এটি হল gdcmimg কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gdcmimg - DICOM ইমেজ ফাইল ম্যানিপুলেট করুন।
gdcmimg হল একটি নিম্ন স্তরের টুল যা DICOM ইমেজ থেকে/এ ডি-/এনক্যাপসুলেশন করার অনুমতি দেয়। এই টুল করে
ট্রান্সফার সিনট্যাক্স রূপান্তর বুঝতে পারছি না। এটি অপরিশোধিত ডেটাকে যেমন-ই এনক্যাপসুলেট করবে। এই
কিছু ক্ষেত্রে কিছু প্রভাব আছে, নিচে বিশেষ সতর্কতা দেখুন।
এটা মনে রাখা গুরুত্বপূর্ণ যে gdcmimg শুধুমাত্র সঠিক ইনপুট ফাইলকে এনক্যাপসুলেট করতে পারে, উদাহরণস্বরূপ
JPG এবং অথবা JP2 গৃহীত হয় যেহেতু একটি সম্পর্কিত DICOM স্থানান্তর সিনট্যাক্স পাওয়া যায়।
যদিও টিআইএফএফ এবং/অথবা পিএনজির মতো ইনপুট নেই, যেহেতু DICOM এগুলিকে সমর্থন করে না। দেখা
পরিবর্তে একটি টুল যেমন gdcm2vtk।
সাইনোপিসিস
gdcmimg [বিকল্প] ফাইল-ইন ফাইল-আউট
বর্ণনাঃ
সার্জারির gdcmimg কমান্ড লাইন টুল দুটি ফ্যাশনে ব্যবহার করা যেতে পারে:
· 1. একটি স্বীকৃত ফাইল ফরম্যাটকে এর এনক্যাপসুলেটেড DICOM কাউন্টারপার্টে রূপান্তর করা,
· 2. একটি DICOM ফাইলের একটি আয়তক্ষেত্রাকার অংশ বেনামী করা।
প্যারামিটার
ফাইল-ইন ইনপুট ফাইলের নাম (নন-ডিকম)
ফাইল-আউট DICOM আউটপুট ফাইলের নাম
বিকল্প
-i --ইনপুট ইনপুট ফাইলের নাম
-o --আউটপুট আউটপুট ফাইলের নাম
নির্দিষ্ট বিকল্প
--endian %s Endianness (LSB/MSB)।
-d --depth %d গভীরতা (হয় 8/16/32 বা বিট বরাদ্দ যেমন। 12 যখন জানা যায়)।
--চিহ্ন %s পিক্সেল চিহ্ন (0/1)।
--spp পিক্সেল প্রতি %d নমুনা (1/3)।
-s --আকার %d,%d আকার।
-C --sop-class-uid SOP ক্লাস UID (নাম বা মান)।
-T --study-uid অধ্যয়ন UID.
-S --series-uid সিরিজ UID.
