এটি হল কমান্ড clustalw যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
clustalw - নিউক্লিক অ্যাসিড এবং প্রোটিন সিকোয়েন্সের একাধিক প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
ক্লাসাল [-ইনফাইল] file.ext [বিকল্প]
ক্লাসাল [-হেল্প | -পূর্ণ সাহায্য]
বর্ণনাঃ
Clustal W হল DNA বা প্রোটিনের জন্য একটি সাধারণ উদ্দেশ্য মাল্টিপল অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম।
প্রোগ্রামটি অনেক নিউক্লিওটাইড বা অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্সের একযোগে সারিবদ্ধকরণ করে। এটা
সাধারণত ইন্টারেক্টিভভাবে চালানো হয়, একটি মেনু এবং একটি অনলাইন সহায়তা প্রদান করে। আপনি যদি ব্যবহার করতে পছন্দ করেন
এটি কমান্ড-লাইন (ব্যাচ) মোডে, আপনাকে বেশ কয়েকটি বিকল্প দিতে হবে, সর্বনিম্ন হচ্ছে
-ইনফাইল.
বিকল্প
তথ্য (ক্রম)
-ইনফাইল=file.ext
ইনপুট ক্রম.
-প্রোফাইল1=file.ext এবং -প্রোফাইল2=file.ext
প্রোফাইল (পুরানো প্রান্তিককরণ)
VERBS (কর জিনিস)
-পশনস
কমান্ড লাইন পরামিতি তালিকা.
-হেল্প or -চেক
কমান্ড লাইন প্যারামের রূপরেখা।
-পূর্ণ সাহায্য
আউটপুট সম্পূর্ণ সাহায্য সামগ্রী.
-সারিবদ্ধ করা
সম্পূর্ণ একাধিক প্রান্তিককরণ করুন।
-ট্রি
NJ গাছ গণনা করুন।
-পিম
আউটপুট শতাংশ পরিচয় ম্যাট্রিক্স (গাছ গণনা করার সময়)।
-বুটস্ট্র্যাপ=n
একটি NJ গাছ বুটস্ট্র্যাপ (n= বুটস্ট্র্যাপের সংখ্যা; def = 1000)।
- রূপান্তর
একটি ভিন্ন ফাইল বিন্যাসে ইনপুট ক্রম আউটপুট.
প্যারামিটার (সেট জিনিস)
সাধারণ সেটিংস:
- ইন্টারেক্টিভ
কমান্ড লাইন পড়ুন, তারপর স্বাভাবিক ইন্টারেক্টিভ মেনু লিখুন।
-দ্রুত গাছ
অ্যালাইনমেন্ট গাইড ট্রির জন্য FAST অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন।
-টাইপ=
প্রোটিন or ডিএনএ ক্রম।
-নেতিবাচক
ম্যাট্রিক্সে নেতিবাচক মান সহ প্রোটিন প্রান্তিককরণ।
-আউটফাইল=
ক্রম প্রান্তিককরণ ফাইলের নাম।
-আউটপুট=
GCG, জিডিই, ফিলিপ, পীর or নেক্সাস.
-আউটপুট অর্ডার =
ইনপুট or সারিবদ্ধ
-ক্যাস
কম or বড় হাতের (শুধুমাত্র GDE আউটপুটের জন্য)।
-সেকনোস=
বন্ধ or ON (শুধুমাত্র ক্লাসাল আউটপুটের জন্য)।
-seqnos_range=
বন্ধ or ON (নতুন: সমস্ত আউটপুট ফর্ম্যাটের জন্য)।
-পরিসীমা=m,n
ক্রম পরিসীমা লিখতে শুরু করুন m থেকে m+n.
-maxseqlen=n
সর্বাধিক অনুমোদিত ইনপুট ক্রম দৈর্ঘ্য।
- শান্ত
সর্বনিম্ন কনসোল আউটপুট হ্রাস.
-পরিসংখ্যান=ফাইল
কিছু প্রান্তিককরণ পরিসংখ্যান লগ করুন ফাইল.
দ্রুত পেয়ারওয়াইজ প্রান্তিককরণ:
-ktuple=n
শব্দ আকার।
-topdiags=n
সেরা ডায়াগের সংখ্যা।
-উইন্ডো=n
সেরা ডায়াগগুলির চারপাশে উইন্ডো৷
-পেয়ারগ্যাপ=n
গ্যাপ পেনাল্টি।
-স্কোর
শতাংশ or পরম.
ধীর পেয়ারওয়াইজ প্রান্তিককরণ:
-pwmatrix=
: প্রোটিন ওজন ম্যাট্রিক্স =ব্লুসম, পিএএম, গননেট, ID or ফাইলের নাম
-pwdnamatrix=
ডিএনএ ওজন ম্যাট্রিক্স =ব্লুসমআইইউবি, ব্লুসমCLUSTALW বা ব্লুসমফাইলের নাম।
-pwgapopen=f
গ্যাপ ওপেনিং পেনাল্টি।
-pwgapext=f
গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি।
বহু প্রান্তিককরণ:
-নতুন গাছ =
নতুন গাইড গাছের জন্য ফাইল।
-ব্যবহারকারী=
পুরানো গাইড গাছের জন্য ফাইল।
-ম্যাট্রিক্স=
প্রোটিন ওজন ম্যাট্রিক্স =ব্লুসম, পিএএম, গননেট, ID or ফাইলের নাম.
