miniasm - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

miniasm - de novo المجمع لتسلسلات قراءة طويلة

موجز

التصغير [-ب12 فولت] [-m مين ماتش] [-i مين] [-s مينسبان] [-c مينكوف] [-o minOvlp] [-h
ماكسهانج] [-I intThres] [-g maxGap الفرق] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f إقرا الملف] [-n
n جولات] [-r معدل الإسقاط] [-F المعدل النهائي] [-p الإخراج] mapping.paf > الإخراج. gfa

الوصف

Miniasm عبارة عن أداة تجميع de novo سريعة جدًا تعتمد على OLC لقراءات طويلة صاخبة. يستغرق كل شيء مقابل-
جميع التعيينات الذاتية قراءة بتنسيق PAF كمدخلات ومخرجات رسم بياني تجميعي في GFA
شكل. تختلف miniasm عن المجمعات السائدة ، ليس لديها خطوة إجماع. هو - هي
يربط ببساطة أجزاء من متواليات القراءة لتوليد تسلسلات الوحدة النهائية. هكذا
معدل الخطأ لكل قاعدة مشابه لقراءات المدخلات الأولية.

OPTIONS

الاختيار الأولي الخيارات
-m INT إسقاط التعيينات التي تحتوي على أقل من INT قواعد المطابقة (عمود 10 في PAF) [100]. هذا
الخيار له نفس الدور مثل -L من الخريطة المصغرة.

-s INT إسقاط التعيينات أقصر من INT-bp [1000]. يؤثر هذا الخيار أيضًا على الخيار الثاني
جولة تصفية القراءة والحد الأدنى من طول التداخل.

-i تطفو أثناء تصفية القراءة ، تجاهل التعيينات مع col10 / col11 أدناه تطفو [0.05].
لا تزال التعيينات التي تم تجاهلها مستخدمة لقراءة التداخلات.

-c INT الحد الأدنى من التغطية بقراءات أخرى [3]. في الجولة الأولى من التصفية ، miniasm
يجد أطول منطقة يغطيها INT أو قراءات أكثر. في الجولة الثانية ، عليه
بالإضافة إلى ذلك يتطلب تغطية كل قاعدة متبقية INT قواعد على الأقل
مينسبان/ 2 من نهايات القراءات الأخرى.

تداخل الخيارات
-o INT الحد الأدنى لطول التداخل [نفس مينسبان]

-h INT الحد الأقصى لطول البروز [1000]. المتراكمة هي منطقة غير محددة يجب أن تكون
تعيين تداخل حقيقي أو احتواء حقيقي. إذا كانت المتراكمة طويلة جدًا ،
يعتبر التعيين مطابقة داخلية وسيتم تجاهله.

-I تطفو الحد الأدنى لنسبة طول التعيين إلى التعيين + الطول المتدلي لرسم الخرائط
تعتبر احتواء أو تداخل [0.8]. هذا الخيار له دور مماثل لـ
-h، إلا أنه يتحكم في النسبة وليس الطول.

رسم بياني نسق الخيارات
-g INT فرق الفجوة القصوى بين قراءتين في رسم الخرائط [1000]. هذه المعلمة
تستخدم فقط للحد المتعدي.

-d INT أقصى مسافة فحص لفرقعة الفقاعة [50000]. فقاعات أطول من INT
لن يتم تفرقع.

-e INT تعتبر الوحدة صغيرة إذا كانت تتكون من أقل من INT يقرأ [4].
قد يحاول Miniasm إزالة الوحدات الصغيرة في خطوات مختلفة.

-f FILE قراءة ملف التسلسل بتنسيق FASTA أو FASTQ لتوليد تسلسلات unitig
[باطل]. إذا لم يكن هذا الخيار موجودًا ، فإن miniasm ينتج عنه ناتج GFA بدون
متواليات.

-r FLOAT1 ، [FLOAT2]
الحد الأقصى ونسبة الحد الأدنى من التداخل المتداخل [0.7,0.5،XNUMX]. دع التداخل (v-> w) يكون التداخل
طول الحافة v-> w و maxovlp (v) = max_w {التداخل (v-> w)} يكون طول أكبر
تداخل. تتداخل قطرات Miniasm v-> w إذا كان التداخل (v-> w) / maxovlp (v) أقل من a
العتبة التي يتحكم فيها هذا الخيار. ينطبق Miniasm n جولات جولات قصيرة
إزالة التداخل مع عتبة متزايدة بين تعويم1 و تعويم2.

-n INT جولات إزالة التداخل القصير [3].

-F تطفو عتبة نسبة انخفاض التداخل بعد إزالة الوحدة القصيرة [0.8]

منوع الخيارات
-b أشر إلى أنه في الإدخال ، من المحتمل أن يتم تقديم نفس التعيين مرتين

-1 تخطي الجولة الأولى من تحديد قراءة التجميع المسبق

-2 تخطي الجولة الثانية من تحديد قراءة التجميع المسبق

-p STR معلومات الإخراج والشكل [ug]. ممكن STR تشمل القيم - السرير: بريد-
مناطق القراءة المفلترة بتنسيق BED ؛ انطلق: التعيينات بين بعد التصفية
يقرأ. sg: قراءة الرسم البياني المتداخل بتنسيق GFA ؛ ug: الرسم البياني unitig في GFA
تنسيق.

-V طباعة رقم النسخة على stdout

INPUT FORMAT

يقرأ Miniasm مواضع التعيين في تنسيق mApping الزوجي (PAF) ، وهو علامة تبويب-
تنسيق نص محدد مع كل سطر يتكون من 12 حقلاً على الأقل كما هو موضح في
الجدول التالي:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│مع │ النوع │ الوصف │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ سلسلة اسم تسلسل الاستعلام │
│ 2 │ int طول تسلسل الاستعلام │
│ 3 │ int │ بدء تنسيق الاستعلام (على أساس 0) │
│ 4 │ int │ تنسيق نهاية الاستعلام (على أساس 0) │
│ 5 char │ `+ 'إذا كان الاستعلام والهدف على نفس الخيط ؛ "- 'إذا كان العكس │
│ 6 │ سلسلة اسم تسلسل الهدف │
│ 7 │ int طول التسلسل المستهدف │
│ 8 │ int │ الهدف تنسيق البدء على الخيط الأصلي │
│ 9 │ int │ تنسيق النهاية المستهدفة على الشريط الأصلي │
│ 10 │ int عدد قواعد المطابقة في التعيين │
│ 11 │ int قواعد الأرقام ، بما في ذلك الفجوات ، في التعيين │
│ 12 │ int │ تعيين الجودة (0-255 مع 255 للمفقودين) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

يرجى الاطلاع على مصغره(1) للحصول على وصف تفصيلي لكل حقل.

OUTPUT FORMAT

ينتج Miniasm التجميع في تنسيق تجميع الأجزاء الرسومية (GFA). إنها
تنسيق محدد بعلامة تبويب يستند إلى سطر ، حيث يشير الحرف الأول إلى نوع السطر.
يوضح الجدول التالي أنواع الخطوط التي يستخدمها miniasm:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│خط │ الرسالة │ ثابت الحقول │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ Header │ N / A
│ S Segment SegName segSeq
│ L │ التداخل │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlp CIGAR │
│ a │ المسار الذهبي │ utgName utgStart readName: قراءة البداية والنهاية
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

استخدم miniasm عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net