fasttreeMP - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

fasttreeMP - নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন সিকোয়েন্সের প্রান্তিককরণ থেকে ফাইলোজেনেটিক গাছ তৈরি করুন
(ওপেনএমপি সংস্করণ)

বর্ণনাঃ

ফাস্টট্রিএমপি সারিবদ্ধকরণ থেকে আনুমানিক-সর্বোচ্চ-সম্ভাব্য ফাইলোজেনেটিক গাছের অনুমান করে
নিউক্লিওটাইড বা প্রোটিন ক্রম। এটি এক মিলিয়ন পর্যন্ত সিকোয়েন্সের সাথে সারিবদ্ধকরণ পরিচালনা করে
সময় এবং মেমরি একটি যুক্তিসঙ্গত পরিমাণ.

fasttreeMP ডিফল্ট সেটিংস সহ PhyML 3 এর চেয়ে আরও সঠিক এবং অনেক বেশি নির্ভুল
দূরত্ব-ম্যাট্রিক্স পদ্ধতির তুলনায় যা ঐতিহ্যগতভাবে বড় প্রান্তিককরণের জন্য ব্যবহৃত হয়।
ফাস্টট্রিএমপি নিউক্লিওটাইডের জুকস-ক্যান্টর বা জেনারালাইজড টাইম-রিভার্সিবল (জিটিআর) মডেল ব্যবহার করে
বিবর্তন এবং জেটিটি (জোনস-টেলর-থর্নটন 1992) অ্যামিনো অ্যাসিড বিবর্তনের মডেল। প্রতি
সাইট জুড়ে বিবর্তনের বিভিন্ন হারের জন্য অ্যাকাউন্ট, fasttreeMP এর জন্য একক হার ব্যবহার করে
প্রতিটি সাইট ("CAT" আনুমানিক)। প্রতিটি বিভাজনের নির্ভরযোগ্যতা দ্রুত অনুমান করতে
ট্রি, ফাস্টট্রিএমপি শিমোদাইরা-হাসেগাওয়া পরীক্ষার মাধ্যমে স্থানীয় সমর্থন মান গণনা করে
(এগুলি PhyML 3 এর "SH-এর মতো স্থানীয় সমর্থন" এর মতো)।

সাইনোপিসিস

fasttreeMP প্রোটিন_সারিবদ্ধকরণ > বৃক্ষ

fasttreeMP -nt nucleotide_alignment > গাছ

fasttreeMP -nt -জিটিআর < nucleotide_alignment > গাছ

fasttreeMP ফাস্টা বা ফিলিপ ইন্টারলিভ ফরম্যাটে সারিবদ্ধকরণ গ্রহণ করে

সাধারণ অপশন (অবশ্যই be আগে দ্য শ্রেণীবিন্যাস ফাইল):
- শান্ত রিপোর্টিং তথ্য দমন করতে

-না অগ্রগতি সূচক দমন করতে

-লগ লগ ফাইল -- মধ্যবর্তী গাছ, সেটিংস এবং মডেলের বিবরণ সংরক্ষণ করুন

- দ্রুততম -- প্রতিবেশী যোগদান পর্বের গতি বাড়ান এবং মেমরির ব্যবহার হ্রাস করুন

(>50,000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত)

-n একাধিক প্রান্তিককরণ বিশ্লেষণ করতে (শুধুমাত্র ফিলিপ বিন্যাস)

(seqboot এবং CompareToBootstrap.pl সহ গ্লোবাল বুটস্ট্র্যাপের জন্য ব্যবহার করুন)

-কোন সহযোগিতা নেই সমর্থন মান গণনা না

-শিখা প্রারম্ভিক ট্রি(গুলি) সেট করতে newick_file

- বৃহদাকার 1 newick_file সমস্ত প্রান্তিককরণের জন্য এই প্রারম্ভিক ট্রি ব্যবহার করতে

(বিশাল প্রান্তিককরণে দ্রুত বিশ্বব্যাপী বুটস্ট্র্যাপের জন্য)

-ছদ্ম pseudocounts ব্যবহার করতে (অত্যন্ত ফাঁকা ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত)

-জিটিআর -- সাধারণীকৃত টাইম-রিভার্সিবল মডেল (শুধুমাত্র নিউক্লিওটাইড প্রান্তিককরণ)

