cmcalibrate - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

cmcalibrate - কোভেরিয়েন্স মডেল ই-মান নির্ধারণের জন্য সূচকীয় লেজ ফিট করুন

সাইনোপিসিস

সেমি ক্যালিব্রেট [বিকল্প] cmfile

বর্ণনাঃ

সেমি ক্যালিব্রেট উৎপন্ন করে ই-মান নির্ধারণের জন্য সূচকীয় টেল প্যারামিটার নির্ধারণ করে
এলোমেলো সিকোয়েন্স, সিএম-এর সাথে সেগুলি অনুসন্ধান করা এবং ফলাফলের স্কোর সংগ্রহ করা
আঘাত. হিটগুলির বিট স্কোরের একটি হিস্টোগ্রাম একটি সূচকীয় লেজের সাথে মানানসই, এবং
লাগানো লেজের প্যারামিটারগুলি সিএম ফাইলে সংরক্ষিত হয়। সূচকীয় পুচ্ছ পরামিতি
তারপরে প্রাপ্ত হিটগুলির পরিসংখ্যানগত তাত্পর্য অনুমান করতে ব্যবহৃত হয় cm অনুসন্ধান এবং
cmscan।

একটি CM ফাইলের সাথে ক্যালিব্রেট করা আবশ্যক সেমি ক্যালিব্রেট এটি ব্যবহার করা যেতে পারে আগে cm অনুসন্ধান or cmscan,
একটি ব্যতিক্রম সহ: শুধুমাত্র অন্তর্ভুক্ত CM ফাইলগুলিকে ক্যালিব্রেট করার প্রয়োজন নেই৷
চলমান আগে শূন্য basepairs সঙ্গে মডেল cm অনুসন্ধান।

সেমি ক্যালিব্রেট খুব ধীর একটি একক গড় মাপের ক্রমাঙ্কন করতে কয়েক ঘন্টা সময় লাগে
একটি একক CPU-তে CM. সেমি ক্যালিব্রেট ইনফারনাল হলে সমস্ত উপলব্ধ কোরে সমান্তরালভাবে চলবে
POSIX থ্রেডিং সমর্থন করে এমন একটি সিস্টেমে তৈরি করা হয়েছিল (এর ইনস্টলেশন বিভাগটি দেখুন
আরও তথ্যের জন্য ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা)। ব্যবহার কোর মোটামুটি ফলাফল হবে -ভাঁজ
ত্বরণ বনাম একটি সিপিইউ। MPI (মেসেজ পাসিং ইন্টারফেস) এর জন্যও ব্যবহার করা যেতে পারে
সঙ্গে সমান্তরালকরণ --এমপিআই অপশন যদি MPI সক্ষম করে ইনফার্নাল তৈরি করা হয়, কিন্তু ব্যবহার করে
161-এর বেশি প্রসেসর বাঞ্ছনীয় নয় কারণ 161-এর আগে বাড়ানো ত্বরান্বিত হবে না
ক্রমাঙ্কন আরও তথ্যের জন্য ব্যবহারকারী গাইডের ইনস্টলেশন বিভাগটি দেখুন।

সার্জারির --পূর্বাভাস a এর জন্য প্রোগ্রামটি চালানোর জন্য কতক্ষণ লাগবে তা অনুমান করতে বিকল্পটি ব্যবহার করা যেতে পারে
প্রদত্ত cmfile বর্তমান মেশিনে। চলমান সময়ের পূর্বাভাস দিতে সঙ্গে প্রসেসর
MPI, অতিরিক্ত ব্যবহার করুন -- পূর্বাভাস বিকল্প।

এলোমেলো ক্রম অনুসন্ধান সেমি ক্যালিব্রেট একটি এইচএমএম দ্বারা উত্পন্ন হয় যা প্রশিক্ষিত ছিল
বিভিন্ন GC বিষয়বস্তু সহ বাস্তব জিনোমিক ক্রম। লক্ষ্য হল GC বিতরণ আছে
র্যান্ডম সিকোয়েন্সে প্রকৃত জিনোমিক সিকোয়েন্সের অনুরূপ।

চার রাউন্ড অনুসন্ধান এবং পরবর্তী সূচকীয় টেল ফিট করা হয়, প্রতিটির জন্য একটি
চারটি ভিন্ন সিএম অ্যালগরিদম যা ব্যবহার করা যেতে পারে cm অনুসন্ধান এবং cmscan: গ্লোকাল সিওয়াইকে,
glocal ভিতরে, স্থানীয় CYK এবং স্থানীয় ভিতরে।

