libscane - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

libscan - عمليات البحث التشخيصية لعائلات البروتين.

موجز

libscan -الوضع قائمة -العطاء منطقية -هنيك منطقية -همم منطقية -سام منطقية -بسم منطقية
-سيج منطقية -ممبث سلسلة -hmmextn سلسلة -موطب سلسلة -مموتكستن سلسلة
-سامباث سلسلة -samextn سلسلة -سموتباث سلسلة -ساموتكستن سلسلة
-بسماث سلسلة -بسمكستن سلسلة -نيتر عدد صحيح -ثريش الطفو -ماكسشيت عدد صحيح
-pssmoutpath سلسلة -بسموتكستن سلسلة -gbvpath سلسلة -gbvextn سلسلة
-gbvgapo الطفو -gbvgape الطفو -gbvoutpath سلسلة -gbvoutextn سلسلة
-هنفباث سلسلة -هناكستن سلسلة -هنفجابو الطفو -هنفجاب الطفو -هنفوتباث سلسلة
-hnfoutextn سلسلة -sigpath سلسلة -سيغكستن سلسلة -المصطلح قائمة -الفرعية المصفوفة
-سيغابو الطفو -سيجيب الطفو -sigoutpath سلسلة -سيجوتكستن سلسلة -ديسيبل تسلسل
-سكوبف شرير

libscan -مساعدة

الوصف

libscan هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "البروتين: هيكل ثلاثي الأبعاد".

OPTIONS

-الوضع قائمة
يعمل libscan في أحد وضعين إما (XNUMX) وضع البحث في قاعدة البيانات أو (XNUMX) المكتبة
نمط الشاشة. في وضع البحث في قاعدة البيانات ، يقرأ libscan دليلًا واحدًا أو أكثر لكل منها
تحتوي على نوع واحد من العناصر التمييزية ، الأنواع المسموح بها قليلة
توقيع التسلسل ، ملف تعريف Gribskov ، ملف تعريف Henikoff أو نموذج Markov المخفي. في
وضع شاشة المكتبة ، يقرأ libscan مجموعة تسلسل ، ويراقب كل تسلسل مقابل
مكتبة (أدلة العناصر التمييزية) ويكتب ملف مسح ضوئي للمكتبة (من
العائلات الحاصلة على أعلى الدرجات) لكل واحد. القيمة الافتراضية: 2

-العطاء منطقية
القيمة الافتراضية: N

-هنيك منطقية
القيمة الافتراضية: N

-همم منطقية
القيمة الافتراضية: N

-سام منطقية
القيمة الافتراضية: N

-بسم منطقية
القيمة الافتراضية: ص

-سيج منطقية
القيمة الافتراضية: N

-ممبث سلسلة
القيمة الافتراضية: ./ ليب /

-hmmextn سلسلة
القيمة الافتراضية: .hmm

-موطب سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-مموتكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: .hmmout

-سامباث سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-samextn سلسلة
القيمة الافتراضية: mod

-سموتباث سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-ساموتكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: سموت

-بسماث سلسلة
القيمة الافتراضية: / data / هيكل / lib / pssm /

-بسمكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: chk

-نيتر عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 1

-ثريش الطفو
القيمة الافتراضية: 100

-ماكسشيت عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 1000

-pssmoutpath سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-بسموتكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: .pssmout

-gbvpath سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-gbvextn سلسلة
القيمة الافتراضية: grib

-gbvgapo الطفو
القيمة الافتراضية: 10.0

-gbvgape الطفو
القيمة الافتراضية: 0.5

-gbvoutpath سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-gbvoutextn سلسلة
القيمة الافتراضية: .gribout

-هنفباث سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-هناكستن سلسلة
القيمة الافتراضية:

-هنفجابو الطفو
القيمة الافتراضية: 10.0

-هنفجاب الطفو
القيمة الافتراضية: 0.5

-هنفوتباث سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-hnfoutextn سلسلة
القيمة الافتراضية:

-sigpath سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-سيغكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: .sig

-المصطلح قائمة
القيمة الافتراضية: 1

-الفرعية المصفوفة
القيمة الافتراضية: EBLOSUM62

-سيغابو الطفو
القيمة الافتراضية: 10.0

-سيجيب الطفو
القيمة الافتراضية: 0.5

-sigoutpath سلسلة
القيمة الافتراضية: ./

-سيجوتكستن سلسلة
القيمة الافتراضية: .sigout

-ديسيبل تسلسل
في وضع البحث في قاعدة البيانات ، يقوم libscan بمسح كل عنصر تمييزي مقابل تسلسل
تعيين. في وضع شاشة المكتبة ، يقرأ libscan مجموعة التسلسل وشاشات كل تسلسل
مقابل المكتبة (أدلة تمييز العناصر) القيمة الافتراضية: 49142.vdhf

-سكوبف شرير
في أي من الوضعين ، يكون "ملف تصنيف النطاق" مطلوبًا كمصدر للعائلة
بيانات التصنيف. يحتوي ملف تصنيف النطاق على التصنيف والبيانات الأخرى
للمجالات من قاعدة بيانات النطاق. الملف في شكل embl-like ويتم إنشاؤه
بواسطة scopparse. يمكن إضافة معلومات تسلسل المجال إلى الملف باستخدام scopseqs.
القيمة الافتراضية: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

استخدم libscane عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net