-ওয়াগ -- হুইলান-এন্ড-গোল্ডম্যান 2001 মডেল (শুধুমাত্র অ্যামিনো অ্যাসিড প্রান্তিককরণ)

-উদ্ধৃতি -- স্পেস এবং অন্যান্য সীমাবদ্ধ অক্ষর (কিন্তু ' অক্ষর নয়) এর অনুমতি দিন

আউটপুট ট্রিতে অনুক্রমের নাম এবং উদ্ধৃতি নাম (শুধুমাত্র ফাস্ট ইনপুট; fasttreeMP
এই গাছগুলো আর পড়তে পারবে না

-noml সর্বোচ্চ সম্ভাবনা বন্ধ করতে

-নাম ন্যূনতম-বিবর্তন এনএনআই এবং এসপিআর বন্ধ করতে

(এর সাথে অতিরিক্ত ML NNIs চালানো হলে প্রস্তাবিত৷ -শিখা)

-নাম -মিলন সঙ্গে -শিখা একটি নির্দিষ্ট টপোলজির জন্য শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজ করতে

-বিড়াল # সাইটের রেট বিভাগের সংখ্যা নির্দিষ্ট করতে (ডিফল্ট 20)

or -নোকাট স্থির হার ব্যবহার করতে

-গামা -- সিএটি আনুমানিকতার অধীনে গাছটিকে অপ্টিমাইজ করার পরে,

Gamma20 সম্ভাবনা অপ্টিমাইজ করতে দৈর্ঘ্য পুনঃস্কেল করুন

- সীমাবদ্ধতা সীমাবদ্ধতা টপোলজি অনুসন্ধানকে সীমাবদ্ধ করতে

সীমাবদ্ধতা বিভাজন নির্দেশ করতে 1s বা 0s থাকা উচিত

- বিশেষজ্ঞ -- আরো অপশন দেখুন

বিশদ ব্যবহার উন্নত fasttreeMP 2.1.4 SSE3:
fasttreeMP [-nt] [-n 100] [-quote] [-pseudo | -ছদ্ম 1.0]

[-বুট 1000 | -কোন সহযোগিতা নেই] [-intre starting_trees_file | - বৃহদাকার 1
starting_tree_file] [-শান্ত | -না] [-nni 10] [-spr 2] [-noml | -মিলন | - মিলিয়ন
10] [-mlacc 2] [-cat 20 | -নোকাট] [-গামা] [-ধীর | -দ্রুত] [-২য় | -নং ২য়]
[-স্লোন্নি] [-বীজ 1253] [-শীর্ষ | -নোটপ] [-টপম 1.0 [-বন্ধ 0.75] [-রিফ্রেশ 0.8]]
[-ম্যাট্রিক্স ম্যাট্রিক্স | -নোম্যাট্রিক্স] [-এনজে | -বিয়ঞ্জ] [-wag] [-nt] [-gtr] [-gtrrates ac ag at
cg ct gt] [-gtrfreq ACGT] [ - সীমাবদ্ধতা সীমাবদ্ধতা সারিবদ্ধতা [ - সীমাবদ্ধতা ওজন
100.0 ] ] [-লগ লগফাইল]

[ প্রান্তিককরণ_ফাইল ]

> newick_tree

or

fasttreeMP [-nt] [-ম্যাট্রিক্স ম্যাট্রিক্স | -নোম্যাট্রিক্স] [-কাঁচাবাদী] -মেকমেট্রিক্স [সারিবদ্ধকরণ]

[-n 100] > ফিলিপ_দূরত্ব_ম্যাট্রিক্স

fasttreeMP ডিফল্টভাবে fasttreeMP ফাস্টা বা ফিলিপ ইন্টারলিভড অ্যালাইনমেন্ট সমর্থন করে
প্রোটিন প্রান্তিককরণ আশা করে, ব্যবহার -nt নিউক্লিওটাইডের জন্য ফাস্টট্রিএমপি স্ট্যান্ডার্ড পড়ে
ইনপুট যদি কোনো অ্যালাইনমেন্ট ফাইল না দেওয়া হয়

