এটি হল gmx-spatial কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-spatial - স্থানিক বন্টন ফাংশন গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx স্থানিক [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-তারিখ ] [- [না] w] [-[না]পিবিসি]
[- [না] ডিভ] [-ign ] [-বিন ] [-নাব ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স স্থান-সংক্রান্ত স্থানিক ডিস্ট্রিবিউশন ফাংশন গণনা করে এবং এটি এমন একটি আকারে আউটপুট করে যা করতে পারে
VMD দ্বারা Gaussian98 কিউব ফরম্যাট হিসেবে পড়তে হবে। 32,000 পরমাণু এবং একটি 50 এনএসের একটি সিস্টেমের জন্য
গতিপথ, SDF প্রায় 30 মিনিটের মধ্যে তৈরি করা যেতে পারে, বেশিরভাগ সময় উত্সর্গীকৃত
দুই রান মাধ্যমে trjconv যা সবকিছুকে সঠিকভাবে কেন্দ্রে রাখতে প্রয়োজন। এই
এছাড়াও পুরো একগুচ্ছ স্থান লাগে (ট্র্যাজেক্টরি ফাইলের 3 কপি)। তারপরও ছবিগুলো
লাগানো নির্বাচন সঠিকভাবে করা হলে সুন্দর এবং খুব তথ্যপূর্ণ হয়। 3-4 পরমাণু
একটি ব্যাপকভাবে মোবাইল গ্রুপ (দ্রবণে একটি বিনামূল্যে অ্যামিনো অ্যাসিডের মতো) ভাল কাজ করে, বা নির্বাচন করুন
প্রোটিন মেরুদণ্ড একটি স্থিতিশীল ভাঁজ গঠনে দ্রাবক এর SDF পেতে এবং তাকান
সময়-গড় সমাধান শেল। এসডিএফ তৈরি করতে এই প্রোগ্রামটি ব্যবহার করাও সম্ভব
কিছু নির্বিচারে কার্টেসিয়ান স্থানাঙ্কের উপর ভিত্তি করে। এটি করতে, কেবল প্রাথমিক বাদ দিন জিএমএক্স
trjconv ধাপ।
ব্যবহার:
1. ব্যবহার জিএমএক্স make_ndx আপনি SDF চান যার চারপাশে পরমাণু ধারণকারী একটি গ্রুপ তৈরি করতে
2. জিএমএক্স trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -বক্সসেন্টার ট্রিক -আর নিচ্ছিদ্র -পিবিসি না
3. জিএমএক্স trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -উপযুক্ত রট+ট্রান্স
4. রান জিএমএক্স স্থান-সংক্রান্ত উপরে c.tng ধাপ #3 এর আউটপুট।
5. লোড grid.cube ভিএমডিতে এবং একটি আইসোসারফেস হিসাবে দেখুন।
বিঃদ্রঃ যে সিস্টেম যেমন micelles প্রয়োজন হবে জিএমএক্স trjconv -পিবিসি গুচ্ছ ধাপ 1 এর মধ্যে
এবং এক্সএনএমএক্স।
সতর্কবাণী
SDF একটি ঘনক্ষেত্রের জন্য তৈরি করা হবে যাতে সমস্ত বিন রয়েছে যাতে কিছু অ-শূন্য রয়েছে
দখল তবে প্রস্তুতিমূলক -উপযুক্ত রট+ট্রান্স বিকল্প জিএমএক্স trjconv ইঙ্গিত দেয় যে
আপনার সিস্টেম ঘূর্ণন এবং স্থান অনুবাদ করা হবে (যার জন্য নির্বাচিত গ্রুপ
না). তাই যে মানগুলি ফেরত দেওয়া হয় তা শুধুমাত্র কিছু অঞ্চলের জন্য বৈধ হবে
আপনার কেন্দ্রীয় গ্রুপ/সমন্বয় এর চারপাশে যা সিস্টেম ভলিউমের সাথে সম্পূর্ণ ওভারল্যাপ রয়েছে
ট্র্যাজেক্টোরি চলাকালীন সমগ্র অনূদিত/ঘোরানো সিস্টেম। এটা আপ
এই ক্ষেত্রে নিশ্চিত করার জন্য ব্যবহারকারী.
ঝুঁকিপূর্ণ অপশন
প্রয়োজনীয় স্থান এবং সময়ের পরিমাণ কমাতে, আপনি শুধুমাত্র কর্ডগুলি আউটপুট করতে পারেন
প্রথম এবং পরবর্তী রান মাধ্যমে ব্যবহার করা যাচ্ছে জিএমএক্স trjconv. যাইহোক, নিশ্চিত হন
স্থির কর -নাব যথেষ্ট উচ্চ মানের বিকল্প যেহেতু কিউব বিনের জন্য মেমরি বরাদ্দ করা হয়েছে
প্রাথমিক স্থানাঙ্কের উপর ভিত্তি করে এবং -নাব বিকল্প মান।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-[না]পিবিসি (NO)
দূরত্ব গণনার জন্য পর্যায়ক্রমিক সীমানা শর্ত ব্যবহার করুন
- [না] ডিভ (হ্যাঁ)
পরমাণু/মিনিমাম কিউবের উপর ভিত্তি করে বিন দখলের জন্য ভাজক গণনা করুন এবং প্রয়োগ করুন
আকার ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য TRUE এবং FALSE হিসাবে সেট করুন (-নোডিভ) সঠিক গণনা পেতে
ফ্রেম প্রতি
-ign (-1)
বাইরের ঘনক্ষেত্রের এই সংখ্যা প্রদর্শন করবেন না (ধনাত্মক মান সীমানা কমাতে পারে
দাগ -1 বাইরের পৃষ্ঠ দৃশ্যমান নিশ্চিত করে)
-বিন (২০১০)
বিনের প্রস্থ (nm)
-নাব (২০১০)
সঠিক মেমরি বরাদ্দ নিশ্চিত করতে অতিরিক্ত বিনের সংখ্যা
জানা সমস্যা
· যখন বরাদ্দ করা মেমরি যথেষ্ট বড় না হয়, তখন একটি বিভাজন ত্রুটি ঘটতে পারে। এই
সাধারণত সনাক্ত করা হয় এবং একটি সতর্কতা প্রদর্শন করার সময় ত্রুটির আগে প্রোগ্রামটি থামানো হয়
বার্তা ব্যবহারের পরামর্শ দিচ্ছে -নাব (অতিরিক্ত বিনের সংখ্যা) বিকল্প। তবে
প্রোগ্রাম এই ধরনের সব ঘটনা সনাক্ত করে না। আপনি একটি বিভাজন ত্রুটি সম্মুখীন হলে, এটি চালান
আবার একটি বৃদ্ধি সঙ্গে -নাব মান।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে gmx-spatial অনলাইন ব্যবহার করুন
