extractfeate - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

extractfeat - ক্রম(গুলি) থেকে বৈশিষ্ট্যগুলি বের করুন

সাইনোপিসিস

নির্যাস -ক্রম seqall [-আগে পূর্ণসংখ্যা] [-পরে পূর্ণসংখ্যা] [-সূত্র স্ট্রিং]
[টাইপ স্ট্রিং] [-ইন্দ্রিয় পূর্ণসংখ্যা] [-মিনস্কোর ভাসা] [-ম্যাক্সস্কোর ভাসা]
[-ট্যাগ স্ট্রিং] [-value স্ট্রিং] [-যোগ দিন বুলিয়ান] [- featinname বুলিয়ান]
[- বর্ণনা করুন স্ট্রিং] -আউটসেক seqout

নির্যাস -হেল্প

বর্ণনাঃ

নির্যাস এটি EMBOSS এর একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম ("ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান ওপেন
সফটওয়্যার স্যুট"). এটি "সম্পাদনা, বৈশিষ্ট্য টেবিল" কমান্ড গ্রুপ(গুলি) এর অংশ।

বিকল্প

ইনপুট অধ্যায়
-ক্রম seqall

অতিরিক্ত অধ্যায়
-আগে পূর্ণসংখ্যা
যদি এই মানটি 0-এর চেয়ে বেশি হয় তবে এর আগে বেস বা অবশিষ্টাংশের সংখ্যা
বৈশিষ্ট্য নিষ্কাশিত ক্রম অন্তর্ভুক্ত করা হয়. এটি আপনাকে এর প্রসঙ্গ পেতে দেয়
বিশিষ্ট সমূহ. যদি এই মান ঋণাত্মক হয় তাহলে নিষ্কাশিত ক্রম শুরু হবে
বৈশিষ্ট্য শেষ হওয়ার আগে এই সংখ্যক বেস/অবশিষ্ট হতে হবে। সুতরাং '10' এর একটি মান
ক্রম শুরু হওয়ার আগে 10টি ঘাঁটি/অবশিষ্ট নিষ্কাশন শুরু করবে, এবং ক
'-10' এর মান শেষ হওয়ার আগে 10 বেস/অবশিষ্ট নিষ্কাশন শুরু করবে
বৈশিষ্ট্য আউটপুট সিকোয়েন্স 'N' বা 'X' অক্ষর দিয়ে প্যাড করা হবে যদি সিকোয়েন্স
নিষ্কাশনের প্রয়োজনীয় শুরুর পরে শুরু হয়।

-পরে পূর্ণসংখ্যা
যদি এই মানটি 0-এর চেয়ে বেশি হয় তবে এর পরে বেস বা অবশিষ্টাংশের সংখ্যা
বৈশিষ্ট্য নিষ্কাশিত ক্রম অন্তর্ভুক্ত করা হয়. এটি আপনাকে এর প্রসঙ্গ পেতে দেয়
বিশিষ্ট সমূহ. এই মান ঋণাত্মক হলে নিষ্কাশিত ক্রম শেষ হবে
বৈশিষ্ট্য শুরু হওয়ার পরে এই সংখ্যার বেস/অবশিষ্ট। তাই '10' এর একটি মান হবে
ক্রম শেষ হওয়ার পরে 10টি বেস/অবশিষ্ট নিষ্কাশন শেষ করুন এবং এর একটি মান
বৈশিষ্ট্য শুরু হওয়ার পরে '-10' 10টি বেস/অবশিষ্ট নিষ্কাশন শেষ করবে। দ্য
আউটপুট সিকোয়েন্স 'N' বা 'X' অক্ষর দিয়ে প্যাড করা হবে যদি সিকোয়েন্স আগে শেষ হয়
নিষ্কাশন প্রয়োজনীয় শেষ.

-সূত্র স্ট্রিং
বৈশিষ্ট্য সারণীতে ডিফল্টভাবে যেকোনো বৈশিষ্ট্যের উৎস দেখানো হয়। আপনি এটিকে সেট করতে পারেন
আপনি দেখাতে চান কোনো বৈশিষ্ট্য উৎস. উৎসের নাম সাধারণত হয় এর নাম
প্রোগ্রাম যে বৈশিষ্ট্য সনাক্ত করেছে বা এটি বৈশিষ্ট্য টেবিল (যেমন: EMBL) যে
বৈশিষ্ট্য থেকে এসেছে। উৎস '*' ব্যবহার করে ওয়াইল্ডকার্ড করা হতে পারে। আপনি যদি আরো দেখাতে চান
একটি উৎসের চেয়ে, তাদের নামগুলি '|' অক্ষর দিয়ে আলাদা করুন, যেমন: জিন* | embl ডিফল্ট
মান: *

