هذا هو الأمر extractfeate الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
extractfeat - استخراج الميزات من التسلسل (التسلسلات)
موجز
مستخلص -تسلسل seqall [-قبل عدد صحيح] [-بعد عدد صحيح] [-source سلسلة]
[من نوع سلسلة] [-حاسة عدد صحيح] [-مينسكور الطفو] [-أقصى درجة الطفو]
[-بطاقة شعار سلسلة] [-value سلسلة] [-ينضم منطقية] [-اسم الفذ منطقية]
[-يصف سلسلة] -تسق seqout
مستخلص -مساعدة
الوصف
مستخلص هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "تحرير ، جداول الميزات".
OPTIONS
إدخال قسم
-تسلسل seqall
إضافي قسم
-قبل عدد صحيح
إذا كانت هذه القيمة أكبر من 0، فهذا يعني أن عدد القواعد أو البقايا قبل
يتم تضمين الميزة في التسلسل المستخرج. هذا يسمح لك بالحصول على سياق
الخاصية. إذا كانت هذه القيمة سالبة فإن بداية التسلسل المستخرج ستكون
يكون هذا العدد من القواعد/البقايا قبل نهاية الميزة. إذن قيمة "10"
سيبدأ استخراج 10 قواعد/بقايا قبل بدء التسلسل، و أ
ستبدأ قيمة "-10" في استخراج 10 قواعد/بقايا قبل نهاية
ميزة. سيتم تعبئة تسلسل الإخراج بأحرف "N" أو "X" إذا كان التسلسل
يبدأ بعد البدء المطلوب للاستخراج.
-بعد عدد صحيح
إذا كانت هذه القيمة أكبر من 0، فهذا يعني أن عدد القواعد أو البقايا بعد
يتم تضمين الميزة في التسلسل المستخرج. هذا يسمح لك بالحصول على سياق
الخاصية. إذا كانت هذه القيمة سالبة فستكون نهاية التسلسل المستخرج
هذا العدد من القواعد/البقايا بعد بدء الميزة. وبالتالي فإن قيمة "10" سوف
إنهاء الاستخلاص 10 قواعد/بقايا بعد نهاية التسلسل وقيمة
'-10' سينهي استخراج 10 قواعد/بقايا بعد بدء الميزة. ال
سيتم تعبئة تسلسل الإخراج بأحرف "N" أو "X" إذا انتهى التسلسل قبل ذلك
النهاية المطلوبة للاستخراج.
-source سلسلة
يتم عرض أي مصدر ميزة في جدول الميزات افتراضيًا. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي مصدر ميزة ترغب في إظهاره. عادة ما يكون اسم المصدر إما اسم ملف
البرنامج الذي اكتشف الميزة أو هو جدول الميزات (على سبيل المثال: EMBL) الذي يحتوي على
جاءت الميزة من. قد يتم حرف البدل المصدر باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار المزيد
من مصدر واحد ، افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: gene * | embl الافتراضي
قيمة: *
من نوع سلسلة
افتراضيًا، يتم استخراج كل ميزة في جدول الميزات. يمكنك تعيين هذا ليكون أي
نوع الميزة التي ترغب في استخراجها. يرى http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ للحصول على قائمة
أنواع ميزات EMBL وراجع دليل مستخدم Uniprot في
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation للحصول على قائمة بميزة Uniprot
أنواع. يمكن إضافة أحرف البدل إلى النوع باستخدام "*". إذا كنت ترغب في استخراج أكثر من واحد
اكتب، وافصل أسمائهم بالحرف '|'، على سبيل المثال: *UTR | إنترون القيمة الافتراضية: *
-حاسة عدد صحيح
افتراضيًا، يتم استخراج أي نوع ميزة في جدول الميزات. يمكنك ضبط هذا على
تطابق أي إحساس بالميزة التي تريدها. 0 - أي معنى، 1 - معنى أمامي، -1 - معنى عكسي
-مينسكور الطفو
الحد الأدنى من نقاط الميزة المراد استخراجها (انظر أيضًا maxscore) القيمة الافتراضية: 0.0
-أقصى درجة الطفو
الحد الأقصى لدرجة الميزة المراد استخراجها. إذا كان كل من minscore و maxscore يساوي صفرًا (ملف
الافتراضي)، ثم يتم تجاهل أي نتيجة القيمة الافتراضية: 0.0
-بطاقة شعار سلسلة
العلامات هي أنواع القيم الإضافية التي قد تحتوي عليها الميزة. على سبيل المثال في EMBL
جدول الميزات ، قد يحتوي نوع ميزة "CDS" على العلامات "/ codon" ، "/ codon_start" ،
'/ db_xref'، '/ EC_number'، '/ Evidence'، '/ استثناء'، '/ function'، '/ gene'، '/ label'،
'/ map'، '/ note'، '/ number'، '/ جزئية'، '/ product'، '/ protein_id'، '/ pseudo'،
'/ standard_name' أو '/ translation' أو '/ transl_except' أو '/ transl_table' أو '/ usedin'.
