هذا هو الأمر linsi الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
mafft - برنامج محاذاة متعدد لتسلسلات الأحماض الأمينية أو النوكليوتيدات
موجز
مفتت [الخيارات] إدخال [> الناتج]
لينسي إدخال [> الناتج]
جينسي إدخال [> الناتج]
عينسي إدخال [> الناتج]
ftnsi إدخال [> الناتج]
ftns إدخال [> الناتج]
com.nwns إدخال [> الناتج]
نونسي إدخال [> الناتج]
ملف تعريف mafft group1 group2 [> الناتج]
إدخال, group1 و group2 يجب أن يكون بتنسيق FASTA.
الوصف
مافت هو برنامج محاذاة متعدد التسلسل لأنظمة تشغيل تشبه يونكس. فإنه يوفر
مجموعة من طرق المحاذاة المتعددة.
المنحى الدقة أساليب:
· L-INS-i (ربما الأكثر دقة ؛ موصى به لـ <200 سلسلة ؛ صقل تكراري
طريقة دمج معلومات المحاذاة الزوجية المحلية):
مفتت --localpair - مكثف 1000 إدخال [> الناتج]
لينسي إدخال [> الناتج]
· G-INS-i (مناسب لتتابعات ذات أطوال متشابهة ؛ موصى بها لأقل من 200 تسلسل ؛
أسلوب الصقل التكراري الذي يتضمن معلومات المحاذاة الزوجية العالمية):
مفتت - Globalpair - مكثف 1000 إدخال [> الناتج]
جينسي إدخال [> الناتج]
· E-INS-i (مناسب للتسلسلات التي تحتوي على مناطق كبيرة غير قابلة للتحاذي ؛ موصى به لـ
<200 تسلسل):
مفتت - س 0 --genafpair - مكثف 1000 إدخال [> الناتج]
عينسي إدخال [> الناتج]
بالنسبة إلى E-INS-i ، فإن ملف - س 0 يوصى بالخيار للسماح بفجوات كبيرة.
موجه السرعة أساليب:
· FFT-NS-i (طريقة الصقل التكراري ؛ دورتان فقط):
مفتت - إعادة 2 - مكثف 2 إدخال [> الناتج]
ftnsi إدخال [> الناتج]
· FFT-NS-i (طريقة الصقل التكراري ؛ 1000 تكرار بحد أقصى):
مفتت - إعادة 2 - مكثف 1000 إدخال [> الناتج]
· FFT-NS-2 (سريع ؛ طريقة تدريجية):
مفتت - إعادة 2 - مكثف 0 إدخال [> الناتج]
ftns إدخال [> الناتج]
· FFT-NS-1 (سريع جدًا ؛ موصى به لـ> 2000 تسلسل ؛ طريقة تقدمية مع تقريبية
شجرة الدليل):
مفتت - إعادة 1 - مكثف 0 إدخال [> الناتج]
· NW-NS-i (طريقة الصقل التكراري بدون تقريب FFT ؛ دورتان فقط):
مفتت - إعادة 2 - مكثف 2 --نوفت إدخال [> الناتج]
نونسي إدخال [> الناتج]
· NW-NS-2 (سريع ؛ طريقة تقدمية بدون تقريب FFT):
مفتت - إعادة 2 - مكثف 0 --نوفت إدخال [> الناتج]
com.nwns إدخال [> الناتج]
· NW-NS-PartTree-1 (موصى به لـ ~ 10,000،50,000 إلى ~ XNUMX،XNUMX تسلسل ؛ طريقة تقدمية
باستخدام خوارزمية PartTree):
مفتت - إعادة 1 - مكثف 0 --نوفت - parttree إدخال [> الناتج]
مجموعة إلى مجموعة المحاذاة
ملف تعريف mafft group1 group2 [> الناتج]
أو:
مفتت - مكثف 1000 --بذرة group1 --بذرة group2 / dev / null [> الناتج]
OPTIONS
خوارزمية
--تلقاءي
يختار تلقائيًا إستراتيجية مناسبة من L-INS-i و FFT-NS-i و FFT-NS-2 ،
حسب حجم البيانات. الافتراضي: إيقاف (دائمًا FFT-NS-2)
- 6 ميربير
يتم حساب المسافة بناءً على عدد 6 أمتار مشتركة. افتراضي في
- Globalpair
يتم حساب جميع المحاذاة الزوجية باستخدام خوارزمية Needleman-Wunsch. أكثر
دقيقة ولكن أبطأ من -6merpair. مناسبة لمجموعة من المحاذاة عالميًا
تسلسل. ينطبق على ما يصل إلى 200 تسلسل. مزيج مع مكسيترات 1000
موصى به (G-INS-i). الافتراضي: إيقاف التشغيل (يتم استخدام مسافة 6 مللي)
--localpair
يتم حساب جميع المحاذاة الزوجية باستخدام خوارزمية Smith-Waterman. أكثر دقة
ولكن أبطأ من -6 زواج. مناسب لمجموعة من التسلسلات القابلة للمحاذاة محليًا.
