطفو
-ملف ملف
distmat -مساعدة
الوصف
distmat هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) أوامر "التطور: التسلسل الجزيئي".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل تسلسل
ملف يحتوي على تسلسل المحاذاة.
مطلوب: قسم
-nucmethod الإدارية
طرق تصحيح الاستبدال المتعددة للنيوكليوتيدات.
-الطريقة الإدارية
طرق تصحيح الاستبدال المتعددة للبروتينات.
إضافي قسم
-غامض منطقية
خيار استخدام الرموز الغامضة في حساب طريقة Jukes-Cantor أو if
التسلسلات عبارة عن بروتينات. القيمة الافتراضية: N
-وزن الفجوة الطفو
خيار لوزن الفجوات في المسافة غير المصححة (النيوكليوتيدات) ومسافة جوكس-كانتور
طُرق. القيمة الافتراضية: 0.
-موضع عدد صحيح
اختر المواضع الأساسية لتحليلها في كل كودون، أي 123 (جميع القواعد)، 12 (أول اثنين
القواعد)، 1، 2، أو 3 قواعد فردية. القيمة الافتراضية: 123
- احسب منطقية
سيؤدي هذا إلى فرض حساب المعلمة "a" في مسافة Jin-Nei Gamma
الحساب، وإلا فإن الإعداد الافتراضي هو 1.0 (راجع خيار -parametera). القيمة الافتراضية: N
-المعلمة الطفو
المعلمة المحددة من قبل المستخدم 'a' لاستخدامها في حساب مسافة Jin-Nei Gamma. ال
القيمة المقترحة التي سيتم استخدامها هي 1.0 (Jin et al.) وهذه هي القيمة الافتراضية. القيمة الافتراضية:
1.0
الناتج قسم
-ملف ملف
استخدم distmate عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