تحتوي بعض هذه العلامات أيضًا على قيم ، على سبيل المثال ، يمكن أن يكون لـ "/ gene" قيمة
اسم الجين. افتراضيًا، يتم استخراج أي علامة ميزة في جدول الميزات. يمكنك ضبط
هذا لمطابقة أي علامة ميزة ترغب في إظهارها. قد يتم إضافة أحرف البدل إلى العلامة باستخدام
"*". إذا كنت ترغب في استخراج أكثر من علامة واحدة، فافصل أسمائهم مع الحرف
'|' ، على سبيل المثال: gene | التسمية القيمة الافتراضية: *
-value سلسلة
قيم العلامة هي القيم المرتبطة بعلامة المعالم. العلامات هي أنواع الإضافات
القيم التي قد تحتويها الميزة. على سبيل المثال في جدول ميزات EMBL ، هناك نوع "CDS" من
قد تحتوي الميزة على العلامات '/ codon' ، '/ codon_start' ، '/ db_xref' ، '/ EC_number' ،
'/ أدلة'، '/ استثناء'، '/ function'، '/ gene'، '/ label'، '/ map'، '/ note'، '/ number'،
'/ جزئي'، '/ product'، '/ protein_id'، '/ pseudo'، '/ standard_name'، '/ translation'،
"/ transl_except" أو "/ transl_table" أو "/ usedin". يمكن أن تحتوي بعض هذه العلامات فقط
القيم ، على سبيل المثال "/ gene" يمكن أن يكون لها قيمة اسم الجين. افتراضيا أي ملف
يتم عرض قيمة علامة الميزة في جدول الميزات. يمكنك ضبط هذا لمطابقة أي ميزة
قيمة العلامة التي ترغب في إظهارها. يمكن استخدام أحرف البدل في قيمة العلامة باستخدام "*". لو كنت تريد
لإظهار أكثر من قيمة علامة واحدة، افصل أسمائهم بمسافة أو حرف
'|' ، على سبيل المثال: pax * | 10 القيمة الافتراضية: *
الناتج قسم
-ينضم منطقية
تتكون بعض الميزات، مثل CDS (تسلسل الترميز) وmRNA من الإنترونات
متسلسلة معا. قد يكون هناك أشكال أخرى من التسلسل "المنضم"، اعتمادًا على
جدول الميزات. إذا تم تعيين هذا الخيار على TRUE، فسيتم تعيين أي مجموعة من هذه الميزات
الإخراج كتسلسل واحد. إذا تم تعيين المؤهلات "قبل" و"بعد"،
ثم تتم إضافة التسلسل قبل الميزة الأولى وبعد الميزة الأخيرة فقط.
القيمة الافتراضية: N
-اسم الفذ منطقية
لمساعدتك في تحديد نوع الميزة التي تم إخراجها، ونوعها
تتم إضافة الميزة إلى بداية وصف تسلسل الإخراج. في بعض الأحيان
يتم فقدان وصف التسلسل في المعالجة اللاحقة لملف التسلسل، لذلك
من المفيد أن يكون النوع جزءًا من اسم معرف التسلسل. إذا قمت بتعيين هذا ليكون
TRUE، ثم تتم إضافة الاسم إلى اسم المعرف الخاص بتسلسل الإخراج. القيمة الافتراضية: ن
-يصف سلسلة
لمساعدتك في تحديد بعض الخصائص الإضافية للميزة التي تم إخراجها،
يتيح لك هذا تحديد اسم علامة واحد أو أكثر يجب إضافته إلى المخرجات
نص وصف التسلسل، مع قيمها (إن وجدت). على سبيل المثال، إذا كان هذا
تم تعيينه على أنه "جين"، فإذا كانت أي ميزة إخراج تحتوي على العلامة (على سبيل المثال)
'/gene=BRCA1' المرتبط به، ثم سيتم إضافة النص '(gene=BRCA1)' إلى
خط الوصف. العلامات هي أنواع القيم الإضافية التي قد تحتوي عليها الميزة. ل
على سبيل المثال في جدول ميزات EMBL، قد يحتوي نوع الميزة "CDS" على العلامات "/codon"،
'/codon_start'، '/db_xref'، '/ EC_number'، '/ دليل'، '/ استثناء'، '/ وظيفة'،
'/ جين'، '/ تسمية'، '/ خريطة'، '/ ملاحظة'، '/ رقم'، '/ جزئي'، '/ منتج'، '/ بروتين_id'،
"/ زائف"، "/standard_name"، "/ ترجمة"، "/transl_except"، "/transl_table"، أو
'/مستعمل في'. تحتوي بعض هذه العلامات أيضًا على قيم، على سبيل المثال يمكن أن يكون لـ '/gene' القيمة
من اسم الجين. بشكل افتراضي، لا يتم عرض علامة الميزة. يمكنك ضبط هذا للمطابقة
أي علامة ميزة ترغب في إظهارها. يمكن إضافة أحرف البدل إلى العلامة باستخدام "*". لو كنت تريد
لاستخراج أكثر من علامة، افصل أسمائهم بحرف '|'، على سبيل المثال: الجين |
ملصق
-تسق seqout
استخدم extractfeate عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