ينطبق على ما يصل إلى 200 تسلسل. الجمع مع ماكسيتريت 1000 هو
موصى به (L-INS-i). الافتراضي: إيقاف التشغيل (يتم استخدام مسافة 6 مللي)
--genafpair
يتم حساب جميع المحاذاة الزوجية باستخدام خوارزمية محلية مع التعميم
تكلفة الفجوة التبادلية (Altschul 1998). أكثر دقة ولكن أبطأ من -6 أزواج. متكافئ
عندما يتوقع وجود فجوات داخلية كبيرة. ينطبق على ما يصل إلى 200 تسلسل. أ
يوصى بالاشتراك مع --maxiterate 1000 (E-INS-i). الافتراضي: قبالة (6mer
المسافة المستخدمة)
- فاستابير
يتم حساب جميع المحاذاة الزوجية باستخدام FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA هو
مطلوب. الافتراضي: إيقاف التشغيل (يتم استخدام مسافة 6 مللي)
- الوزن عدد
عامل الترجيح لمصطلح الاتساق المحسوب من المحاذاة الزوجية. صالح
عندما يكون أي من - globalpair ، --localpair ، --genafpair ، --fastapair أو --blastpair هو
المحدد. الافتراضي: 2.7
- إعادة عدد
تم بناء شجرة الدليل عدد مرات في المرحلة التدريجية. صالح بمسافة 6 أمتار.
الافتراضي: 2
- مكثف عدد
عدد يتم تنفيذ دورات الصقل التكراري. الافتراضي: 0
- ffft
استخدم تقريب FFT في المحاذاة من مجموعة إلى مجموعة. افتراضي في
--نوفت
لا تستخدم تقريب FFT في المحاذاة من مجموعة إلى مجموعة. الافتراضي: إيقاف
--نوسكور
لا يتم التحقق من درجة المحاذاة في مرحلة الصقل التكراري. الافتراضي: إيقاف (النتيجة
مفحوص)
- memsave
استخدم خوارزمية Myers-Miller (1988). الافتراضي: يتم تشغيله تلقائيًا عندما يكون ملف
يتجاوز طول المحاذاة 10,000 (aa / nt).
- parttree
استخدم طريقة سريعة لبناء الأشجار (PartTree، Katoh and Toh 2007) بمسافة 6 أمتار.