-dnamatrix=
ডিএনএ ওজন ম্যাট্রিক্স =আইইউবি, CLUSTALW or ফাইলের নাম.
-গপোপেন=f
গ্যাপ ওপেনিং পেনাল্টি।
-gapext=f
গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি।
-এনগাপস
কোন শেষ ফাঁক বিচ্ছেদ কলম.
-গ্যাপডিস্ট=n
ফাঁক বিচ্ছেদ কলম. পরিসীমা
-নোগাপ
অবশিষ্টাংশ-নির্দিষ্ট ফাঁক বন্ধ.
-নোহগ্যাপ
হাইড্রোফিলিক ফাঁক বন্ধ.
-hgapresidues=
হাইড্রোফিলিক রেস তালিকা.
-maxdiv=n
বিলম্বের জন্য শতাংশের পরিচয়।
-টাইপ=
প্রোটিন or ডিএনএ
-ট্রান্সওয়েট =f
ট্রানজিশন ওয়েটিং।
-পুনরাবৃত্তি=
কিছুই না or বৃক্ষ or শ্রেণীবিন্যাস.
-সংখ্যা =n
সঞ্চালনের জন্য সর্বাধিক সংখ্যক পুনরাবৃত্তি।
প্রোফাইল প্রান্তিককরণ:
-প্রোফাইল
প্রোফাইল প্রান্তিককরণ দ্বারা দুটি প্রান্তিককরণ একত্রিত করুন।
-নতুন গাছ1=
প্রোফাইল1 এর জন্য নতুন গাইড ট্রির জন্য ফাইল।
-নতুন গাছ2=
প্রোফাইল2 এর জন্য নতুন গাইড ট্রির জন্য ফাইল।
-ustree1=
প্রোফাইল1 এর জন্য পুরানো গাইড গাছের জন্য ফাইল।
-ustree2=
প্রোফাইল2 এর জন্য পুরানো গাইড গাছের জন্য ফাইল।
ক্রম থেকে প্রোফাইল প্রান্তিককরণ:
- ক্রম
ক্রমানুসারে profile2 এলাইনমেন্টে profile1 সিকোয়েন্স যোগ করুন।
-নতুন গাছ =
নতুন গাইড গাছের জন্য ফাইল।
-ব্যবহারকারী=
পুরানো গাইড গাছের জন্য ফাইল।
গঠন প্রান্তিককরণ:
-nosecstr1
প্রোফাইল 1 এর জন্য সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার-গ্যাপ পেনাল্টি মাস্ক ব্যবহার করবেন না।
-nosecstr2
প্রোফাইল 2 এর জন্য সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার-গ্যাপ পেনাল্টি মাস্ক ব্যবহার করবেন না।
-secstrout=গঠন or মাস্ক or উভয় or কিছুই না
প্রান্তিককরণ ফাইলে আউটপুট।
-হেলিক্সগ্যাপ=n
হেলিক্স কোর অবশিষ্টাংশের জন্য গ্যাপ পেনাল্টি।
-স্ট্র্যান্ডগ্যাপ=n
স্ট্র্যান্ড কোর অবশিষ্টাংশ জন্য ফাঁক জরিমানা.
loopgap=n
লুপ অঞ্চলের জন্য গ্যাপ পেনাল্টি।
-টার্মিনালগ্যাপ=n
স্ট্রাকচার টার্মিনির জন্য গ্যাপ পেনাল্টি।
-হেলিক্সেন্ডিন =n
টার্মিনাল হিসাবে গণ্য করা হেলিক্সের ভিতরে অবশিষ্টাংশের সংখ্যা।
-হেলিক্সেন্ডআউট=n
টার্মিনাল হিসাবে গণ্য করা হেলিক্সের বাইরে অবশিষ্টাংশের সংখ্যা।
-স্ট্র্যান্ডেন্ডিন=n
টার্মিনাল হিসাবে বিবেচনা করা স্ট্র্যান্ডের ভিতরে অবশিষ্টাংশের সংখ্যা।
-strandendout=n
স্ট্র্যান্ডের বাইরের অবশিষ্টাংশের সংখ্যা টার্মিনাল হিসাবে গণ্য করা হবে।
গাছগুলি:
-আউটপুটট্রি =nj OR ফিলিপ OR Dist OR বন্ধন
-বীজ=n
বুটস্ট্র্যাপের জন্য বীজ সংখ্যা।
-কিমুরা
কিমুরার সংশোধন ব্যবহার করুন।
- টসগ্যাপস
ফাঁক সহ অবস্থান উপেক্ষা করুন.
-বুটলেবেল=নোড
গাছ প্রদর্শনে বুটস্ট্র্যাপ মানগুলির অবস্থান।
- ক্লাস্টারিং =
এনজে বা ইউপিজিএমএ।
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে clustalw ব্যবহার করুন