টাইপ স্ট্রিং
ডিফল্টরূপে বৈশিষ্ট্য টেবিলের প্রতিটি বৈশিষ্ট্য নিষ্কাশন করা হয়। আপনি যে কোনো হতে এটি সেট করতে পারেন
বৈশিষ্ট্য টাইপ আপনি নিষ্কাশন করতে চান. দেখা http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ একটি তালিকার জন্য
EMBL বৈশিষ্ট্যের ধরন এবং Uniprot ব্যবহারকারী ম্যানুয়াল দেখুন
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation Uniprot বৈশিষ্ট্যের একটি তালিকার জন্য
প্রকার '*' ব্যবহার করে টাইপটি ওয়াইল্ডকার্ড করা হতে পারে। আপনি যদি একাধিক এক্সট্র্যাক্ট করতে চান
টাইপ করুন, '|' অক্ষর দিয়ে তাদের নাম আলাদা করুন, যেমন: *UTR | intron ডিফল্ট মান: *

-ইন্দ্রিয় পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্টরূপে বৈশিষ্ট্য সারণীতে যেকোনো বৈশিষ্ট্যের ধরন বের করা হয়। আপনি এটি সেট করতে পারেন
আপনি চান যে কোনো বৈশিষ্ট্য অনুভূতি মেলে. 0 - যেকোন ইন্দ্রিয়, 1 - ফরোয়ার্ড সেন্স, -1 - বিপরীত ইন্দ্রিয়

-মিনস্কোর ভাসা
নিষ্কাশন করার জন্য বৈশিষ্ট্যের ন্যূনতম স্কোর (এছাড়াও সর্বোচ্চ স্কোর দেখুন) ডিফল্ট মান: 0.0

-ম্যাক্সস্কোর ভাসা
এক্সট্রাক্ট করার জন্য ফিচারের সর্বোচ্চ স্কোর। যদি মিনস্কোর এবং সর্বোচ্চ স্কোর উভয়ই শূন্য হয় (
ডিফল্ট), তারপর যেকোনো স্কোর উপেক্ষা করা হয় ডিফল্ট মান: 0.0

-ট্যাগ স্ট্রিং
ট্যাগ হল অতিরিক্ত মানগুলির প্রকার যা একটি বৈশিষ্ট্য থাকতে পারে। যেমন EMBL-এ
বৈশিষ্ট্য সারণী, একটি 'CDS' ধরনের বৈশিষ্ট্যে '/codon', '/codon_start' ট্যাগ থাকতে পারে,
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/মানচিত্র', '/নোট', '/সংখ্যা', '/আংশিক', '/পণ্য', '/প্রোটিন_আইডি', '/সিউডো',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', বা '/usedin'।
এই ট্যাগের কিছু মান আছে, উদাহরণস্বরূপ '/gene'-এর মান থাকতে পারে
জিনের নাম। ডিফল্টভাবে ফিচার টেবিলের যেকোনো ফিচার ট্যাগ বের করা হয়। সেট করতে পারেন
আপনি দেখাতে চান এমন কোনো বৈশিষ্ট্য ট্যাগের সাথে এটি মেলে। ট্যাগ ব্যবহার করে ওয়াইল্ডকার্ড করা হতে পারে
'*'। আপনি যদি একাধিক ট্যাগ বের করতে চান তবে তাদের নামগুলি অক্ষর দিয়ে আলাদা করুন
'|', যেমন: জিন | লেবেল ডিফল্ট মান: *

-value স্ট্রিং
ট্যাগ মান হল একটি বৈশিষ্ট্য ট্যাগের সাথে যুক্ত মান। ট্যাগ হল অতিরিক্ত প্রকার
একটি বৈশিষ্ট্য থাকতে পারে যে মান. উদাহরণস্বরূপ EMBL বৈশিষ্ট্য টেবিলে, একটি 'CDS' টাইপ
বৈশিষ্ট্যটিতে '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' ট্যাগ থাকতে পারে,
'/ প্রমাণ', '/ ব্যতিক্রম', '/ ফাংশন', '/ জিন', '/ লেবেল', '/ মানচিত্র', '/ নোট', '/ নম্বর',
'/আংশিক', '/ পণ্য', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table', অথবা '/usedin'। শুধুমাত্র এই ট্যাগ কিছু থাকতে পারে
মান, উদাহরণস্বরূপ '/জিন'-এ জিনের নামের মান থাকতে পারে। ডিফল্টরূপে যে কোনো
বৈশিষ্ট্য টেবিলের বৈশিষ্ট্য ট্যাগ মান দেখানো হয়েছে. আপনি যেকোন বৈশিষ্ট্যের সাথে মেলে এটি সেট করতে পারেন
ট্যাগ মান আপনি দেখাতে চান. ট্যাগ মান '*' ব্যবহার করে ওয়াইল্ডকার্ড করা হতে পারে। আপনি যদি চান
একাধিক ট্যাগ মান দেখাতে, একটি স্থান বা অক্ষর দিয়ে তাদের নাম আলাদা করুন
'|', যেমন: pax* | 10 ডিফল্ট মান: *

