এটি হল ফাস্টাক কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
fastaq - FASTA এবং FASTQ ফাইল ম্যানিপুলেশন টুল
সাইনোপিসিস
ফাস্টক [অপশন]
DESCRIPTION0nf
একটি কমান্ডের জন্য সর্বনিম্ন ব্যবহার পেতে ব্যবহার করুন: fastaq কমান্ড
একটি কমান্ডের জন্য সম্পূর্ণ সাহায্য পেতে যেকোন একটি ব্যবহার করুন: fastaq কমান্ড -h ফাস্টক কমান্ড --help
উপলব্ধ কমান্ড:
add_indels প্রদত্ত অবস্থান(গুলি) caf_to_fastq-এ ঘাঁটি মুছে বা সন্নিবেশিত করে
একটি CAF ফাইলকে FASTQ ফর্ম্যাটে রূপান্তর করে capillary_to_pairs কৈশিকের ফাইলকে রূপান্তর করে
পেয়ারড এবং আনপেয়ার করা ফাইলগুলিকে পাঠ করে চাঙ্কার ক্রমগুলিকে সমানে বিভক্ত করে
আকারের খণ্ডগুলি গণনা_ক্রমগুলি ইনপুট ফাইল ডিন্টারলিভ-এ অনুক্রমগুলি গণনা করে
ইন্টারলিভড পেয়ার করা ফাইলকে দুটি আলাদা ফাইলে বিভক্ত করে enumerate_names Renames
একটি ফাইলে সিকোয়েন্স, সেগুলোকে 1,2,3... ইত্যাদি expand_nucleotides করে প্রতিটি
ক্ষয়প্রাপ্ত নিউক্লিওটাইডের সংমিশ্রণ fasta_to_fastq FASTA এবং .qual-এ রূপান্তর করুন
FASTQ ফিল্টার ফিল্টার সিকোয়েন্সের একটি উপসেট get_ids পেতে
প্রতিটি সিকোয়েন্সের ID পান get_seq_flanking_gaps সিকোয়েন্স ফ্ল্যাঙ্কিং গ্যাপ পান
ইন্টারলিভ দুটি ফাইল ইন্টারলিভ করে, আউটপুট fwd/rev রিডের মধ্যে পর্যায়ক্রমে হয়
make_random_contigs র্যান্ডম সিকোয়েন্সের কনটিগস মার্জ কনভার্ট করুন
মাল্টি সিকোয়েন্স ফাইলকে একটি সিকোয়েন্স রিপ্লেস_বেস সব ঘটনা প্রতিস্থাপন করে
একটি অক্ষরের সাথে আরেকটি বিপরীত_পরিপূরক বিপরীত সমস্ত অনুক্রমের পরিপূরক
scaffolds_to_contigs scaffolds search_for_seq এর একটি ফাইল থেকে contigs এর একটি ফাইল তৈরি করে
একটি স্ট্রিং (এবং এর বিপরীত পরিপূরক) সিকোয়েন্স_ট্রিমের সাথে সমস্ত সঠিক মিল খুঁজুন
প্রতিটি সিকোয়েন্স sort_by_size-এর শুরু থেকে একটি প্রদত্ত স্ট্রিং-এর সাথে সঠিক মিল ট্রিম করুন
স্প্লিট_বাই_বেস_কাউন্ট দৈর্ঘ্যের ক্রম অনুসারে সিকোয়েন্স বাছাই করুন
পৃথক ফাইল strip_illumina_suffix স্ট্রিপ /1 or /2 প্রতিটি পঠিত নামের শেষে
to_boulderio রূপান্তর করে Boulder-IO ফর্ম্যাটে, প্রাইমার 3 দ্বারা ব্যবহার করা হয়_fake_qual
জাল মানের স্কোর ফাইল তৈরি করুন_fasta বিভিন্ন ধরনের ইনপুট ফরম্যাটে রূপান্তর করে
সুন্দরভাবে ফরম্যাট করা FASTA ফরম্যাটে to_mira_xml এর একটি ফাইল থেকে একটি xml ফাইল তৈরি করুন
পড়ে, মিরা অ্যাসেম্বলারের সাথে ব্যবহার করার জন্য to_orfs_gff খোলার একটি GFF ফাইল লিখে
রিডিং ফ্রেম to_perfect_reads রেফারেন্স থেকে নিখুঁত জোড়া রিড তৈরি করুন
to_random_subset সিকোয়েন্সের একটি এলোমেলো নমুনা তৈরি করুন (এবং ঐচ্ছিকভাবে সঙ্গীও)
to_tiling_bam ইনপুট জুড়ে সমানভাবে ছড়িয়ে পড়া পড়ার একটি BAM ফাইল তৈরি করুন
রেফারেন্স to_unique_by_id তাদের নামের উপর ভিত্তি করে ডুপ্লিকেট সিকোয়েন্সগুলি সরান। রাখা
দীর্ঘতম seqs অনুবাদ ইনপুট নিউক্লিওটাইড অনুক্রমের সমস্ত ক্রম অনুবাদ করুন
trim_Ns_at_end সব সিকোয়েন্সের শুরু/শেষে সব Ns ছাঁটাই করে trim_contigs
প্রতিটি কনটিগ trim_ends ট্রিম ফিক্সডের শেষে একটি সেট সংখ্যক বেস ছাঁটাই করে
প্রতিটি সিকোয়েন্স সংস্করণের শুরু এবং/অথবা শেষের বেসের সংখ্যা মুদ্রণ সংস্করণ
সংখ্যা এবং প্রস্থান করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইন ফাস্টক ব্যবহার করুন