ই-মান পরামিতি দ্বারা নির্ধারিত হয় সেমি ক্যালিব্রেট শুধুমাত্র দ্বারা ব্যবহৃত হয় cm অনুসন্ধান এবং cmscan
প্রোগ্রাম আপনি যদি এই প্রোগ্রামগুলি ব্যবহার করতে না যান তবে ক্যালিব্রেট করার সময় নষ্ট করবেন না
আপনার মডেল।

বিকল্প

-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।

-L অনুসন্ধান করার জন্য র্যান্ডম সিকোয়েন্সের মোট দৈর্ঘ্য সেট করুন মেগাবেস (Mb)। দ্বারা
ডিফল্ট, is 1.6 Mb ক্রমবর্ধমান সূচকীয় লেজকে আরও ফিট করে তুলবে
সুনির্দিষ্ট এবং ই-মান আরও নির্ভুল, তবে বেশি সময় লাগবে (দ্বিগুণ মোটামুটি হবে
চলমান সময় দ্বিগুণ)। কমছে এটি করতে হবে হিসাবে সুপারিশ করা হয় না
কম সুনির্দিষ্ট ফিট করে এবং ই-মানগুলি কম নির্ভুল।

বিকল্প জন্য ভবিষ্যদ্বাণী REQUIRED টি এবং স্মৃতি

--পূর্বাভাস
ক্রমাঙ্কনের চলমান সময়ের পূর্বাভাস দিন cmfile (প্রদত্ত বিকল্প সহ) চালু
বর্তমান মেশিন এবং প্রস্থান. ক্রমাঙ্কন সঞ্চালিত হয় না. ভবিষ্যদ্বাণী
মোটামুটি অনুমান বিবেচনা করা উচিত. যদি মাল্টিথ্রেডিং সক্ষম করা থাকে (দেখুন
ব্যবহারকারী গাইডের ইনস্টলেশন বিভাগ), সময় সংখ্যাটি বিবেচনা করবে
উপলব্ধ কোর.

-- পূর্বাভাস
সঙ্গে --পূর্বাভাস, যে নির্দিষ্ট করুন ক্রমাঙ্কনের জন্য প্রসেসর ব্যবহার করা হবে।
এটি একটি MPI এর সাথে চালানোর চলমান সময়ের পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য কার্যকর হতে পারে
প্রসেসর।

--মেমেরেক
ক্যালিব্রেট করার জন্য প্রয়োজনীয় মেমরির পরিমাণ অনুমান করুন cmfile (প্রদান সহ
বিকল্প) বর্তমান মেশিনে এবং প্রস্থান করুন। ক্রমাঙ্কন সঞ্চালিত হয় না.

বিকল্প কন্ট্রোলিং এক্সপোনেশিয়াল টেইল ফিট

--gtailn
glocal Inside এবং glocal CYK-এর জন্য সূচকীয় লেজ ফিট করুন সর্বোচ্চ স্কোর
হিস্টোগ্রাম লেজে, যেখানে is যতবার Mb সার্চ করা হয়েছে। দ্য
এর ডিফল্ট মান হল 250। মান 250 বেছে নেওয়া হয়েছে কারণ এটি ভাল কাজ করে
অভিজ্ঞতাগতভাবে অন্যান্য মানের সাথে আপেক্ষিক।

--ltailn
স্থানীয় ভিতরের এবং স্থানীয় CYK-এর জন্য সূচকীয় লেজ ফিট করুন সর্বোচ্চ স্কোর
হিস্টোগ্রাম লেজে, যেখানে is যতবার Mb সার্চ করা হয়েছে। দ্য
এর ডিফল্ট মান হল 750। মান 750 বেছে নেওয়া হয়েছে কারণ এটি ভাল কাজ করে
অভিজ্ঞতাগতভাবে অন্যান্য মানের সাথে আপেক্ষিক।

-- লেজ
উপেক্ষা করুন --gtailn এবং --ltailn উপসর্গ বিকল্প এবং মাপসই এর ভগ্নাংশ লেজ
সমস্ত অনুসন্ধান মোডের জন্য হিস্টোগ্রামকে একটি সূচকীয় লেজে।