ইনপুট আউটপুট বিকল্প:
-n -- মধ্যে একাধিক প্রান্তিককরণ পড়ুন. শুধুমাত্র এই

ফিলিপ ইন্টারলিভড বিন্যাসের সাথে কাজ করে। উদাহরণস্বরূপ, আপনি আউটপুট দিয়ে এটি ব্যবহার করতে পারেন
ফিলিপের সিকবুট থেকে। ব্যবহার করলে -n, fasttreeMP প্রতি লাইনে 1টি ট্রি লিখবে
স্ট্যান্ডার্ড আউটপুট।

-শিখা newickfile -- নিউকফাইল থেকে শুরুর গাছটি পড়ুন।

প্রারম্ভিক গাছের যেকোনো শাখার দৈর্ঘ্য উপেক্ষা করা হয়।

-শিখা সঙ্গে -n প্রতিটি প্রান্তিককরণের জন্য একটি পৃথক সূচনা গাছ পড়বে।

- বৃহদাকার 1 newickfile -- প্রতিটি প্রান্তিককরণের জন্য একই প্রারম্ভিক গাছ পড়ুন

- শান্ত -- স্বাভাবিক অপারেশন চলাকালীন স্ট্যান্ডার্ড ত্রুটি লিখবেন না (কোন অগ্রগতি নেই

নির্দেশক, কোন বিকল্পের সারাংশ নেই, কোন সম্ভাবনার মান নেই ইত্যাদি)

-না -- stderr এ অগ্রগতি সূচক লিখবেন না

-লগ লগ ফাইল -- মধ্যবর্তী গাছ সংরক্ষণ করুন যাতে আপনি নিষ্কাশন করতে পারেন

গাছ এবং তারা ক্র্যাশ হলে দীর্ঘ-চলমান কাজ পুনরায় চালু করুন -লগ এছাড়াও রিপোর্ট
প্রতি-সাইট হার (1 মানে সবচেয়ে ধীর শ্রেণী)

-উদ্ধৃতি -- আউটপুটে অনুক্রমের নাম উদ্ধৃত করুন এবং স্পেস, কমা,

বন্ধনী, এবং তাদের মধ্যে কোলন কিন্তু ' অক্ষর নয় (শুধুমাত্র ফাস্টা ফাইল)

দূরত্ব:
ডিফল্ট: প্রোটিন সিকোয়েন্সের জন্য, লগ-সংশোধিত দূরত্ব এবং একটি

BLOSUM45 থেকে প্রাপ্ত অ্যামিনো অ্যাসিড বৈষম্য ম্যাট্রিক্স

বা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য, জুকস-ক্যান্টর দূরত্ব একটি ভিন্ন ম্যাট্রিক্স নির্দিষ্ট করতে,
ব্যবহার -ম্যাট্রিক্স FilePrefix বা -নোমেট্রিক্স ব্যবহার -কাঁচাবাদী লগ-সংশোধন বন্ধ করতে বা
Jukes-Cantor এর পরিবর্তে %different ব্যবহার করতে

-ছদ্ম [ওজন] -- মধ্যে দূরত্ব অনুমান করতে pseudocounts ব্যবহার করুন

সামান্য বা কোন ওভারল্যাপ সঙ্গে ক্রম. (ডিফল্টরূপে বন্ধ.) প্রস্তাবিত যদি বিশ্লেষণ
প্রান্তিককরণে সামান্য বা কোন ওভারল্যাপ সহ ক্রম রয়েছে। ওজন নির্দিষ্ট না হলে,
এটা 1.0

টোপোলজি পরিমার্জন:
ডিফল্টরূপে, fasttreeMP 4*log2(N) রাউন্ড পর্যন্ত ট্রি উন্নত করার চেষ্টা করে
ন্যূনতম-বিবর্তন নিকটতম-প্রতিবেশী ইন্টারচেঞ্জ (NNI), যেখানে N হল সংখ্যা
অনন্য সিকোয়েন্স, সাবট্রি-প্রুন-রেগ্র্যাফ্ট (এসপিআর) চালের 2 রাউন্ড (এছাড়াও মিন. ইভো),
এবং সর্বাধিক সম্ভাব্য NNI-এর 2*log(N) রাউন্ড পর্যন্ত। ব্যবহার করুন -এনএনআই নম্বর সেট করতে
মিনিটের রাউন্ডের evo NNIs, এবং -spr SPR এর রাউন্ড সেট করতে। ব্যবহার করুন -noml ঘোরানো
মিন-ইভো এনএনআই এবং এসপিআর উভয়ই বন্ধ (পরিশোধিত হলে দরকারী