আউটপুট অধ্যায়
-যোগ দিন বুলিয়ান
কিছু বৈশিষ্ট্য, যেমন সিডিএস (কোডিং সিকোয়েন্স) এবং এমআরএনএ ইন্ট্রোন দ্বারা গঠিত
একসাথে সংযুক্ত। এর উপর নির্ভর করে 'যোগদান করা' অনুক্রমের অন্যান্য রূপ থাকতে পারে
বৈশিষ্ট্য টেবিল। যদি এই বিকল্পটি TRUE সেট করা হয়, তাহলে এই বৈশিষ্ট্যগুলির যেকোনো গ্রুপ হবে
একটি একক ক্রম হিসাবে আউটপুট। যদি 'আগে' এবং 'পরে' কোয়ালিফায়ার সেট করা থাকে,
তারপর শুধুমাত্র প্রথম বৈশিষ্ট্যের আগে ক্রম এবং শেষ বৈশিষ্ট্য যোগ করা হয়.
ডিফল্ট মান: N

- featinname বুলিয়ান
আউটপুট হয়েছে যে বৈশিষ্ট্যের ধরন সনাক্ত করতে আপনাকে সাহায্য করার জন্য, এর ধরন
আউটপুট ক্রম বর্ণনার শুরুতে বৈশিষ্ট্য যোগ করা হয়। কখনও কখনও
একটি অনুক্রমের বর্ণনা অনুক্রম ফাইলের পরবর্তী প্রক্রিয়াকরণে হারিয়ে যায়, তাই
এটি টাইপের জন্য সিকোয়েন্স আইডি নামের একটি অংশ হতে উপযোগী। আপনি এই হতে সেট যদি
TRUE তারপর নামটি আউটপুট সিকোয়েন্সের আইডি নামের সাথে যোগ করা হয়। ডিফল্ট মান: N

- বর্ণনা করুন স্ট্রিং
আউটপুট হয়েছে এমন একটি বৈশিষ্ট্যের আরও কিছু বৈশিষ্ট্য সনাক্ত করতে আপনাকে সাহায্য করার জন্য,
এটি আপনাকে এক বা একাধিক ট্যাগ নাম নির্দিষ্ট করতে দেয় যা আউটপুটে যোগ করা উচিত
ক্রম বর্ণনা পাঠ্য, তাদের মান সহ (যদি থাকে)। উদাহরণস্বরূপ, যদি এই
'জিন' হিসাবে সেট করা হয়, তারপর যদি কোনো আউটপুট বৈশিষ্ট্যের ট্যাগ থাকে (উদাহরণস্বরূপ)
'/gene=BRCA1' এর সাথে যুক্ত, তারপর '(gene=BRCA1)' লেখাটি যুক্ত করা হবে
বর্ণনা লাইন। ট্যাগ হল অতিরিক্ত মানগুলির প্রকার যা একটি বৈশিষ্ট্য থাকতে পারে। জন্য
EMBL বৈশিষ্ট্য টেবিলের উদাহরণে, একটি 'CDS' ধরনের বৈশিষ্ট্যে '/codon' ট্যাগ থাকতে পারে,
'/codon_start', '/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function',
'/জিন', '/লেবেল', '/মানচিত্র', '/নোট', '/সংখ্যা', '/আংশিক', '/ পণ্য', '/প্রোটিন_আইডি',
'/pseudo', '/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', অথবা
'/usedin'। এই ট্যাগের কিছু মান আছে, উদাহরণস্বরূপ '/জিন'-এর মান থাকতে পারে
জিনের নাম। ডিফল্টরূপে কোনো বৈশিষ্ট্য ট্যাগ প্রদর্শিত হয় না. আপনি এটিকে সেট করতে পারেন
যে কোনো বৈশিষ্ট্য ট্যাগ আপনি দেখাতে চান. ট্যাগটি '*' ব্যবহার করে ওয়াইল্ডকার্ড করা হতে পারে। আপনি যদি চান
একাধিক ট্যাগ বের করতে, তাদের নাম '|' অক্ষর দিয়ে আলাদা করুন, যেমন: জিন |
লেবেল

-আউটসেক seqout

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে extractfeate ব্যবহার করুন