الجهنمي - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الجهنمي - تحليل التسلسل باستخدام ملفات تعريف تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) والبنية الثانوية
إجماع

موجز

سمالين
محاذاة التسلسلات إلى نموذج التغاير

سمبيلد
بناء نموذج (نماذج) التباين المشترك من تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) المشروح هيكليًا
محاذاة (محاذاة)

cmcalibrate
احتواء ذيول الأسي لتحديد القيمة الإلكترونية لنموذج التغاير

com.cmconvert
تحويل ملفات نموذج التباين الجهنمي

سميميت
تسلسل العينة من نموذج التغاير

سمفيتش
استرداد نموذج (نماذج) التباين المشترك من ملف

com.cmpress
إعداد قاعدة بيانات نموذج التباين المشترك لـ cmscan

سمسكان
تسلسل (تسلسلات) البحث مقابل قاعدة بيانات نموذج التغاير

com.cmsearch
بحث في نموذج (نماذج) التباين مقابل قاعدة بيانات التسلسل

com.cmstat
إحصائيات موجزة لملف نموذج التغاير

الوصف

Infernal عبارة عن مجموعة من البرامج المتعددة لمحاذاة تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) الهيكلي وقاعدة البيانات
بحث التماثل. ويستخدم نماذج احتمالية تسمى "نماذج التغاير" (CMs).
تمثل المتماثلات التطورية المحتملة لمحاذاة متعددة (أو تسلسل واحد) لـ
عائلة تسلسل الحمض النووي الريبي الهيكلية.

جنبا إلى جنب مع قاعدة بيانات Rfam لعائلات الحمض النووي الريبي (RNA) وما يرتبط بها من CMs
(http://rfam.sanger.ac.uk) ، يمكن استخدام الجهنمي لتعليق المتماثلات الهيكلية المعروفة
عائلات الحمض النووي الريبي (RNA) في الجينومات.

يرتبط Infernal ارتباطًا وثيقًا بمجموعة برامج HMMER لتحليل عائلة التسلسل باستخدام
ملفات تعريف HMMs (http://hmmer.org)، ولكنه مصمم خصيصًا لتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) الهيكلي
العائلات. بالإضافة إلى نمذجة التسلسل المحفوظ للعائلة كما تفعل ملفات تعريف HMMs،
تمثل CMs البنية الثانوية المحفوظة والمتداخلة جيدًا (غير المزيفة) للعائلة على أنها
حسنًا. وبالتالي، فإن طرق البحث والمحاذاة CM حسابية نسبيًا
غالي. يستخدم Infernal ملف HMMs الشخصي كمرشحات ولاشتقاق القيود لإنشاء ملف
طرق CM أكثر عملية.

يتم استخدام Infernal في ثلاثة أوضاع رئيسية: البحث في قاعدة بيانات تسلسلية عن متماثلات جديدة لـ
عائلة الحمض النووي الريبي (أو إضافة تعليقات توضيحية إلى المتماثلات في الجينوم)؛ للبحث في قاعدة بيانات CM (مثل Rfam) للعثور عليها
ما هي العائلة المعروفة التي ينتمي إليها تسلسل الاستعلام؟ ولبناء كبير تلقائيًا
محاذاة متعددة (أي مع عدد غير محدود من التسلسلات) باستخدام CM
ممثل عائلة التسلسل.

لنفترض أن لديك محاذاة تسلسلية متعددة مشروحة هيكليًا لتسلسل RNA
عائلة الاهتمام، وتريد البحث في قاعدة بيانات التسلسل عن متماثلات إضافية.
• سمبيلد يبني البرنامج نموذج (نماذج) التغاير من محاذاة (محاذاة) متعددة و cmcalibrate
يحدد المعلمات الهامة لتقدير الأهمية الإحصائية لقاعدة البيانات
الزيارات إلى النموذج في عمليات البحث اللاحقة.

• com.cmsearch يبحث البرنامج في CM (s) مقابل قاعدة بيانات تسلسلية.

لنفترض أن لديك تسلسلًا (تسلسلات) تريد تحليلها باستخدام قاعدة بيانات CM المستندة إلى الجهنمية
مثل رفام (http://rfam.sanger.ac.uk). ال com.cmpress يقوم البرنامج بصياغة نموذج التغاير
(مثل الملف الذي ستقوم بتنزيله من Rfam) إلى قاعدة البيانات الثنائية الجهنمية. ال
سمسكان يبحث البرنامج عن تسلسل (تسلسلات) مقابل قاعدة البيانات تلك.

افترض أنك تريد محاذاة الكثير من التسلسلات. يمكنك بناء منزل صغير يمكن إدارته
المحاذاة الهيكلية لمجموعة تمثيلية من التسلسلات، قم ببناء CM باستخدام سمبناء ، و
استخدم ال سمالين برنامج لمحاذاة أي عدد من التسلسلات مع CM.

يتضمن Infernal أيضًا بعض الأدوات المساعدة للعمل مع قواعد بيانات CM الكبيرة. سمفيتش
جلب واحد أو أكثر من CM من قاعدة البيانات. com.cmstat طباعة إحصائيات ملخصة حول CM
ملف.

للتوافق مع الإصدارات السابقة من Infernal، وكذلك مع HMMER، تم استخدام com.cmconvert
يقوم البرنامج بتحويل ملفات CM إلى بعض التنسيقات الأخرى.

• سميميت يقوم البرنامج بإنشاء (يحاكي) تسلسلات "متجانسة" عن طريق أخذ عينات من CM. هو - هي
يمكن أيضًا إنشاء تسلسل "الإجماع".

كل برنامج له صفحته الخاصة.

استخدم الجهنمي عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net