ঐচ্ছিক আউটপুট নথি পত্র

--hfile
হিস্টোগ্রামগুলি ফাইলে ফিট করে সংরক্ষণ করুন . এই ফাইলের ফরম্যাট হল দুটি স্পেস
প্রতি লাইনে সীমাবদ্ধ কলাম। প্রথম কলামটি হল বিট স্কোরের x-অক্ষের মান
প্রতিটি বিন দ্বিতীয় কলাম হল y-অক্ষের মান প্রতি বিন প্রতি হিট সংখ্যা। প্রতিটি
সিরিজ "&" একটি একক অক্ষর সহ একটি লাইন দ্বারা সীমাবদ্ধ করা হয়েছে। ফাইল থাকবে
চারটি সূচকীয় লেজের প্রতিটির জন্য একটি সিরিজ নিম্নলিখিত ক্রমে ফিট করে:
গ্লোকাল সিওয়াইকে, গ্লোকাল ইনসাইড, লোকাল সিওয়াইকে এবং লোকাল ইনসাইড।

--sfile
ফাইলে বেঁচে থাকার প্লটের তথ্য সংরক্ষণ করুন . এই ফাইলের ফরম্যাট হল দুটি স্পেস
প্রতি লাইনে সীমাবদ্ধ কলাম। প্রথম কলামটি হল বিট স্কোরের x-অক্ষের মান
প্রতিটি বিন দ্বিতীয় কলাম হল হিটের ভগ্নাংশের y-অক্ষ মান যা মিলিত হয় বা
প্রতিটি বিন জন্য স্কোর অতিক্রম. প্রতিটি সিরিজকে একটি লাইন দিয়ে সীমাবদ্ধ করা হয়েছে
অক্ষর "&"। ফাইলটিতে চারটি সিএম-এর প্রতিটির জন্য তিনটি সিরিজের ডেটা থাকবে
নিম্নলিখিত ক্রমে অনুসন্ধান মোড: glocal CYK, glocal ভিতরে, স্থানীয় CYK, এবং
স্থানীয় ভিতরে। প্রথম সিরিজটি হিস্টোগ্রাম থেকে অভিজ্ঞতামূলক বেঁচে থাকার প্লট
র্যান্ডম সিকোয়েন্সে হিট। দ্বিতীয় সিরিজ হল এক্সপোনেনশিয়াল টেইল ফিট
অভিজ্ঞতামূলক বিতরণ। তৃতীয় সিরিজ হল এক্সপোনেনশিয়াল টেল ফিট যদি ল্যাম্বডা
স্থির করা হয়েছে এবং 2 (0.691314718) এর প্রাকৃতিক লগ হিসাবে সেট করা হয়েছে।

--qqfile
ফাইলে কোয়ান্টাইল-কোয়ান্টাইল প্লট তথ্য সংরক্ষণ করুন . এই ফাইলের বিন্যাস হল
প্রতি লাইনে দুটি স্থান সীমাবদ্ধ কলাম। প্রথম কলাম হল x-অক্ষ মান, এবং
দ্বিতীয় কলাম হল y-অক্ষের মান। থেকে পয়েন্ট দূরত্ব
আইডেন্টিটি লাইন (y=x) হল সূচকীয় টেল ফিট কতটা ভালো তার একটি পরিমাপ,
বিন্দুগুলো আইডেন্টিটি লাইনের যত কাছাকাছি, তত ভালো ফিট। প্রতিটি সিরিজ হয়
একটি একক অক্ষর "&" সহ একটি লাইন দ্বারা সীমাবদ্ধ। ফাইলটিতে একটি সিরিজ থাকবে
চারটি সূচকীয় লেজের প্রতিটির জন্য পরীক্ষামূলক ডেটা নিম্নলিখিতটিতে ফিট করে
অর্ডার: গ্লোকাল সিওয়াইকে, গ্লোকাল ইনসাইড, স্থানীয় সিওয়াইকে এবং লোকাল ইনসাইড।

--ফাইল
ফাইলে বিভিন্ন সূচকীয় টেল ফিট করার স্থান সীমাবদ্ধ পরিসংখ্যান সংরক্ষণ করুন .
ফাইলটিতে ল্যাম্বডা এবং মিউ মান থাকবে সূচকীয় লেজের জন্য উপযুক্ত
বিভিন্ন আকারের হিস্টোগ্রাম লেজ। ফাইলের ক্ষেত্রগুলি লেবেলযুক্ত
তথ্যপূর্ণভাবে

