هذا هو الأمر gt-cds الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gt-cds - إضافة ميزات CDS (تسلسل الترميز) إلى ميزات exon الواردة في ملف GFF3.
موجز
gt أقراص مدمجة [خيار ...] [GFF3_file]
الوصف
-minorflen [قيمنا]
قم بتعيين الحد الأدنى للطول الذي يجب إضافة إطار القراءة المفتوح (ORF) إليه باعتباره أقراص CDS
الميزة (تقاس بالأحماض الأمينية) (الافتراضي: 64)
-startcodon [نعم | لا]
تتطلب من ORF أن يبدأ بكود البدء (الافتراضي: لا)
-finalstopcodeon [نعم | لا]
تتطلب أن ينتهي ORF النهائي بكود الإيقاف (الافتراضي: لا)
-seqfile [اسم الملف]
اضبط ملف التسلسل الذي تأخذ منه التسلسلات (افتراضي: غير محدد)
-التالي [اسم الملف]
اضبط اسم فهرس التسلسل المشفر الذي تأخذ منه التسلسلات (الافتراضي:
غير معرف)
-seqfiles
تعيين ملفات التسلسل التي يتم استخراج استخدام الميزات منها -- لإنهاء القائمة
من ملفات التسلسل
-مباراة [نعم | لا]
ابحث في أوصاف التسلسل من ملفات الإدخال لمعرفات التسلسل المطلوب (بتنسيق
GFF3) ، الإبلاغ عن أول تطابق (افتراضي: لا)
- مباراة [نعم | لا]
تطابق تمامًا أوصاف التسلسل من ملفات الإدخال للتسلسل المطلوب
المعرفات (في GFF3) من البداية إلى المسافة البيضاء الأولى (الافتراضي: لا)
-مستخدمةesc [نعم | لا]
استخدم أوصاف التسلسل لتعيين معرفات التسلسل (في GFF3) إلى التسلسل الفعلي
إدخالات. إذا كان الوصف يحتوي على نطاق تسلسل (على سبيل المثال ، III: 1000001..2000000) ، فإن ملف
يستخدم الجزء الأول كمعرف التسلسل (الثالث) وموضع النطاق الأول كإزاحة
(1000001) (الافتراضي: لا)
-رسم الخرائط [سلسلة]
تعيين ملف يحتوي على منطقة تسلسل لتعيين ملف تسلسلي (افتراضي: غير محدد)
-v [نعم | لا]
تكون مطولة (الافتراضي: لا)
-o [اسم الملف]
إعادة توجيه الإخراج إلى ملف محدد (الافتراضي: غير محدد)
-gzip [نعم | لا]
كتابة ملف الإخراج المضغوط gzip (الافتراضي: لا)
-bzip2 [نعم | لا]
كتابة ملف إخراج مضغوط bzip2 (الافتراضي: لا)
-فرض [نعم | لا]
فرض الكتابة إلى ملف الإخراج (الافتراضي: لا)
-مساعدة
عرض المساعدة والخروج
-الإصدار
عرض معلومات الإصدار والخروج
تنسيق الملف للخيار -رسم الخرائط:
يعرّف الملف الذي يتم توفيره لخيار تعيين المنطقة "تعيين". تعيين خرائط
تسلسل إدخالات المنطقة الواردة في GFF3_file إلى ملف تسلسلي يحتوي على الامتداد
التسلسل المقابل. يمكن تعريف التعيينات بأحد الشكلين التاليين:
رسم الخرائط = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz" ،
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
تعيين الوظيفة (منطقة_تتسلسل)
إرجاع "hs_ref _" .. sequence_region .. ". fa.gz"
النهاية
يحدد النموذج الأول لوا (http://www.lua.org) جدول يسمى "تعيين" الذي يرسم خرائط لكل منهما
منطقة التسلسل لملف التسلسل المقابل. الثانية تحدد دالة Lua
"التعيين" ، والذي يجب أن يعيد اسم ملف التسلسل عندما يتم استدعاؤه بامتداد
تسلسل_منطقة كحجة.
التبليغ بق
إبلاغ عن الأخطاء إلى[البريد الإلكتروني محمي]>.
استخدم gt-cds عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
