gmx-spatial - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-spatial - حساب دالة التوزيع المكاني

موجز

مكاني gmx [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[حاليا] [- [لا] pbc]
[- [لا] div] [توقيع ] [-سلة مهملات ] [-ناب ]

الوصف

GMX مكاني يحسب دالة التوزيع المكاني ويخرجها في شكل يمكنه ذلك
يمكن قراءتها بواسطة VMD بتنسيق مكعب Gaussian98. لنظام يتكون من 32,000 ذرة و 50 نانوثانية
المسار ، يمكن إنشاء SDF في حوالي 30 دقيقة ، مع تخصيص معظم الوقت
إلى المرحلتين trjconv المطلوبة لتوسيط كل شيء بشكل صحيح. هذه
يأخذ أيضًا مجموعة كاملة من المساحة (3 نسخ من ملف المسار). لا تزال الصور
جميلة ومفيدة للغاية عندما يتم الاختيار المناسب بشكل صحيح. 3-4 ذرات في
تعمل مجموعة متنقلة على نطاق واسع (مثل حمض أميني مجاني في محلول) بشكل جيد ، أو حدد
العمود الفقري للبروتين في هيكل مطوي مستقر للحصول على SDF للمذيب وإلقاء نظرة على
غلاف الذوبان متوسط ​​الوقت. من الممكن أيضًا استخدام هذا البرنامج لإنشاء SDF
بناء على بعض التنسيق الديكارتي التعسفي. للقيام بذلك ، ما عليك سوى حذف الأولية GMX
trjconv خطوات.

الاستخدام:

1. استعمال GMX جعل_ندكس لإنشاء مجموعة تحتوي على الذرات التي تريد حولها قوات سوريا الديمقراطية

2. GMX trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -بوكس سنتر tric -أ اتفاق - بي بي سي لا شيء

3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -لائق بدنيا تعفن + العابرة

4. تشغيل GMX مكاني على c.tng إخراج الخطوة رقم 3.

5. تحميل الشبكة في VMD وعرضها على شكل سطح متساوي.

ملاحظات التي تتطلبها أنظمة مثل micelles GMX trjconv - بي بي سي كتلة بين الخطوات 1
و 2

تحذيرات
سيتم إنشاء SDF لمكعب يحتوي على جميع الصناديق التي تحتوي على بعض العناصر غير الصفرية
الإشغال. ومع ذلك ، فإن الإعدادية -لائق بدنيا تعفن + العابرة الخيار ل GMX trjconv يعني ذلك
سيتم تدوير النظام الخاص بك والترجمة في الفضاء (لكي تقوم المجموعة المحددة
لا). لذلك فإن القيم التي يتم إرجاعها ستكون صالحة فقط لبعض المناطق
حول مجموعتك المركزية / الإحداثي الذي يتداخل بشكل كامل مع حجم النظام طوال الوقت
النظام المترجم / المستدير بأكمله على مدار المسار. الأمر متروك لـ
المستخدم للتأكد من أن هذا هو الحال.

محفوف بالمخاطر الخيارات
لتقليل مقدار المساحة والوقت المطلوب ، يمكنك إخراج الأسلاك فقط
سيتم استخدامها في الجولة الأولى واللاحقة GMX trjconv. ومع ذلك ، تأكد من
تعيين -ناب الخيار إلى قيمة عالية بما فيه الكفاية حيث يتم تخصيص الذاكرة لصناديق المكعب
بناءً على الإحداثيات الأولية و -ناب قيمة الخيار.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

- [لا] pbc (لا)
استخدم شروط الحدود الدورية لحساب المسافات

- [لا] div (نعم)
حساب وتطبيق المقسوم على إشغال الحاوية على أساس الذرات / الحد الأدنى من المكعب
بحجم. تعيين كصحيح للتصور وكخطأ (-نوديف) للحصول على حسابات دقيقة
لكل إطار

توقيع (-1)
لا تعرض هذا العدد من المكعبات الخارجية (القيم الموجبة قد تقلل من الحدود
بقع. -1 يضمن أن السطح الخارجي مرئي)

-سلة مهملات 0.05
عرض الصناديق (نانومتر)

-ناب 4
عدد الحاويات الإضافية لضمان التوزيع المناسب للذاكرة

معروف قضايا

· عندما لا تكون الذاكرة المخصصة كبيرة بما يكفي ، فقد يحدث خطأ في التجزئة. هذا هو
عادةً ما يتم اكتشافه ويتم إيقاف البرنامج قبل حدوث الخطأ أثناء عرض تحذير
رسالة تشير إلى استخدام -ناب (عدد الصناديق الإضافية) الخيار. ومع ذلك ، فإن
البرنامج لا يكتشف كل هذه الأحداث. إذا واجهت خطأ تجزئة ، فقم بتشغيله
مرة أخرى مع زيادة -ناب .

استخدم gmx-spatial عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net