আরও NNI সহ একটি আনুমানিক সর্বাধিক সম্ভাবনার গাছ)

ব্যবহার - স্প্রলংথ একটি SPR সরানোর সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য সেট করুন (ডিফল্ট 10) ব্যবহার করুন - মিলিয়ন নির্ধারণ করা
সর্বাধিক সম্ভাব্য এনএনআই ব্যবহারের রাউন্ডের সংখ্যা -mlacc 2 বা -mlacc 3 থেকে সবসময়
প্রতিটি এনএনআই-এ সমস্ত 5টি শাখাকে অপ্টিমাইজ করুন,

এবং 5 বা 2 রাউন্ডে সমস্ত 3টি শাখা অপ্টিমাইজ করতে

ব্যবহার -মিলন এমএল এনএনআই ব্যবহার না করে শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজ করতে -মিলন -নাম সঙ্গে -শিখা
একটি নির্দিষ্ট টপোলজি ব্যবহারে শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজ করতে -স্লোন্নি হিউরিস্টিকস বন্ধ করতে
ধ্রুবক উপবৃক্ষ এড়াতে (উভয়কেই প্রভাবিত করে

ML এবং ME NNIs)

সর্বাধিক সম্ভাবনা মডেল বিকল্প:
-ওয়াগ -- Whelan-And-Goldman 2001 মডেলের পরিবর্তে (ডিফল্ট) Jones-Tylor-Thorton 1992 মডেল
(এএ শুধুমাত্র)

-জিটিআর -- (ডিফল্ট) জুকস-ক্যান্টর (শুধুমাত্র এনটি) এর পরিবর্তে সাধারণীকৃত সময়-প্রত্যাবর্তনযোগ্য

-বিড়াল # -- সাইটের রেট বিভাগের সংখ্যা নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট 20)

-নোকাট -- কোন CAT মডেল নেই (শুধু 1 বিভাগ)

-গামা -- CAT মডেলের সাথে শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজ করার চূড়ান্ত পর্বের পরে,

একই সংখ্যার সাথে বিযুক্ত গামা মডেলের অধীনে সম্ভাবনা রিপোর্ট করুন
বিভাগ fasttreeMP একই শাখার দৈর্ঘ্য ব্যবহার করে কিন্তু গামা আকৃতি অপ্টিমাইজ করে
প্যারামিটার এবং দৈর্ঘ্যের স্কেল। চূড়ান্ত গাছের দৈর্ঘ্য পুনরুদ্ধার করা হবে।
সঙ্গে ব্যবহৃত -লগ, এটি কনসেলের সাথে ব্যবহারের জন্য প্রতি-সাইট সম্ভাবনাও তৈরি করে, দেখুন
GammaLogToPaup.pl এবং fasttreeMP ওয়েব সাইটে ডকুমেন্টেশন।

সহায়তা মূল্য বিকল্প:
ডিফল্টরূপে, fasttreeMP সাইটটিকে পুনরায় নমুনা করে স্থানীয় সমর্থন মান গণনা করে
সম্ভাবনা 1,000 বার এবং শিমোদাইরা হাসগাওয়া পরীক্ষা। যদি আপনি উল্লেখ করেন -নাম, এটা
পরিবর্তে ন্যূনতম-বিবর্তন বুটস্ট্র্যাপ সমর্থন গণনা করবে উভয় ক্ষেত্রেই,
সমর্থন মানগুলি 0 থেকে 1 পর্যন্ত অনুপাত

ব্যবহার -কোন সহযোগিতা নেই সমর্থন মান বন্ধ করতে বা -বুট 100 মাত্র 100টি পুনরায় নমুনা ব্যবহার করতে
ব্যবহার -বীজ র্যান্ডম নম্বর জেনারেটর আরম্ভ করতে

খোঁজ উন্নত দ্য সেরা যোগদান:
ডিফল্টরূপে, fasttreeMP দ্রুত প্রতিবেশী-যোগদানের 'দৃশ্যমান সেট'কে একত্রিত করে

আরামদায়ক প্রতিবেশী-যোগদানের মতো স্থানীয় পাহাড়ে আরোহণ

- ধীর -- বিস্তৃত অনুসন্ধান (যেমন NJ বা BIONJ, কিন্তু ভিন্ন গ্যাপ হ্যান্ডলিং)

