gmt-music-playp - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmt মিউজিক প্লে - ক্রমানুসারে MuSiC টুলের সম্পূর্ণ স্যুট চালান।

সংস্করণ

এই নথিটি জিএমটি মিউজিক প্লে সংস্করণ 0.04 বর্ণনা করে (2016-01-01 23:10:19 এ)

সাইনোপিসিস

gmt মিউজিক প্লে --bam-list=? --roi-ফাইল=? --রেফারেন্স-সিকোয়েন্স=? --output-dir=?
--maf-ফাইল=? --পাথওয়ে-ফাইল=? [--সংখ্যার-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?]
[--শ্রেণীগত-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?] [--মিউটেশন-ম্যাট্রিক্স-ফাইল=?] [--পারমিউটেশন=?]
[--সাধারণ-মিন-গভীরতা=?] [--টিউমার-মিন-গভীরতা=?] [--মিন-ম্যাপকিউ=?] [--শো-বাদ দেওয়া]
[--জিন-টু-উপেক্ষা=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--সংখ্যাসূচক-ডেটা-টেস্ট-পদ্ধতি=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--জেনেটিক-ডেটা-টাইপ=?] [--উউ-টীকা-শিরোনাম] [--bmr-গ্রুপ=?]
[--পৃথক-ছেঁটে ফেলা] [-একত্রিত-সমসাময়িক-মুটস] [--বাদ-নন-কোডিং] [--এড়িয়ে-নীরব]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [-aa-range=?]
[--nuc-রেঞ্জ=?] [--রেফারেন্স-বিল্ড=?] [--শো-জানা-হিটগুলি] [--glm-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল=?]
[--ব্যবহার-মাফ-ইন-জিএলএম] [--ওমিমা-দির=?] [--মহাজাগতিক-দির=?] [--ভার্বোস]
[-ক্লিনিক্যাল-সম্পর্ক-ম্যাট্রিক্স-ফাইল=?]

এই টুলটি পৃথক টুলগুলি চালানোর জন্য প্রয়োজনীয় সমস্ত তথ্য প্যারামিটার হিসাবে নেয়। একটি
উদাহরণ ব্যবহার হল:

... মিউজিক প্লে \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--পাথওয়ে-ফাইল ইনপুট/পাথওয়ে_ডিবি \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--জেনেটিক-ডেটা-টাইপ জিন

REQUIRED টি যুক্তি

bam-তালিকা পাঠ
বিএএম ফাইলের ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [নমুনা_নাম স্বাভাবিক_বাম টিউমার_বাম]

roi-ফাইল পাঠ
ROI-এর ট্যাব সীমাবদ্ধ তালিকা [chr start stop gene_name]

রেফারেন্স-ক্রম পাঠ
FASTA বিন্যাসে রেফারেন্স সিকোয়েন্সের পথ

output-dir পাঠ
ডিরেক্টরি যেখানে আউটপুট ফাইল এবং সাবডিরেক্টরি লেখা হবে

maf-ফাইল পাঠ
TCGA MAF স্পেসিফিকেশন ব্যবহার করে মিউটেশনের তালিকা v2.3

পাথওয়ে-ফাইল পাঠ
পাথওয়ে তথ্যের ট্যাব-ডিলিমিটেড ফাইল

ঐচ্ছিক যুক্তি

সংখ্যাসূচক-ক্লিনিকাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
নমুনার সারণী (y) বনাম সংখ্যাসূচক ক্লিনিকাল ডেটা বিভাগ (x)

শ্রেণীবদ্ধ-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
নমুনার সারণী (y) বনাম শ্রেণীগত ক্লিনিকাল ডেটা বিভাগ (x)

মিউটেশন-ম্যাট্রিক্স-ফাইল পাঠ
ঐচ্ছিকভাবে গণনার সময় ব্যবহৃত নমুনা-বনাম-জিন ম্যাট্রিক্স সংরক্ষণ করুন।

ক্রম সংখ্যা
P-মান নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত স্থানান্তরের সংখ্যা

স্বাভাবিক-মিন-গভীরতা পূর্ণসংখ্যা
একটি সাধারণ BAM বেসকে আচ্ছাদিত হিসাবে বিবেচনা করার জন্য ন্যূনতম পঠিত গভীরতা