--xfile
ফাইলে প্রতিটি ফিট হিস্টোগ্রাম লেজের স্কোরের একটি তালিকা সংরক্ষণ করুন . প্রতিটি লাইন
এই ফাইলটিতে একটি ভিন্ন স্কোর থাকবে যা নির্দেশ করে যে একটি হিট এর সাথে লেজে বিদ্যমান ছিল
যে স্কোর প্রতিটি সিরিজ একটি একক অক্ষর "&" সহ একটি লাইন দ্বারা সীমাবদ্ধ করা হয়েছে। দ্য
ফাইলটিতে চারটি সূচকের প্রতিটির জন্য একটি সিরিজ থাকবে
নিম্নলিখিত ক্রম: glocal CYK, glocal ভিতরে, স্থানীয় CYK, এবং স্থানীয় ভিতরে।

অন্যান্য বিকল্প

--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। যদি অশূন্য,
স্টোকাস্টিক সিমুলেশনগুলি পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই আদেশ একই দেবে
ফলাফল যদি হল 0, এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরকে নির্বিচারে বীজ দেওয়া হয়, এবং
স্টোকাস্টিক সিমুলেশন একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হবে। ডিফল্ট
বীজ হল 181।

--বেটা
ডিফল্ট কোয়েরি-নির্ভর ব্যান্ডিং (QDB) সিএম অনুসন্ধানকে ত্বরান্বিত করতে ব্যবহৃত হয়
1E-15 এর বিটা টেইল হারানোর সম্ভাবনা সহ অ্যালগরিদম। এই বিটা মান হতে পারে
পরিবর্তন সঙ্গে --বেটা . বিটা প্যারামিটার হল সম্ভাব্যতার পরিমাণ
ব্যান্ড গণনার সময় ভর বাদ দেওয়া হয়, বিটা-এর উচ্চতর মানগুলি আরও বেশি গতি দেয়
কিন্তু কম মানের চেয়ে আরো নির্ভুলতা বলি। ব্যবহৃত ডিফল্ট মান হল 1E-15।
(QDB সম্পর্কে আরও তথ্যের জন্য Nawrocki এবং Eddy, PLOS কম্পিউটেশনাল বায়োলজি দেখুন
3(3): e56.)

--ব্যান্ডবিহীন
ই-মান ক্রমাঙ্কনের সময় QDB বন্ধ করুন। এটি ক্রমাঙ্কনকে ধীর করবে।

--nonull3
null3 পোস্ট hoc অতিরিক্ত নাল মডেল বন্ধ করুন. যদি না এই সুপারিশ করা হয় না
আপনি একই বিকল্প ব্যবহার করার পরিকল্পনা cm অনুসন্ধান এবং / অথবা cmscan।

--এলোমেলো
পরিবর্তে র্যান্ডম সিকোয়েন্স তৈরি করতে CM এর ব্যাকগ্রাউন্ড নাল মডেল ব্যবহার করুন
আরো বাস্তবসম্মত HMM এর. যদি না সিএম ব্যবহার করে নির্মিত হয় --খালি বিকল্প
সেমিবিল্ড, ব্যাকগ্রাউন্ড নাল মডেল হবে 25% প্রতিটি A, C, G এবং U।

--জিসি
অনুক্রম থেকে নিউক্লিওটাইড বিতরণ ব্যবহার করে এলোমেলো ক্রম তৈরি করুন
ফাইল .

--সিপিইউ
তা উল্লেখ করুন সমান্তরাল CPU কর্মীদের ব্যবহার করা হবে। যদি "0" হিসাবে সেট করা হয়, তারপর
প্রোগ্রামটি থ্রেড ব্যবহার না করে সিরিয়াল মোডে চালানো হবে। আপনিও নিয়ন্ত্রণ করতে পারেন
একটি পরিবেশ পরিবর্তনশীল সেট করে এই সংখ্যা, INFERNAL_NCPU এই বিকল্প হবে
ইনফার্নাল যে মেশিনে তৈরি করা হয়েছিল তা ব্যবহার করতে সক্ষম হলেই কেবল পাওয়া যাবে
POSIX থ্রেডিং (আরো তথ্যের জন্য ব্যবহারকারী গাইডের ইনস্টলেশন বিভাগটি দেখুন
তথ্য)।

--এমপিআই একটি MPI সমান্তরাল প্রোগ্রাম হিসাবে চালান। ইনফারনাল থাকলেই এই বিকল্পটি পাওয়া যাবে
কনফিগার করা হয়েছে এবং "--enable-mpi" পতাকা দিয়ে তৈরি করা হয়েছে (ইনস্টলেশন দেখুন
আরও তথ্যের জন্য ব্যবহারকারী গাইডের বিভাগ)।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cmcalibrate ব্যবহার করুন