--root-uid রুট ইউআইডি।
পূরণ করা বিকল্প
-R -- অঞ্চল %d, %d অঞ্চল৷
-F --fill %d নির্দিষ্ট পিক্সেল মান দিয়ে পূরণ করুন।
সাধারণ বিকল্প
-h -- সাহায্য
এই সাহায্য পাঠ্য প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন
-v --সংস্করণ
প্রিন্ট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান
-ভি --ভারবোস
ভার্বোস মোড (সতর্কতা + ত্রুটি)।
-W --সতর্কতা
সতর্কতা মোড, মুদ্রণ সতর্কতা তথ্য
-ই --ত্রুটি
ত্রুটি মোড, প্রিন্ট ত্রুটি তথ্য
-D --ডিবাগ
ডিবাগ মোড, ডিবাগ তথ্য মুদ্রণ করুন
পরিবেশ পরিবর্তনশীল
GDCM_ROOT_UID রুট ইউআইডি
সমর্থিত ফাইল বিন্যাসে (যথাযথ ফাইল এক্সটেনশন)
gdcmimg ফাইল এক্সটেনশনের উপর ভিত্তি করে এটির রূপান্তর প্রক্রিয়াকে ভিত্তি করবে। এর তালিকা অনুসরণ করে
স্বীকৃত ফাইল এক্সটেনশন। যখন কোন এক্সটেনশন পাওয়া যায় না, DICOM ফাইলটি ধরে নেওয়া হয়।
ছক পূরণ করা
* RAW (raw, rawl, gray, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()
আউটপুট ফরমেট:
* পিজিএম (পিজিএম, পিএনএম, পিপিএম)
* DICOM ()
RAW ফাইল ফরম্যাটের জন্য, আপনার –endian বিকল্পের বিশেষ যত্ন নেওয়া উচিত। (পুরানো) জন্য
JPEG ফাইল বিন্যাস, উভয় ক্ষতিকর এবং ক্ষতিহীন বিন্যাস সমর্থিত, ব্যবহারকারীর অর্থ প্রদান করা উচিত
-সাইন বিকল্পের দিকে মনোযোগ দিন। ফাইল ফরম্যাটের জন্য যেমন RLE বা RAW, ব্যবহারকারীর আশা করা হচ্ছে
ইনপুট ডেটার মাত্রা এবং ধরন খুঁজে পেতে প্রয়োজনীয় তথ্য পূরণ করুন কারণ সেখানে নেই
এই তথ্য খুঁজে বের করার অন্য উপায়। অন্যান্য সমস্ত ফাইল বিন্যাসের জন্য, বৈশিষ্ট্যগুলি প্রাপ্ত হয়
ফাইল ফরম্যাট থেকেই।
পিএনএম ফাইলটি বড় এন্ডিয়ান বলে মনে করা হয় (গভীরতার জন্য গুরুত্বপূর্ণ > 8)
বৈশিষ্টসূচক , USAGE
অপসারণ a আয়তক্ষেত্রাকার অংশ of দ্য ভাবমূর্তি
একটি DICOM চিত্রের [0,100]x[0,100] অঞ্চলটি পূরণ করতে সহজভাবে করুন:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
সতর্কতা: যদি পিক্সেল ডেটা সংকুচিত হয়, তাহলে ছবিটি প্রথমে ডিকম্প্রেস করা হয় যাতে পিক্সেল
0 সেট করা যেতে পারে, কিন্তু এটি পুনরায় সংকুচিত হয় না।
রূপান্তর করুন 'র' থেকে ডিকম
স্বীকৃত এক্সটেনশন হল .raw, .rawl, .gray বা .rgb (কেস সংবেদনশীল)
$gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
ছবিটি সেকেন্ডারি ক্যাপচার হবে।
যখন ইনপুটটি 3টি উপাদান হয়, তখন একজনকে পিক্সেল প্রতি নমুনাগুলি স্পষ্টভাবে উল্লেখ করতে হবে:
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
যখন ফাইলের নামটিতে .rgb ফাইল এক্সটেনশন হিসাবে থাকে তখন আউটপুট স্বয়ংক্রিয়ভাবে হিসাবে স্বীকৃত হয়
আরজিবি নির্দিষ্ট করার দরকার নেই -spp
$gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
আপনি ব্যবহার করতে পারেন dd আপনি বাতিল করতে চান এমন কোনো হেডার এড়িয়ে যেতে cmd লাইন, উদাহরণস্বরূপ, যদি
আপনি প্রথম 108 বাইট এড়িয়ে যেতে চান, সহজভাবে করুন:
$dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
.raw এবং .rawl এক্সটেনশন সমতুল্য। আপনি স্পষ্টভাবে endianness নির্দিষ্ট করতে হবে
ম্যানুয়ালি:
$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
রূপান্তর করুন পিজিএম/পিএনএম/পিপিএম থেকে ডিকম