টিউমার-মিন-গভীরতা পূর্ণসংখ্যা
টিউমার বিএএম বেসকে আচ্ছাদিত হিসাবে বিবেচনা করার জন্য ন্যূনতম পঠিত গভীরতা

min-mapq পূর্ণসংখ্যা
পঠিত গভীরতা গণনার দিকে বিবেচনা করার জন্য পাঠের ন্যূনতম ম্যাপিং গুণমান

শো-বাদ দেওয়া বুলিয়ান
প্রতিটি এড়িয়ে যাওয়া মিউটেশনের রিপোর্ট করুন, শুধু কতগুলি নয়

ডিফল্ট মান 'false' (-noshow-skipped) যদি নির্দিষ্ট না করা থাকে

noshow-skipped বুলিয়ান
শো-বাদিত 'মিথ্যা' করুন

জিন-টু-উপেক্ষা পাঠ
ব্যাকগ্রাউন্ড মিউটেশন হারের জন্য উপেক্ষা করার জন্য জিনের কমা দ্বারা সীমাবদ্ধ তালিকা

bmr সংখ্যা
লক্ষ্যযুক্ত অঞ্চলে পটভূমি পরিবর্তনের হার

সর্বাধিক নৈকট্য পাঠ
2টি মিউটেশনের মধ্যে সর্বাধিক AA দূরত্ব

bmr-modifier-file পাঠ
ট্যাব প্রতি জিনের সীমাবদ্ধ তালিকা যা পরীক্ষা করার আগে BMR পরিবর্তন করে [gene_name
bmr_modifier]

সংখ্যাসূচক-ডেটা-পরীক্ষা-পদ্ধতি পাঠ
হয় পিয়ারসন পারস্পরিক সম্পর্কের জন্য 'কর' অথবা উইলকক্সন র্যাঙ্ক-সম পরীক্ষার জন্য 'উইলকক্স'
সংখ্যাগত ক্লিনিকাল ডেটা।

ডিফল্ট মান 'cor' নির্দিষ্ট না থাকলে

skip-low-mr-genes বুলিয়ান
ব্যাকগ্রাউন্ড এমআর থেকে কম এমআর সহ জিন পরীক্ষা করা এড়িয়ে যান

ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়

noskip-low-mr-genes বুলিয়ান
স্কিপ-লো-মিআর-জিনকে 'মিথ্যা' করুন

সর্বোচ্চ-এফডিআর সংখ্যা
একটি জিনকে SMG হিসাবে বিবেচনা করার জন্য সর্বাধিক অনুমোদিত মিথ্যা আবিষ্কারের হার

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '0.2'

জেনেটিক-ডেটা-টাইপ পাঠ
ম্যাট্রিক্স ফাইলের ডেটা অবশ্যই "জিন" বা "ভেরিয়েন্ট" টাইপ ডেটা হতে হবে

wu-টীকা-শিরোনাম বুলিয়ান
wustl টীকা বিন্যাস হেডারে ডিফল্ট হিসাবে এটি ব্যবহার করুন

nowu-টীকা-হেডার বুলিয়ান
wu-টীকা-শিরোনামকে 'মিথ্যা' করুন

bmr-গোষ্ঠী পূর্ণসংখ্যা
তুলনামূলক BMR সহ নমুনার ক্লাস্টারের সংখ্যা

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '1'

পৃথক-কাটা বুলিয়ান
একটি পৃথক বিভাগ হিসাবে গ্রুপ ট্রাঙ্কেশনাল মিউটেশন

ডিফল্ট মান 'false' (--noseparate-runcations) যদি নির্দিষ্ট করা না থাকে

নাক-কাটা-কাটা বুলিয়ান
আলাদা-ছেঁটে 'মিথ্যা' করুন

merge-concurrent-muts বুলিয়ান
একই নমুনায় একটি জিনের একাধিক মিউটেশনকে 1 হিসাবে বিবেচনা করা হয়

ডিফল্ট মান 'false' (-nomerge-concurrent-muts) নির্দিষ্ট না থাকলে

nomerge-concurrent-muts বুলিয়ান
মার্জ-কনকারেন্ট-মটস 'মিথ্যা' করুন

স্কিপ-নন-কোডিং বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নন-কোডিং মিউটেশন এড়িয়ে যান

ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়

noskip-নন-কোডিং বুলিয়ান
স্কিপ-নন-কোডিং 'মিথ্যা' করুন

skip-silent বুলিয়ান
প্রদত্ত MAF ফাইল থেকে নীরব মিউটেশন এড়িয়ে যান

ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়

noskip- নীরব বুলিয়ান
স্কিপ-সাইলেন্টকে 'মিথ্যা' করুন

মিন-মিউট-জিন-প্রতি-পথ পূর্ণসংখ্যা
এর চেয়ে কম পরিবর্তিত জিন সহ পথগুলি উপেক্ষা করা হবে

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '1'

glm-মডেল-ফাইল পাঠ
GLM-এর জন্য মডেলের ধরন, রেসপন্স ভেরিয়েবল, কোভেরিয়েন্ট ইত্যাদির রূপরেখার ফাইল
বিশ্লেষণ (বর্ণনা দেখুন).

প্রসেসর পূর্ণসংখ্যা
SMG-তে ব্যবহার করার জন্য প্রসেসরের সংখ্যা ('foreach' এবং 'doMC' R প্যাকেজ প্রয়োজন)

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '1'

aa-পরিসীমা পূর্ণসংখ্যা
হিটের কাছাকাছি অ্যামিনো অ্যাসিড অনুসন্ধান করার সময় একটি 'নিকট' ম্যাচ কতটা কাছাকাছি তা সেট করুন৷

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '2'

nuc-পরিসীমা পূর্ণসংখ্যা
হিট কাছাকাছি নিউক্লিওটাইড অবস্থান অনুসন্ধান করার সময় একটি 'নিকট' মিল কত কাছাকাছি সেট করুন

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান '5'

রেফারেন্স-বিল্ড পাঠ
হয় "Build36" বা "Build37" রাখুন

নির্দিষ্ট না থাকলে ডিফল্ট মান 'Build37'

শো-পরিচিত-হিট বুলিয়ান
যখন একটি অনুসন্ধান উপন্যাস হয়, সেই জিনে পরিচিত AA দেখান

ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়

noshow-পরিচিত-হিট বুলিয়ান
শো-জানা-হিট 'মিথ্যা' করুন

glm-ক্লিনিক্যাল-ডেটা-ফাইল পাঠ
ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য, মিউটেশনাল প্রোফাইল, অন্যান্য মিশ্র ক্লিনিকাল ডেটা (বিবরণ দেখুন)।

use-maf-in-glm বুলিয়ান
এমএএফ ফাইল থেকে ভেরিয়েন্ট ইনপুট হিসাবে তৈরি বৈকল্পিক ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করতে এই পতাকা সেট করুন
জিএলএম বিশ্লেষণ।

ডিফল্ট মান 'মিথ্যা' (--nouse-maf-in-glm) নির্দিষ্ট না থাকলে

nouse-maf-in-glm বুলিয়ান
ব্যবহার-মাফ-ইন-জিএলএম 'মিথ্যা' করুন

omimaa-dir পথ
omim অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন ডাটাবেস ফোল্ডার

মহাজাগতিক-ডির পথ
মহাজাগতিক অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন ডাটাবেস ফোল্ডার

ভার্বোস বুলিয়ান
বড় কাজের আউটপুট প্রদর্শন করতে চালু করুন

ডিফল্ট মান 'সত্য' যদি নির্দিষ্ট না করা হয়

noverbose বুলিয়ান
ক্রিয়াপদকে 'মিথ্যা' করুন

clinical-correlation-matrix-file পাঠ
ঐচ্ছিকভাবে গণনার সময় অভ্যন্তরীণভাবে ব্যবহৃত নমুনা-বনাম-জিন ম্যাট্রিক্স সংরক্ষণ করুন।

বর্ণনাঃ

এই কমান্ডটি ডেটার একটি সেটে সমস্ত MuSiC বিশ্লেষণ সরঞ্জাম চালানোর জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। অনুগ্রহ
পরামিতিগুলির আরও বর্ণনার জন্য পৃথক সরঞ্জামগুলি দেখুন।

লেখক

টমাস বি মুনি, এমএস

ক্রেডিটস

জন্য ক্রেডিট দেখুন জিনোম-সঙ্গীত(1).

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmt-music-playp ব্যবহার করুন