- ধীর 8 প্রোটিনের জন্য 1,250 সেকেন্ডের পরিবর্তে আধ ঘন্টা সময় নেয়

- দ্রুততম -- শুধুমাত্র দৃশ্যমান সেট (প্রতিটি নোডের জন্য শীর্ষ হিট) অনুসন্ধান করুন

মূল দ্রুত প্রতিবেশী যোগদানের বিপরীতে, - দ্রুততম আপডেট দৃশ্যমান(C) পরে
A এবং B যোগদান করা যদি যোগদান (AB,C) যোগদানের চেয়ে উত্তম হয় (C, দৃশ্যমান(C)) - দ্রুততম এছাড়াও
খুব অলস ভাবে দূরত্ব আপডেট করে, - দ্রুততম সেট -২য় পাশাপাশি, ব্যবহার করুন
- দ্রুততম -না ২য় এই এড়াতে

টপ-হিট হিউরিস্টিকস:
ডিফল্টরূপে, fasttreeMP অনুসন্ধানের গতি বাড়ানোর জন্য একটি শীর্ষ-হিট তালিকা ব্যবহার করে -নোটপ (অথবা - ধীর)
এই বৈশিষ্ট্যটি বন্ধ করতে

এবং একে অপরের সাথে সমস্ত পাতার তুলনা করুন এবং একে অপরের সাথে সমস্ত নতুন যুক্ত নোডের তুলনা করুন

-টপম 1.0 -- টপ-হিট তালিকার আকার প্যারামিটার*sqrt(N) এ সেট করুন

ফাস্টট্রিএমপি একটি 'ক্লোজ'-এর শীর্ষ 2*মি হিট থেকে একটি পাতার শীর্ষ মি হিট অনুমান করে
প্রতিবেশী, যেখানে ক্লোজকে d (বীজ, বন্ধ) < 0.75 * d (বীজ, র‌্যাঙ্কের আঘাত) হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়
2*m), এবং যোগদানের সাথে সাথে শীর্ষ-হিট আপডেট করে

- বন্ধ 0.75 -- ক্লোজ হিউরিস্টিক পরিবর্তন করুন, কম বেশি রক্ষণশীল

-refresh 0.8 -- একটি যোগ করা নোডকে অন্য সব নোডের সাথে তুলনা করুন যদি তা হয়

টপ-হিট লিস্ট কাঙ্খিত দৈর্ঘ্যের 80% এর কম, বা টপ-হিটের বয়স হলে
তালিকা হল লগ2(m) বা তার বেশি

-২য় or -না ২য় ২য়-স্তরের শীর্ষ হিট হিউরিস্টিক চালু বা বন্ধ করতে

এটি মেমরির ব্যবহার এবং চলমান সময় হ্রাস করে তবে এটি প্রান্তিক হ্রাস করতে পারে
গাছের গুণমান। (গতানুগতিক, - দ্রুততম সক্রিয় -২য়.)

যোগদান বিকল্প:
-এনজে: নিয়মিত (ভারহীন) প্রতিবেশী যোগদান (ডিফল্ট)

-বিয়ঞ্জ: BIONJ এর মতো ওজনযুক্ত যোগদান

NNI-এর সময় fasttreeMP ওজন যোগ হবে

সীমাবদ্ধ টপোলজি অনুসন্ধান বিকল্প:
- সীমাবদ্ধতা প্রান্তিককরণ ফাইল -- 0, 1, এবং - এর মান সহ একটি প্রান্তিককরণ

সব ক্রম উপস্থিত হতে হবে না. 0 এবং 1s এর একটি কলাম একটি সীমাবদ্ধ সংজ্ঞায়িত করে
বিভক্ত কিছু সীমাবদ্ধতা লঙ্ঘন হতে পারে (দেখুন 'ভায়োলটিং সীমাবদ্ধতা:' স্ট্যান্ডার্ডে
ত্রুটি).