স্বীকৃত এক্সটেনশনগুলি হল .pgm, .pnm, .ppm (কেস সংবেদনশীল)
$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm
ছবিটি সেকেন্ডারি ক্যাপচার হবে
রূপান্তর করুন আরএলই থেকে ডিকম
স্বীকৃত এক্সটেনশন হল .rle (কেস সংবেদনশীল)
$gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm
ছবিটি সেকেন্ডারি ক্যাপচার হবে
রূপান্তর করুন JPEG থেকে ডিকম
স্বীকৃত এক্সটেনশনগুলি হল .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (কেস সংবেদনশীল)
$gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
ছবিটি সেকেন্ডারি ক্যাপচার হবে
রূপান্তর করুন J2K থেকে ডিকম
স্বীকৃত এক্সটেনশনগুলি হল .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (কেস সংবেদনশীল)
$gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
ছবিটি সেকেন্ডারি ক্যাপচার হবে।
সমস্ত পিক্সেল তথ্য (বিট সংরক্ষিত/বরাদ্দ...) ছবি থেকেই নেওয়া হবে,
এবং কমান্ড লাইন বিকল্প থেকে নয়।
নির্দিষ্ট করা a দেশ শ্রেণী ইউআইডি
ডিফল্ট সেকেন্ডারি ক্যাপচার ইমেজ স্টোরেজের পরিবর্তে, কেউ নির্দিষ্ট করতে চাইতে পারে, VL বলুন
ফটোগ্রাফিক ইমেজ স্টোরেজ।
$gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
একাধিক নথি পত্র
gdcmimg ফাইলের একটি সেট সুন্দরভাবে পরিচালনা করে (উদাহরণস্বরূপ jpeg):
$gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
অন্যথায় মাল্টি-ফ্রেম ছবি সমর্থন করে এমন একটি এসওপি ক্লাস নির্দিষ্ট করা গুরুত্বপূর্ণ
gdcmimg ব্যর্থ হবে।
শুরু OFFSET
কিছু ক্ষেত্রে, কেউ একটি নির্বিচারে ভলিউম (যেমন 2D) থেকে একটি 3D স্লাইস তৈরি করতে চাইতে পারে। ভিতরে
কোন ক্ষেত্রে -অফসেট সহজ হয়:
$gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
সতর্কতামূলক
gdcmimg বাস্তবায়নের সাথে কয়েকটি সমস্যা রয়েছে:
RAW ফাইলের জন্য, একজনকে মনোযোগ দেওয়া উচিত যে –endian MSB ব্যবহার করার সময় পিক্সেল ডেটা হবে
এনক্যাপসুলেটেড (gdcmimg দ্বারা স্পর্শ করা হয়নি)। তাই একমাত্র সম্ভাব্য স্থানান্তর বাক্য গঠন
উপলব্ধ রয়েছে অন্তর্নিহিত VR Big Endian DLX (G.E প্রাইভেট)। GDCM এই ব্যক্তিগত পরিচালনা করে
সিনট্যাক্স স্থানান্তর করুন। সুতরাং আপনার যদি এই স্থানান্তর সিনট্যাক্সটিকে অন্য একটিতে রূপান্তর করতে হয় (এবং অনুমতি দিন
পিক্সেল ডেটা ম্যানিপুলেশন), আপনি ব্যবহার করতে পারেন:
$gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
JFIF ফাইল এবং JP2 ফাইলের জন্য (হেডার সহ) হেডারটি পিক্সেল ডেটা উপাদানে অনুলিপি করা হয়
যা JP2 এর জন্য অবৈধ। একটি JP2/JFIF ফাইলকে J2K/JPG এ সঠিকভাবে পুনরায় এনকোড করতে gdcmconv ব্যবহার করুন।
$gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
RLE ফাইলের জন্য, সারি সীমানা অতিক্রম করার জন্য কোন চেক করা হয় না। এটি ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয়
gdcmconv –rle সন্দেহের ক্ষেত্রে একটি সঠিক RLE ফাইলে পুনরায় এনকোড করতে।
অবশ্যই যদি কম্প্রেশন আপনার সেটআপের সাথে ঠিক না হয় তবে আপনি সর্বদা ডি-এনক্যাপসুলেট করতে পারেন
DICOM ফাইল (সাধারণত JPEG) একটি নন-ক্যাপসুলেটেড ফর্মে, gdcmconv ব্যবহার করে:
$gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gdcmimg ব্যবহার করুন
