هذا هو الأمر gmx-ENME الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-Enalat - استخراج مصفوفة الطاقة من ملف الطاقة
موجز
حقن gmx الشرجية [-f [<.edr>]] [-مجموعات [<.dat>]] [-عرف [<.dat>]]
[-مات [<.xpm>]] [-توت [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] مجموع]
[-يتخطى ] [-[بلا معنى] [-المستويات ] [-الأعلى ]
[-دقائق ] [- [لا] كولسر] [- [لا] coullr] [- [لا] كول 14]
[- [لا] ljsr] [- [لا] ljlr] [- [لا] lj14] [- [لا] بحمر]
[- [لا] بحملر] [- [لا] مجاني] [-مؤقت ]
الوصف
GMX الحقن الشرجية يستخرج مصفوفة الطاقة من ملف الطاقة (-f). مع -مجموعات يجب أن يكون الملف
أن يتم تزويد كل سطر بمجموعة من الذرات لاستخدامها. لهذه المجموعات مصفوفة من
سيتم استخراج طاقات التفاعل من ملف الطاقة من خلال البحث عن مجموعات الطاقة
بأسماء تتوافق مع أزواج من مجموعات الذرات ، على سبيل المثال إذا كان لديك -مجموعات يحتوي الملف على:
2
بروتين
SOL
ثم من المتوقع أن تكون مجموعات الطاقة بأسماء مثل "Coul-SR: Protein-SOL" و "LJ: Protein-SOL"
في ملف الطاقة (على الرغم من GMX الحقن الشرجية يكون أكثر فائدة إذا تم تحليل العديد من المجموعات
معًا). تتم كتابة المصفوفات لأنواع الطاقة المختلفة بشكل منفصل ، مثل
يسيطر عليها - [لا] كول, - [لا] كولر, - [لا] كول 14, - [لا] lj, - [لا] lj14, - [لا] بهام و
- [لا] مجاني خيارات. أخيرًا ، يمكن أن تكون طاقة طاقة التفاعل الإجمالية لكل مجموعة
محسوب (-توت).
يمكن حساب تقريب للطاقة الحرة باستخدام: E_free = E_0 + kT
سجل( ) ، حيث تشير "<>" إلى متوسط الوقت. ملف مع مرجع مجاني
يمكن توفير الطاقات لحساب فرق الطاقة الحرة مع بعض المراجع
ولاية. يجب أن تتوافق أسماء المجموعات (مثل أسماء المخلفات) في الملف المرجعي مع
أسماء المجموعات على النحو المستخدم في -مجموعات ملف ، ولكن رقم ملحق (مثل رقم البقايا) في
القادم -مجموعات سيتم تجاهله في المقارنة.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.edr>] (ener.edr) (اختياري)
ملف الطاقة
-مجموعات [<.dat>] (المجموعات.دات)
ملف بيانات عام
-عرف [<.dat>] (eref.dat) (اختياري)
ملف بيانات عام
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-مات [<.xpm>] (emat.xpm)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap
-توت [<.xvg>] (طاقة. xvg)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
- [لا] مجموع (لا)
اجمع مصطلحات الطاقة المختارة بدلاً من عرضها جميعًا
-يتخطى (0)
تخطي عدد الإطارات بين نقاط البيانات
-[بلا معنى (نعم)
مع -مجموعات يستخرج مصفوفة من الطاقات المتوسطة بدلاً من المصفوفة لكل خطوة زمنية
-المستويات (20)
عدد مستويات ألوان المصفوفة
-الأعلى (1e + 20)
أقصى قيمة للطاقات
-دقائق (-1 هـ + 20)
أدنى قيمة للطاقات
- [لا] كولسر (نعم)
استخراج طاقات كولوم SR
- [لا] coullr (لا)
استخراج طاقات كولوم LR
- [لا] كول 14 (لا)
استخراج طاقات كولوم 1-4
- [لا] ljsr (نعم)
استخراج طاقات Lennard-Jones SR
- [لا] ljlr (لا)
استخراج طاقات Lennard-Jones LR
- [لا] lj14 (لا)
استخراج طاقات لينارد جونز 1-4
- [لا] بحمر (لا)
استخراج طاقات باكنغهام ريال
- [لا] بحملر (لا)
استخراج طاقات باكنغهام LR
- [لا] مجاني (نعم)
احسب الطاقة المجانية
-مؤقت (300)
درجة الحرارة المرجعية لحساب الطاقة المجانية
استخدم gmx-Enema عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
