এটি হল cdhit-454 কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
cd-hit-454 - দ্রুত গ্রুপ সিকোয়েন্স, 454 ডেটার জন্য অপ্টিমাইজ করা
সাইনোপিসিস
cdhit-454 [অপশন সমূহ]
বর্ণনাঃ
====== CD-HIT সংস্করণ 4.6 (23 জানুয়ারী 2016-এ নির্মিত) ======
অপশন সমূহ
-i ফাস্টা ফরম্যাটে ইনপুট ফাইলের নাম, প্রয়োজনীয়
-o আউটপুট ফাইলের নাম, প্রয়োজনীয়
-c সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি থ্রেশহোল্ড, ডিফল্ট 0.98 এটি একটি "গ্লোবাল সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি"
হিসাবে গণনা করা হয়: পূর্ণ দ্বারা বিভক্ত প্রান্তিককরণে অভিন্ন অ্যামিনো অ্যাসিডের সংখ্যা
ছোট অনুক্রমের দৈর্ঘ্য + ফাঁক
-b প্রান্তিককরণের ব্যান্ড_প্রস্থ, ডিফল্ট 10
-M প্রোগ্রামের জন্য মেমরি সীমা (এমবিতে), ডিফল্ট 800; সীমাহীন জন্য 0;
-T থ্রেড সংখ্যা, ডিফল্ট 1; 0 সহ, সমস্ত CPU ব্যবহার করা হবে
-n word_length, ডিফল্ট 10, এটি বেছে নেওয়ার জন্য ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা দেখুন
-আল দীর্ঘ অনুক্রমের জন্য প্রান্তিককরণ কভারেজ, ডিফল্ট 0.0 যদি 0.9 এ সেট করা হয়,
প্রান্তিককরণ অবশ্যই ক্রমটির 90% কভার করবে
-াল দীর্ঘ অনুক্রমের জন্য সারিবদ্ধ কভারেজ নিয়ন্ত্রণ, ডিফল্ট 99999999 যদি 60 এ সেট করা হয়,
এবং অনুক্রমের দৈর্ঘ্য 400, তারপর প্রান্তিককরণটি হতে হবে >= 340 (400-60)
অবশিষ্টাংশ
-এএস সংক্ষিপ্ত অনুক্রমের জন্য প্রান্তিককরণ কভারেজ, ডিফল্ট 0.0 যদি 0.9 এ সেট করা হয়,
প্রান্তিককরণ অবশ্যই ক্রমটির 90% কভার করবে
-এএস সংক্ষিপ্ত অনুক্রমের জন্য প্রান্তিককরণ কভারেজ নিয়ন্ত্রণ, ডিফল্ট 99999999 যদি 60 এ সেট করা হয়,
এবং অনুক্রমের দৈর্ঘ্য 400, তারপর প্রান্তিককরণটি হতে হবে >= 340 (400-60)
অবশিষ্টাংশ
-B 1 বা 0, ডিফল্ট 0, ডিফল্টরূপে, সিকোয়েন্সগুলি RAM এ সংরক্ষণ করা হয় যদি 1, ক্রম সেট করা হয়
হার্ড ড্রাইভে সংরক্ষণ করা হয় এটি ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয় -B বিশাল ডাটাবেসের জন্য 1
-g 1 বা 0, ডিফল্ট 0 সিডি-হিটের ডিফল্ট অ্যালগরিদম দ্বারা, একটি অনুক্রমের সাথে ক্লাস্টার করা হয়
প্রথম ক্লাস্টার যা থ্রেশহোল্ড পূরণ করে (দ্রুত ক্লাস্টার)। 1 এ সেট করা হলে, প্রোগ্রামটি হবে
এটিকে সবচেয়ে অনুরূপ ক্লাস্টারে ক্লাস্টার করুন যা থ্রেশহোল্ড পূরণ করে (সঠিক কিন্তু ধীর
মোড) কিন্তু হয় 1 বা 0 চূড়ান্ত ক্লাস্টারের প্রতিনিধিদের পরিবর্তন করবে না
-D ইনডেল প্রতি সর্বোচ্চ আকার, ডিফল্ট 1
-ম্যাচ ম্যাচিং স্কোর, ডিফল্ট 2
-অমিল
অমিল স্কোর, ডিফল্ট -1
- ফাঁক ফাঁক খোলার স্কোর, ডিফল্ট -3
- ফাঁক-এক্সট
গ্যাপ এক্সটেনশন স্কোর, ডিফল্ট -1
-বাক ব্যাকআপ ক্লাস্টার ফাইল লিখুন (1 বা 0, ডিফল্ট 0)
-h এই সাহায্য মুদ্রণ
প্রশ্ন, বাগ, যোগাযোগ করুন Weizhong Li-এ [ইমেল সুরক্ষিত]
আপনি যদি সিডি-হিট দরকারী খুঁজে পান, অনুগ্রহ করে উদ্ধৃত করুন:
"বড় প্রোটিনের আকার কমাতে অত্যন্ত সমজাতীয় ক্রমগুলির ক্লাস্টারিং
ডাটাবেস", ওয়েইজং লি, লুকাস জারোসজেউস্কি এবং অ্যাডাম গডজিক। বায়োইনফরমেটিক্স, (2001)
17:282-283 "সিডি-হিট: বড় সেটের ক্লাস্টারিং এবং তুলনা করার জন্য একটি দ্রুত প্রোগ্রাম
প্রোটিন বা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স", ওয়েইজং লি এবং অ্যাডাম গডজিক। বায়োইনফরমেটিক্স, (2006)
22:1658-1659 "বেইফাং নিউ, লিমিন ফু, শুলেই সান এবং ওয়েইঝং লি। কৃত্রিম এবং
পাইরোসেকোয়েন্সিং-এ প্রাকৃতিক নকল মেটাজেনমিক ডেটা পড়ে। বিএমসি বায়োইনফরমেটিক্স
(2010) 11am
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cdhit-454 ব্যবহার করুন