يوصى بإدخال عدد كبير (> 10,000 ~) من التسلسلات. الافتراضي: إيقاف
--dpparttree
تُستخدم خوارزمية PartTree مع مسافات تعتمد على DP. قليلا أكثر دقة و
أبطأ من parttree. موصى به لعدد كبير (> ~ 10,000) من التسلسلات
إدخال. الافتراضي: إيقاف
- Fastaparttree
تُستخدم خوارزمية PartTree مع مسافات تستند إلى FASTA. أكثر دقة قليلاً
وأبطأ من parttree. موصى به لعدد كبير (> 10,000 ~) من التسلسلات
هي المدخلات. مطلوب FASTA. الافتراضي: إيقاف
- جزء عدد
عدد الأقسام في خوارزمية PartTree. الافتراضي: 50
--حجم المجموعة عدد
لا تجعل المحاذاة أكبر من عدد تسلسل. صالح فقط مع - * parttree
والخيارات. الافتراضي: عدد تسلسلات الإدخال
معامل
- فوق عدد
ركلة جزاء افتتاحية فجوة في محاذاة مجموعة إلى مجموعة. الافتراضي: 1.53
- س عدد
قيمة الإزاحة ، والتي تعمل مثل عقوبة تمديد الفجوة ، من أجل المحاذاة من مجموعة إلى مجموعة.
الافتراضي: 0.123
- هبوط عدد
ركلة جزاء فتح فجوة في المحاذاة الزوجية المحلية. صالح عندما --localpair أو
- تم تحديد خيار genafpair. الافتراضي: -2.00
--lep عدد
قيمة الإزاحة عند المحاذاة الزوجية المحلية. صالح عند --localpair أو --genafpair
تم تحديد الخيار. الافتراضي: 0.1
--lexp عدد
عقوبة تمديد الفجوة في المحاذاة الزوجية المحلية. صالح عندما --localpair أو
- تم تحديد خيار genafpair. الافتراضي: -0.1
--لوب عدد
فتحة الجزاء لتخطي المحاذاة. صالح عندما يكون الخيار --genafpair هو
المحدد. الافتراضي: -6.00
- ليكسب عدد
عقوبة تمديد الفجوة لتخطي المحاذاة. صالح عندما يكون الخيار --genafpair هو
المحدد. الافتراضي: 0.00
--bl عدد
زهرة عدد تم استخدام المصفوفة (Henikoff and Henikoff 1992). عدد= 30 أو 45 أو 62 أو 80.
الافتراضي: 62
--jtt عدد
JTT بام عدد (جونز وآخرون 1992) المصفوفة مستخدمة. عدد> 0. الافتراضي: BLOSUM62
- TM عدد
ترانسيمبرين بام عدد (جونز وآخرون 1994) المصفوفة مستخدمة. عدد> 0. تقصير:
زهرة 62
--عماتريكس ملف المصفوفة
استخدم مصفوفة تسجيل AA يحددها المستخدم. شكل ملف المصفوفة هو نفسه في
انفجار. يتم تجاهله عند إدخال تسلسلات النيوكليوتيدات. الافتراضي: BLOSUM62
--fmodel
دمج معلومات تكوين AA / nuc في مصفوفة التسجيل. الافتراضي: إيقاف
الناتج
- كلوستالوت
تنسيق الإخراج: تنسيق العنقودي. الافتراضي: إيقاف (تنسيق فاستا)
- مدخلات
ترتيب الإخراج: نفس الإدخال. افتراضي في
- إعادة ترتيب
ترتيب الإخراج: المحاذاة. الافتراضي: متوقف (إدخال)
- الشفاء
يتم إخراج شجرة الدليل إلى ملف إدخالملف .tree. الافتراضي: إيقاف
--هادئ
لا تبلغ عن التقدم. الافتراضي: إيقاف
إدخال
- نو
افترض أن التسلسلات عبارة عن نيوكليوتيدات. الافتراضي: auto
--امينو
افترض أن التسلسلات عبارة عن حمض أميني. الافتراضي: auto
--بذرة محاذاة 1 [--بذرة محاذاة 2 --بذرة محاذاة 3 ...]
محاذاة البذور الواردة في محاذاة_ (تنسيق fasta) تتماشى مع التسلسلات بتنسيق
إدخال. يتم الحفاظ على المحاذاة داخل كل بذرة.
استخدم linsi عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
