এটি হল bp_papplmaker.plp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
papplmaker.PLS - বিশ্লেষণ টুল মডিউল জেনারেটর
সাইনোপিসিস
#কিছু সাহায্য পান
papplmaker.PLS -h
# প্রোগ্রাম 'seqret' এর জন্য মডিউল তৈরি করুন
papplmaker.PLS -n edit.seqret
# একইভাবে, কিন্তু 'seqret' কোথায় পাওয়া যাবে তা উল্লেখ করুন
papplmaker.PLS -n সম্পাদনা::seqret
-l http://localhost:8080/অক্ষ/পরিষেবা
# একইভাবে, কিন্তু 'seqret'-এ একটি অ-ডিফল্ট অ্যাক্সেস পদ্ধতি নির্দিষ্ট করুন
papplmaker.PLS -n সম্পাদনা::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- একটি কোরবা
# সমস্ত উপলব্ধ বিশ্লেষণের জন্য মডিউল তৈরি করুন
# (ডিফল্ট অবস্থান এবং ডিফল্ট অ্যাক্সেস পদ্ধতি ব্যবহার করে)
papplmaker.PLS
# জেনারেট করবেন না কিন্তু দেখুন কি জেনারেট হবে
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S
# বিশ্লেষণের জন্য মডিউল তৈরি করুন 'সম্পাদনা:: seqret'
# তবে এটির নাম 'মাইসেক্রেট'
papplmaker.PLS -n সম্পাদনা::seqret -m MySeqret
# ...এবং এটি ব্যবহার করুন
MySeqret ব্যবহার করুন;
নতুন MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt') প্রিন্ট করুন
->ওসফরম্যাট ('ইম্বল')
->অপেক্ষা করুন
->outseq;
# একইভাবে কিন্তু ফলাফলটি '/tmp/my' ডিরেক্টরিতে রাখুন
# (ডিরেক্টরিগুলির অস্তিত্বের প্রয়োজন নেই)
papplmaker.PLS -n সম্পাদনা::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/
# সমস্ত বিশ্লেষণের জন্য মডিউল তৈরি করুন যার নাম
#টি মিল রেগুলার এক্সপ্রেশন দেওয়া হয়েছে (কেস সংবেদনশীল)
papplmaker.PLS -r 'সম্পাদনা'
# একইভাবে, কিন্তু আপনার নিজের নামের সাথে নাম তৈরি করা মডিউল
# (papplmaker.PLS আপনার নামের বিকল্প অংশগুলিকে অনুমতি দেওয়া)
papplmaker.PLS -r 'সম্পাদনা' -m 'My_$ANALYSIS'
বর্ণনাঃ
মডিউল "বায়ো:: টুলস:: রান:: অ্যানালাইসিস" স্থানীয় এবং দূরবর্তী বিশ্লেষণে অ্যাক্সেস প্রদান করে
একীভূত উপায়ে সরঞ্জাম ("বায়ো::বিশ্লেষণআই"-এ সংজ্ঞায়িত)। মডিউল সাধারণ পদ্ধতি ব্যবহার করে
নির্বিচারে ইনপুট ডেটা সেট করতে এবং তাদের নামকরণ করে ফলাফল পুনরুদ্ধার করার অনুমতি দেয়। যাহোক,
কখনও কখনও একটি বিশ্লেষণ টুল প্রতিনিধিত্ব করে একটি নির্দিষ্ট মডিউল ব্যবহার করা আরও সুবিধাজনক,
যে ইতিমধ্যে উপলব্ধ ইনপুট এবং ফলাফলের নাম সম্পর্কে জানে৷
জেনারেটর "papplmaker.PLS" এই ধরনের ডেডিকেটেড মডিউল তৈরি করে।
"papplmaker.PLS" সাধারণ মডিউলের মতো একই অ্যাক্সেস পদ্ধতি ব্যবহার করে - যার মানে হল
প্যারামিটার "অ্যাক্সেস" এর উপর নির্ভর করে এটি SOAP, CORBA বা অন্য কোন (সমর্থিত) ব্যবহার করতে পারে
প্রোটোকল, অথবা এটি স্থানীয় বিশ্লেষণ অ্যাক্সেস করতে পারে (যেখানে একই মেশিনে উপলব্ধ
"papplmaker.PLS" আহ্বান করা হয়)।
