هذا هو الأمر fastaq الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fastaq - أدوات معالجة الملفات FASTA و FASTQ
موجز
com.fastaq [الخيارات]
الوصف0nf
للحصول على الحد الأدنى من الاستخدام لأمر استخدم: الأمر fastaq
للحصول على المساعدة الكاملة لأمر استخدم أحد: أمر fastaq -h أمر فاستاق --مساعدة
الأوامر المتاحة:
add_indels يحذف أو يدرج القواعد في الموضع (المواضع) المحددة caf_to_fastq
يحول ملف CAF إلى تنسيق FASTQ capillary_to_pairs يحول ملف الشعيرات الدموية
يقرأ الملفات المقترنة وغير المقترنة، ويقسم التسلسل إلى أجزاء متساوية
القطع ذات الحجم count_sequences تحسب التسلسلات في ملف الإدخال deinterleave
يقسم الملف المقترن المشذّر إلى ملفين منفصلين enumerate_names Renames
تسلسلات في ملف، وتسميتها 1,2,3،XNUMX،XNUMX... إلخ
مزيج من النيوكليوتيدات المتحللة fasta_to_fastq تحويل FASTA و.qual to
مرشح FASTQ قم بتصفية التسلسلات للحصول على مجموعة فرعية منها get_ids
احصل على معرف كل تسلسل get_seq_flanking_gaps احصل على فجوات التسلسل المحيطة
interleave يتداخل بين ملفين، ويتم الإخراج بالتناوب بين قراءات fwd/rev
make_random_contigs جعل contigs من تحويلات تسلسل عشوائي
ملف متعدد التسلسلات إلى تسلسل واحد استبدال_bases يستبدل جميع التكرارات
حرف واحد مع مكمل عكسي آخر يكمل جميع التسلسلات
scaffolds_to_contigs ينشئ ملف contigs من ملف السقالات search_for_seq
ابحث عن جميع التطابقات التامة مع سلسلة (ومكملها العكسي) التسلسل_تريم
قم بقص التطابقات التامة مع سلسلة معينة في بداية كل تسلسل من نوعsort_by_size
فرز التسلسلات بترتيب الطول Split_by_base_count تقسيم ملف التسلسل المتعدد إلى
ملفات منفصلة strip_illumina_suffix Strips /1 or /2 في نهاية كل اسم مقروء
to_boulderio يحول إلى تنسيق Boulder-IO، المستخدم بواسطة primer3 to_fake_qual
قم بإنشاء ملف درجات الجودة المزيفة to_fasta لتحويل مجموعة متنوعة من تنسيقات الإدخال
إلى تنسيق FASTA المنسق بشكل جيد to_mira_xml قم بإنشاء ملف xml من ملف
يقرأ، للاستخدام مع مجمع Mira to_orfs_gff يكتب ملف GFF مفتوحًا
إطارات القراءة to_perfect_reads قم بإجراء قراءات مقترنة مثالية من المرجع
to_random_subset قم بعمل عينة عشوائية من التسلسلات (واختياريًا أيضًا الزملاء)
to_tiling_bam قم بإنشاء ملف BAM للقراءات المنتشرة بشكل موحد عبر الإدخال
مرجع to_unique_by_id إزالة التسلسلات المكررة، بناءً على أسمائها. يحفظ
ترجمة أطول تسلسلات ترجمة جميع التسلسلات في تسلسلات النوكليوتيدات المدخلة
Trim_Ns_at_end يقوم بقص كل Ns في بداية/نهاية كل التسلسلات Trim_contigs
يقوم بقص عدد محدد من القواعد من نهاية كل قطع contig Trim_ends Trim ثابت
عدد أسس بداية و/أو نهاية كل نسخة تسلسلية نسخة مطبوعة
الرقم والخروج
استخدم Fastaq عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