- সীমাবদ্ধতা ওজন -- কিভাবে দৃঢ়ভাবে সীমাবদ্ধতা ওজন. 1 এর একটি মান

মানে সীমাবদ্ধতা লঙ্ঘনের জন্য গাছের দৈর্ঘ্যে 1 এর শাস্তি ডিফল্ট: 100.0

আরও তথ্যের জন্য, দেখুন http://www.microbesonline.org/fasttree/

অথবা সোর্স কোডে মন্তব্য

fasttreeMP protein_alignment > গাছ fasttreeMP -nt nucleotide_alignment > গাছ
fasttreeMP -nt -জিটিআর < nucleotide_alignment > গাছ

fasttreeMP ফাস্টা বা ফিলিপ ইন্টারলিভ ফরম্যাটে সারিবদ্ধকরণ গ্রহণ করে

সাধারণ অপশন (অবশ্যই be আগে দ্য শ্রেণীবিন্যাস ফাইল):
- শান্ত রিপোর্টিং তথ্য দমন করতে

-না অগ্রগতি সূচক দমন করতে

-লগ লগ ফাইল -- মধ্যবর্তী গাছ, সেটিংস এবং মডেলের বিবরণ সংরক্ষণ করুন

- দ্রুততম -- প্রতিবেশী যোগদান পর্বের গতি বাড়ান এবং মেমরির ব্যবহার হ্রাস করুন

(>50,000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত)

-n একাধিক প্রান্তিককরণ বিশ্লেষণ করতে (শুধুমাত্র ফিলিপ বিন্যাস)

(seqboot এবং CompareToBootstrap.pl সহ গ্লোবাল বুটস্ট্র্যাপের জন্য ব্যবহার করুন)

-কোন সহযোগিতা নেই সমর্থন মান গণনা না

-শিখা প্রারম্ভিক ট্রি(গুলি) সেট করতে newick_file

- বৃহদাকার 1 newick_file সমস্ত প্রান্তিককরণের জন্য এই প্রারম্ভিক ট্রি ব্যবহার করতে

(বিশাল প্রান্তিককরণে দ্রুত বিশ্বব্যাপী বুটস্ট্র্যাপের জন্য)

-ছদ্ম pseudocounts ব্যবহার করতে (অত্যন্ত ফাঁকা ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত)

-জিটিআর -- সাধারণীকৃত টাইম-রিভার্সিবল মডেল (শুধুমাত্র নিউক্লিওটাইড প্রান্তিককরণ)

-ওয়াগ -- হুইলান-এন্ড-গোল্ডম্যান 2001 মডেল (শুধুমাত্র অ্যামিনো অ্যাসিড প্রান্তিককরণ)

-উদ্ধৃতি -- স্পেস এবং অন্যান্য সীমাবদ্ধ অক্ষর (কিন্তু ' অক্ষর নয়) এর অনুমতি দিন

আউটপুট ট্রিতে অনুক্রমের নাম এবং উদ্ধৃতি নাম (শুধুমাত্র ফাস্ট ইনপুট; fasttreeMP
এই গাছগুলো আর পড়তে পারবে না

-noml সর্বোচ্চ সম্ভাবনা বন্ধ করতে

-নাম ন্যূনতম-বিবর্তন এনএনআই এবং এসপিআর বন্ধ করতে

(এর সাথে অতিরিক্ত ML NNIs চালানো হলে প্রস্তাবিত৷ -শিখা)

-নাম -মিলন সঙ্গে -শিখা একটি নির্দিষ্ট টপোলজির জন্য শাখার দৈর্ঘ্য অপ্টিমাইজ করতে

-বিড়াল # সাইটের রেট বিভাগের সংখ্যা নির্দিষ্ট করতে (ডিফল্ট 20)

or -নোকাট স্থির হার ব্যবহার করতে

-গামা -- সিএটি আনুমানিকতার অধীনে গাছটিকে অপ্টিমাইজ করার পরে,

Gamma20 সম্ভাবনা অপ্টিমাইজ করতে দৈর্ঘ্য পুনঃস্কেল করুন

- সীমাবদ্ধতা সীমাবদ্ধতা টপোলজি অনুসন্ধানকে সীমাবদ্ধ করতে

সীমাবদ্ধতা বিভাজন নির্দেশ করতে 1s বা 0s থাকা উচিত

- বিশেষজ্ঞ -- আরো অপশন দেখুন

আরও তথ্যের জন্য, দেখুন http://www.microbesonline.org/fasttree/

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে fasttreeMP ব্যবহার করুন