এটি হল convertToExtent কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
sim4dbutils - sim4db-উত্পাদিত প্রান্তিককরণ ফাইলগুলির সাথে কাজ করার জন্য ইউটিলিটিগুলি
কনভার্টপলিশ - sim4db এবং GFF3 ফরম্যাটের মধ্যে রূপান্তর করুন
ফিল্টারপলিশ - সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি, কভারেজ এবং দৈর্ঘ্যের উপর ভিত্তি করে ফিল্টার সারিবদ্ধকরণ।
mergePolishes - একাধিক ফাইল থেকে প্রান্তিককরণ মার্জ করুন
sortPolishes - cDNA বা জিনোমিক সিকোয়েন্স ইনডেক্স বা সিকোয়েন্সের নাম অনুসারে সারিবদ্ধকরণগুলি সাজান
convertToExtent - sim4db ফরম্যাট থেকে সিঙ্গেল-লাইন ট্যাব-ডিলিমিটেড ফরম্যাটে রূপান্তর করুন
fixPolishesIID - একটি নির্দিষ্ট ফাস্টা ফাইলের ক্রম সূচক ব্যবহার করতে একটি sim4db ফাইল আপডেট করে।
sim4db ফাইল থেকে প্রান্তিককরণের একটি উপসেট বের করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে।
depthOfPolishes - বিভিন্ন স্থানে পলিশের গভীরতার একটি ট্যাব-সীমাবদ্ধ হিস্টোগ্রাম আউটপুট করে
জানালার মাপ।
হেডপলিশ - একটি ফাইলের প্রথম এন প্রান্তিককরণ মুদ্রণ করুন, অনুরূপ মাথা(২০১০)
pickBestPolish - প্রতিটি সিডিএনএর জন্য শুধুমাত্র 'সেরা' প্রান্তিককরণের প্রতিবেদন করুন
pickUniquePolish - সারিবদ্ধকরণের প্রতিবেদন করে যেখানে একটি স্পষ্ট একক সেরা প্রান্তিককরণ রয়েছে
প্রতিটি সিডিএনএ।
plotCoverageVsIdentity - জেনারেট করে (1) শতাংশ পরিচয়ের একটি হিস্টোগ্রাম, (2) a
শতাংশ কভারেজের হিস্টোগ্রাম, এবং (3) শতাংশ পরিচয় এবং কভারেজের একটি তালিকা (এর জন্য
একটি স্ক্যাটার প্লটে ব্যবহার করুন)।
UniqPolishes - একাধিক প্রান্তিককরণ (-uniq) সহ সিডিএনএর জন্য সমস্ত প্রান্তিককরণ ফিল্টার করে
একটি একক প্রান্তিককরণ সহ (-ডুপ্ল)। অনুরূপ, একই, সমতুল্য ইউনিক(২০১০)
realignPolishes - একটি sim4db ফাইলে তালিকাভুক্ত প্রান্তিককরণগুলি পুনরায় গণনা করুন।
রিপোর্ট অ্যালাইনমেন্ট ডিফারেন্স - একটি সেটে ত্রুটির প্রকারের একটি হিস্টোগ্রাম তৈরি করে
প্রান্তিককরণ অসমর্থিত এবং অননুমোদিত
comparePolishes - দুটি ফাইলের মধ্যে সমন্বয় সারিবদ্ধ করুন।
convertToAtac - sim4db ফরম্যাট থেকে ATAC ফরম্যাটে রূপান্তর করে।
ডিটেক্ট চিমেরা - কাইমেরিক হতে পারে এমন সিকোয়েন্সের জন্য প্রান্তিককরণ পরীক্ষা করে।
ম্যাপড কভারেজ - কোয়েরি সিকোয়েন্সের পরিমাণ রিপোর্ট করে (EST, cDNA) যা কভার করে
প্রান্তিককরণ
parseSNP - SNP-এর জন্য প্রান্তিককরণ বিশ্লেষণ করে।
রিমুভ ডুপ্লিকেট - ডুপ্লিকেট সারিবদ্ধকরণের জন্য ইনপুট অনুসন্ধান করে।
vennPolishes - একাধিক sim4db ফাইলের জন্য একটি ভেন ডায়াগ্রাম তৈরি করে। ব্যবহৃত অন্ত by
ESTMapper পরিষ্কার পোলিশ
পোলিশদের সংক্ষিপ্ত করা
বর্ণনাঃ
এই প্রোগ্রামগুলি কাজ করার জন্য ইউটিলিটিগুলির একটি পরিসর sim4db(1)-উৎপন্ন প্রান্তিককরণ ফাইল।
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে convertToExtent অনলাইন ব্যবহার করুন