"papplmaker.PLS" তার কাজটি হয় একটি নামযুক্ত বিশ্লেষণের জন্য করে ("-n" বিকল্প দ্বারা নির্দিষ্ট করা হয়েছে,
অথবা বিশ্লেষণগুলি কী তা খুঁজে বের করার জন্য এটি "বায়ো:: টুলস:: রান:: অ্যানালাইসিস ফ্যাক্টরি" মডিউল ব্যবহার করে
উপলব্ধ, এবং প্রদত্ত রেগুলার এক্সপ্রেশনের সাথে মিলে তাদের সংখ্যা সীমিত করতে পারে
"-r" বিকল্পটি।
উত্পন্ন মডিউল বা মডিউলগুলিকে ডিফল্টভাবে নামকরণ করা হয়
অনুরূপ বিশ্লেষণ, কিন্তু এটি "-m" বিকল্প দ্বারা পরিবর্তন করা যেতে পারে যা আসলে a
টেমপ্লেট যেখানে নিম্নলিখিত স্ট্রিংগুলি স্বীকৃত এবং প্রতিস্থাপিত হয়:
$ANALYSIS বা ${ANALYSIS}
বিশ্লেষণের নাম দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে।
$CATEGORY বা ${CATEGORY}
বিশ্লেষণটি যে বিভাগের অন্তর্গত সেই বিভাগের নামের দ্বারা প্রতিস্থাপিত হবে।
$SERVICE বা ${SERVICE}
পরিষেবার পুরো নাম দ্বারা প্রতিস্থাপিত হবে (যা সাধারণত একটি সংমিশ্রণ হয়৷
একটি বিভাগ এবং একটি বিশ্লেষণের নাম, এবং এটি একটি ডিফল্ট মডিউল নাম হিসাবেও ব্যবহৃত হয়, btw)।
"পরিষেবা" এবং "বিশ্লেষণ" এর মধ্যে পার্থক্য কী এবং "বিভাগ" এর অর্থ কী?
কখনও কখনও এই পদগুলি বিভ্রান্তিকর হতে পারে কারণ তাদের অর্থ সামান্য ভিন্ন জিনিস হতে পারে
তাদের সাথে যোগাযোগ করতে ব্যবহৃত অ্যাক্সেস পদ্ধতির উপর নির্ভর করে। সাধারণত, একটি "বিশ্লেষণ" হয়
একটি প্রোগ্রাম (একটি অ্যাপ্লিকেশন, একটি টুল) কোথাও চলছে, কিন্তু কখনও কখনও একটি স্থানীয় মেশিনে। একটি
একটি বিশ্লেষণের উদাহরণ হল "seqret" (EMBOSS প্যাকেজ থেকে)। বিশ্লেষণ গোষ্ঠীবদ্ধ করা যেতে পারে
তাদের ফাংশন অনুসারে বা ডেটার প্রকারের দ্বারা তারা মোকাবেলা করে (তবে কখনও কখনও সেখানে
মোটেই কোনো বিভাগ নয়)। প্রতিটি বিশ্লেষণ একটি উচ্চ স্তর ব্যবহার করে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে
বিমূর্ততা, একটি "পরিষেবা"। একটি পরিষেবা সাধারণত একটি প্রোটোকল-নির্ভর র্যাপার, যেমন একটি ওয়েব
পরিষেবা, বা একটি CORBA পরিষেবা৷ উদাহরণস্বরূপ একটি "সম্পাদনা:: seqret" পরিষেবা রয়েছে যা
"সম্পাদনা" বিভাগে বিশ্লেষণ "seqret" উপস্থাপন করে।
প্রতিক্রিয়া
মেইলিং পাখি
ব্যবহারকারীর প্রতিক্রিয়া এই এবং অন্যান্য Bioperl মডিউলগুলির বিবর্তনের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ। পাঠান
আপনার মন্তব্য এবং পরামর্শ বায়োপারল মেইলিং লিস্টে। আপনার অংশগ্রহণ
অনেক প্রশংসা করা হয়
[ইমেল সুরক্ষিত] - সাধারণ আলোচনা
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - মেইলিং তালিকা সম্পর্কে
প্রতিবেদন বাগ
বায়োপারল বাগ ট্র্যাকিং সিস্টেমে বাগ রিপোর্ট করুন আমাদের বাগ এবং তাদের ট্র্যাক রাখতে সাহায্য করতে
রেজোলিউশন বাগ রিপোর্টগুলি ওয়েবের মাধ্যমে জমা দেওয়া যেতে পারে:
http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_papplmaker.plp ব্যবহার করুন
